ปัจจัยที่สำคัญยิ่งอย่างหนึ่งในการทำสวนผลไม้ คือ พันธุ์ไม้ผลที่เราใช้ปลูก ไม้ผลแต่ละพันธุ์จะมีลักษณะแตกต่างกันออกไป เช่น มะม่วงประกอบด้วยพันธุ์ต่างๆ หลายสิบพันธุ์ ตัวอย่างเช่น แก้ว อกร่อง พิมเสนมัน ทองดำ เขียวเสวย เป็นต้น แม้แต่พันธุ์เดียวกันก็อาจประกอบไปด้วยสายพันธุ์ซึ่งแตกต่างออกไปจากพันธุ์เดิม เช่น พันธุ์อกร่อง อาจแยกออกเป็น อกร่องเขียว อกร่องทอง อกร่องกะทิ อกร่องกระจิบ อกร่องหัวโขน อกร่องแก้มแดง อกร่องทะวาย อกร่องมัน เป็นต้น ในแต่ละสายพันธุ์ ถ้าต่างต้นกันกรรมพันธุ์อาจแตกต่างกันได้ เช่น ต้นหนึ่งอาจให้ผลดก ลูกโตเสี้ยนน้อย และเป็นพันธุ์เบา แต่อีกต้นหนึ่งของสายพันธุ์เดียวกันอาจให้ลูกไม่ดก ลูกเล็ก มีเสี้ยนมากและเป็นพันธุ์หนัก เป็นต้น ฉะนั้นการเลือกพันธุ์ปลูก จึงมีความสำคัญต่อการทำสวนผลไม้เป็นอย่างมาก
โดยทั่วๆ ไปพันธุ์พืชที่ดี คือ พันธุ์ที่ให้ผลตอบแทนมากที่สุด ซึ่งพอสรุปลักษณะที่ต้องการได้ดังต่อไปนี้
๑. เป็นพันธุ์ที่มีการเจริญเติบโตได้ดี ให้ผลผลิตสูงสม่ำเสมอและสามารถผลิตได้ในต้นทุนที่ต่ำ
๒. ผลิตผลมีคุณภาพดีเป็นที่ต้องการของตลาดผลไม้สด และ (หรือ) ของโรงงานอุตสาหกรรมทำผลิตภัณฑ์จากผลไม้ ทนต่อการขนส่งและเก็บรักษาได้นาน สามารถขนส่งสู่ตลาดด้วยต้นทุนต่ำและตลาดต้องการในระยะยาว
๓. เป็นพันธุ์เบาหรือให้ผลนอกฤดูได้ และสามารถขยายพันธุ์ง่ายด้วยต้นทุนที่ไม่แพงนัก
๔. เป็นพันธุ์ที่ต้านทานโรคและแมลง
