ปัจจุบันความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีในด้านจุลชีววิทยามีมากขึ้น สามารถใช้จุลินทรีย์ในกระบวนการหมักเพื่อทำผลิตภัณฑ์ใหม่ ๆ ได้ หลายชนิด มีการใช้จุลินทรีย์บริสุทธิ์และสายพันธุ์ที่มีประสิทธิภาพสูงง่ายแก่การควบคุมในการผลิตอาหารที่มีอยู่เดิมให้มีปริมาณมากขึ้น
เต้าหู้ยี้เป็นผลิตภัณฑ์หมักดองอีกชนิดหนึ่งที่ทำจากถั่วเหลืองและนิยมบริโภคกันทั่วไป ขั้น ตอนของการผลิต เริ่มจากนำถั่วเหลืองคุณภาพ ดีมาทำเป็นเต้าหู้แข็งก่อน แล้วตัดเต้าหู้ให้เป็นก้อนขนาดตามต้องการ นำไปแช่ในน้ำเกลือผสมกรดมะนาว ๑ คืน รุ่งขึ้นนำไปฆ่าเชื้อโดยอบในตู้อบที่๑๐๐°ซ. นานประมาณ ๑๐ - ๑๕ นาที ทิ้งไว้ให้ เย็นที่อุณหภูมิห้อง แล้วเรียงในถาดและใส่เชื้อ ราที่มีชื่อว่า แอคติโนมิวคอร์ อิลิแกน บ่มให้เชื้อราเจริญเติบโต ประมาณ ๓ - ๗ วัน ชิ้นเต้าหู้จะ มีเส้นใยของเชื้อราขึ้นโดยรอบ ต่อไปนำไปหมักในน้ำเกลือโดยเรียงเต้าหู้ในถัง หมักเป็นชั้น ๆ ใส่น้ำเกลือ ไวน์แดง และเครื่องเทศอื่น ๆ เช่นพริกแดง ขิง ผงพะโล้ เต้าเจี้ยวบดและ/หรือเติม ข้าวแดงเพื่อทำให้เป็นเต้าหู้ยี้ชนิดสีแดง ปิดฝา หมักไว้เป็นระยะเวลา เดือนครึ่งที่อุณหภูมิห้องเมื่อครบกำหนดเวลาจะได้เต้าหู้ยี้ตามต้องการ
