โรงพยาบาลแห่งแรกของกรุงเทพฯ คือ โรงพยาบาลศิริราช ตั้งอยู่ทางฝั่งธนบุรี ในบริเวณวังหลังหรือพระราชวังบวรสถานภิมุข จัดสร้างขึ้นโดยได้รับพระราชทานเงินทุนจากการพระราชกุศลพระราชทานเพลิงพระศพสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ ในรัชกาลที่ ๕ จึงได้รับพระราชทานนามว่า "โรงพยาบาลศิริราช" ในโรงพยาบาลนี้ มีสถาบันร่วมกันอยู่คือ มหาวิทยาลัยมหิดล ซึ่งขยายมาจากคณะแพทยศาสตร์ และศิริราชพยาบาล และได้ชื่อตามพระนามเดิมของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศรอดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก คือ สมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช ผู้เป็นองค์อุปถัมภ์ คณะแพทยศาสตร์ และศิริราชพยาบาล
นอกจากนี้ ยังมีโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ตั้งอยู่ที่ตำบลศาลาแดง เขตพญาไท เป็นหน่วยงานร่วมกันกับคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และสถานเสาวภา (ในเครือสภากาชาดไทย) ซึ่งขยายกิจการมาจากสถานพยาบาล ซึ่งเรียกว่า สถานปาสเตอร์ หรือปัสตุระสภา (ดูเรื่อง ประวัติการแพทย์และเภสัชกรรมไทย เล่ม ๘ หน้า ๓๒ และเรื่อง การสาธารณสุข เล่ม ๙ หน้า ๘๘) ในเขตพญาไทนี้ ยังมีโรงพยาบาลอีกแห่งหนึ่งคือ โรงพยาบาลรามาธิบดี เป็นโรงพยาบาลในเครือมหาวิทยาลัยมหิดล
