ก่อนที่จะทำการหีบฝ้ายต้องแยกชนิดของฝ้ายให้เป็นพวกๆ ก่อน ฝ้ายที่คุณภาพดี คือ ฝ้ายแก่ขาวสะอาดพวกหนึ่ง และฝ้ายที่ไม่สะอาดหรือไม่แก่ ฝ้ายที่ถูกหนอนเจาะทำลายมีสีค่อนข้างดำหรือน้ำตาลเรียกว่า ฝ้ายฟันม้าอีกพวกหนึ่ง การแบ่งชนิดของฝ้าย ชาวไร่ควรจะแบ่งมาตั้งแต่ตอนเก็บจากไร่ แต่บางทีชาวไร่อาจเก็บรวมกันมา ฉะนั้น เพื่อให้ได้ฝ้ายปุยที่มีคุณภาพดี มีราคา โรงหีบฝ้ายจะต้องทำการคัดเลือกฝ้ายดีฝ้ายเลวเองเมื่อแบ่งชนิดฝ้ายแล้วต้องดูว่าฝ้ายที่จะหีบนั้นมีความชื้นพอเหมาะ คือ อยู่ระหว่างร้อยละ ๖.๕-๘ หรือไม่ ถ้าสูงเกินไปจะต้องนำไปยิ่งแดดหรือผ่านเครื่องทำให้แห้งเสียก่อน หากความชื้นสูงกว่าร้อยละ ๘ แล้ว ฝ้ายปุยที่ได้จะเสียคุณภาพ เพราะจะมีจุดเล็กๆ เมื่อนำไปปั่น เป็นเส้นด้ายแล้วมีจุดๆ หรือที่เรียกว่า "ไข่ปลา" (neps) อยู่ตามเส้นด้าย ในบางกรณีฝ้ายอาจแห้งเกินไป มีความชื้นต่ำกว่าร้อยละ ๖ ทำให้ฝ้ายปุยคุณภาพต่ำลง เพราะเส้นใยจะสั้นกว่าที่ควรจะได้ จำเป็นต้องเพิ่มความชื้นเข้าไปจนถึงกำหนด ฉะนั้น เรื่องการเตรียมฝ้ายก่อนหีบจึงต้องพิถีพิถัน เพื่อจะให้ได้ฝ้ายปุยคุณภาพสูง (neps) นอกจากจะต้องเตรียมฝ้ายเพื่อเข้าหีบแล้ว เครื่องหีบฝ้ายโดยเฉพาะเครื่องหีบชนิดลูกกลิ้งก็จะต้องจัดและปรับให้อยู่ในระยะที่เหมาะสมกับฝ้ายชนิดนั้นๆ
