ศาสนากับไสยศาสตร์มีความคล้ายคลึงกันหลายประการ โดยเฉพาะศาสนาแบบชาวบ้านซึ่งมีการผสมผสานความเชื่อต่างๆ เข้าด้วยกัน ศาสนาและไสยศาสตร์เชื่อสิ่งเหนือธรรมชาติ ที่ไม่อาจพิสูจน์ได้ตามหลักวิทยาศาสตร์ มีพิธีกรรมหลายอย่างที่คล้ายกัน การปฏิบัติในชีวิตประจำวันในหลายๆ กรณีก็ไม่แตกต่างกัน
ความแตกต่างระหว่างศาสนากับไสยศาสตร์ที่สำคัญ คือ
ศาสนาเป็นแนวทางในการดำเนินชีวิตเพื่อเป้าหมายสูงสุด อันได้แก่ ความหลุดพ้นจากทุกข์ ความสุขอันสมบูรณ์เมื่อจากโลกนี้ไป เป็นคำอธิบายถึงสาเหตุแห่งทุกข์และแนวทางปฏิบัติเพื่อการพ้นทุกข์นั้น ซึ่งจะต้องปฏิบัติทุกวันจนตลอดชีวิต
ไสยศาสตร์เป็นวิชาที่ว่าด้วยการควบคุมอำนาจอันลึกลับซึ่งเชื่อว่ามีอยู่ในโลก ในธรรมชาติและในจักรวาล เพื่อให้อำนาจนั้นบันดาลให้เกิดผลที่พึงปรารถนา เช่น การรักษาโรค การทำเสน่ห์ยาแฝดให้ผู้คนหลงใหลการสักลายต่างๆ เพื่อความอยู่ยงคงกะพัน การแขวนวัตถุมงคลเพื่อให้พ้นภัย การทำอิทธิปาฏิหาริย์เพื่อให้เกิดผลที่ต้องการ การท่องบ่นคาถา เป็นต้น
ไสยศาสตร์มีทั้งไสยศาสตร์ขาวซึ่งเป็นวิธีการให้เกิดผลดี โชคลาภและสิริมงคล เช่น การรักษาโรคต่างๆ มีไสยศาสตร์ดำซึ่งกระทำเพื่อให้เกิดผลร้ายต่อผู้อื่น เช่น การเสกตะปูเข้าท้องการทำร้ายด้วยเวทมนตร์คาถา เป็นต้น จะเท็จจริงแค่ไหนเป็นเรื่องที่ผู้คนจำนวนมากยังเชื่อกันอยู่
ไสยศาสตร์จึงเป็นเรื่องการใช้อำนาจลึกลับเพื่อผลประโยชน์เฉพาะหน้า ให้ได้สิ่งของต้องประสงค์ ไม่ใช่วิถีปฏิบัติเพื่อผลระยะยาวที่ทำให้เกิดความร่มเย็นเป็นสุขและเพื่อความหลุดพ้นไสยศาสตร์ยังอยู่ในความโลภและความปรารถนาสำหรับตน แม้อาจจะแก้ปัญหาระยะสั้นได้ แต่ไม่อาจจะช่วยให้พ้นทุกข์ในระยะยาวได้
ศาสนาสอนให้มีความอ่อนน้อมต่อสิ่งศักดิ์สิทธิ์และอำนาจเหนือธรรมชาติ ปฏิบัติตามกฎเกณฑ์อย่างสม่ำเสมอ ไสยศาสตร์ทำให้คนเชื่อว่าตนเองมีอำนาจในการควบคุมอำนาจลึกลับต่างๆเพื่อประโยชน์ของตน
การปฏิบัติศาสนากลายเป็นเรื่องไสยศาสตร์ไปเมื่อคนปฏิบัติศาสนาโดยคิดแบบไสยศาสตร์ปฏิบัติเพื่อผลเฉพาะหน้า บนบานขอโชคลาภ เช่น การแขวนพระ น่าจะมีความหมายเพียง เพื่อเตือนสติให้รำลึกถึงพระธรรมคำสอนของพระพุทธเจ้า คนจำนวนมากแขวนพระเพื่อเป็นเครื่องรางของขลัง ให้พระคุ้มครองรักษา โดยอาจจะไม่เคยคิดถึงพระธรรมหรือรักษาศีลเลยคนที่คิดเช่นนี้ย่อมสงสัยว่าทำไมทำดีไม่ได้ดีเสมอไปทำไมคนชั่วจึงได้ดีมีบ่อยครั้ง คนที่ปฏิบัติศาสนาอย่างถูกต้องจะไม่สงสัยหลักธรรมข้อนี้เลยเพราะเขาทำดีเมื่อใด เขาก็ได้ดีในจิตใจเมื่อนั้นไม่ได้หวังผลตอบแทนเป็นลาภยศ นอกนั้นชีวิตของเขาที่ประกอบแต่กรรมดี ย่อมเป็นชีวิตที่ดีงามอยู่แล้ว
ทุกศาสนาจะมีปัญหาความสับสนระหว่างศาสนากับไสยศาสตร์ เพราะศาสนิกจำนวนหนึ่งยังคงยึดติดกับความเชื่อที่ผสมผสานกับศาสนาส่วนใหญ่เป็นความเชื่อท้องถิ่น ซึ่งเกี่ยวข้องกับเรื่องผีมากที่สุด นอกนั้น ถ้าหากความเชื่อในศาสนาไม่แข็งแกร่งพอ ก็ย่อมยังมีความโลภและความเห็นแก่ตัว วิธีคิดจึงยังคงเป็นไปเพื่อประโยชน์เฉพาะหน้าของตนมากกว่าที่จะคิดถึงคุณค่า ความดีงามและความหลุดพ้น
