จากการที่ได้มีการตราพระราชบัญญัติส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๓๕ ขึ้นใหม่ ได้มีผลทำให้มีการปรับอำนาจหน้าที่และองค์ประกอบของคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติขึ้นใหม่ โดยมีลักษณะเป็นคณะรัฐมนตรีด้านสิ่งแวดล้อม มีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องเป็นกรรมการ ผู้ทรงคุณวุฒิ และผู้แทนจากภาคเอกชนร่วมเป็นกรรมการด้วย โดยมีปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม เป็นกรรมการและเลขานุการ ซึ่งจะมีผลทำให้การดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อมมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น นอกจากนี้ยังได้มีการปรับปรุงและจัดตั้งหน่วยงานที่รับผิดชอบโดยตรงเกี่ยวกับการจัดการสิ่งแวดล้อมขึ้น ภายใต้กระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม๓ หน่วยงาน คือ สำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อม กรมควบคุมมลพิษ และกรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม
- สำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อม : มีอำนาจหน้าที่ตามกฎหมายในการจัดทำนโยบายและแผนการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ ให้สอดคล้องกับนโยบายด้านต่าง ๆ ของประเทศ การจัดทำแผนการจัดการคุณ-ภาพสิ่งแวดล้อม และประสานการจัดทำแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการสิ่งแวดล้อมในระดับ จังหวัด การประสานการใช้ประโยชน์ทรัพยากร ธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม การเสนอแนะแนวนโยบาย แนวทาง และการประสานการบริหารงานการจัดการกองทุนสิ่งแวดล้อม รวมทั้งการติดตามตรวจสอบและการจัดทำรายงานสถานการณ์คุณภาพสิ่งแวดล้อม การวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมที่อาจเกิดขึ้นจากกิจกรรมหรือโครงการของภาครัฐ หรือเอกชน การประสานงานด้านสิ่งแวดล้อมในส่วนภูมิภาคและการกำหนดท่าทีแนวทาง และประสานความร่วมมือ รวมทั้งการเข้าร่วมในพันธกรณีด้านสิ่งแวดล้อมระหว่าง ประเทศ
- กรมควบคุมมลพิษ : มีอำนาจหน้าที่ตามกฎหมายในการจัดทำนโยบายและแผนการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมด้านการ ควบคุมมลพิษ การกำหนดมาตรฐานคุณภาพสิ่ง แวดล้อมและมาตรฐานควบคุมมลพิษจากแหล่ง กำเนิด การจัดทำแผนจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมและมาตรการในการควบคุม ป้องกัน แก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อมอันเนื่องมาจากภาวะมลพิษการพัฒนาระบบ รูปแบบ และวิธีการที่เหมาะสมเพื่อนำมาประยุกต์ใช้ในการจัดการคุณภาพน้ำอากาศ ระดับเสียง สารอันตราย และกากของเสีย
รวมทั้งการดำเนินการเกี่ยวกับการรับเรื่องราวร้องทุกข์ด้านมลพิษ
- กรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม : มี อำนาจหน้าที่ตามกฎหมายในด้านการส่งเสริม เผยแพร่ และประชาสัมพันธ์ด้านสิ่งแวดล้อมการจัดทำระบบข้อมูลข้อสนเทศด้านสิ่งแวดล้อมรวมทั้งการให้ความรู้ด้านสิ่งแวดล้อมแก่หน่วยงานของภาครัฐและภาคเอกชน
นอกจากนี้สำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อม ยังได้มีการจัดตั้งสำนักงานสิ่งแวดล้อมในระดับภูมิภาคขึ้น เพื่อเป็นศูนย์ประสานงานการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมในระดับภูมิภาค รวมทั้งเป็นที่ปรึกษาทางวิชาการให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการแก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นให้เหมาะสมและมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้นด้วย โดยในปัจจุบันมีสำนักงานสิ่งแวดล้อมภูมิภาคอยู่ ๔ สำนักงาน คือ สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคใต้ ที่จังหวัดสงขลา สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคเหนือ ที่จังหวัดเชียงใหม่ สำนักงานสิ่งแวดล้อม
ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ที่จังหวัดขอนแก่นสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคตะวันออก ที่จังหวัดชลบุรี
