เชียงใหม่เป็นเมืองหลวงของแคว้นล้านนาเป็นศูนย์กลางการปกครองของเมืองต่างๆ ที่ตั้งอยู่ในสภาพภูมิประเทศที่เป็นพื้นที่ราบริมแม่น้ำหว่างหุบเขาผืนใหญ่น้อยต่างๆ กัน ในบริเวณที่เป็นภาคเหนือตอนบนของประเทศไทยในปัจจุบันหรือลำพูน ริมแม่น้ำกวงสาขาของแม่น้ำปิง บนที่ราบหว่างหุบเขาผืนใหญ่ผืนเดียวกับเมืองเชียงใหม่ที่เป็นเมืองหลวง เมืองเชียงรายบนที่ราบหว่างหุบเขาผืนใหญ่อีกผืนหนึ่งริมน้ำแม่กกและน้ำแม่ลาว เมืองเชียงแสนบนที่ราบริมน้ำแม่โขงเหนือเมืองเชียงราย เมืองลำปางบนที่ราบหว่างหุบเขาของแม่น้ำวัง เมืองพะเยาบนที่ราบหว่างหุบเขาของแม่น้ำอิง เมืองแพร่บนที่ราบหว่างหุบเขาต้นแม่น้ำยม เมืองน่านบนที่ราบหว่างหุบเขาต้นแม่น้ำน่าน ฯลฯ
จากสภาพภูมิประเทศที่เป็นที่ราบผืนใหญ่บ้างเล็กบ้าง มีแม่น้ำสายใหญ่ไหลผ่านและแวดล้อมด้วยเทือกเขาเสมือนเป็นปราการตามธรรมชาติ ทำให้แต่ละเมืองมีอิสระในการปกครองตนเอง ก่อนที่จะมีการรวมกันเป็นแคว้นล้านนา แต่ละเมืองต่างก็มีตำนานบอกเล่าเรื่องราวความเป็นมาเป็นของตนเอง ว่าสืบสายตระกูลมาจากบรรพบุรุษที่แตกต่างกันออกไป
ผู้ที่เริ่มต้นรวบรวมบ้านเมืองในที่ราบหว่างหุบเขาเข้าเป็นแว่นแคว้นอันหนึ่งอันเดียวกันคือ พระเจ้ามังราย พระองค์เกิดบนที่ราบเชียงแสนสืบบรรพบุรุษตามตำนานมาจากปู่เจ้าลาวจก ผีต้นตระกูลที่สิงสถิตอยู่บนดอยตุงแห่งที่ราบเชียงแสน มารดาของพระองค์มีเชื้อสายมาจากเจ้าเมืองเชียงรุ่งแห่งลุ่มน้ำโขงในสิบสองปันนา ตามตำนาน เช่นนี้ มีความหมายชี้ให้เห็นศักยภาพของพระองค์ในการที่จะเป็นผู้รวบรวมผู้คนต่างเผ่าพันธุ์ ทั้งที่อาศัยอยู่บนที่สูงของที่ราบหว่างหุบเขา และผู้คนที่อาศัยอยู่บนที่ราบลุ่มแม่น้ำโขงเข้าด้วยกันได้
ในช่วงเวลาต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๙ พระเจ้ามังรายได้พาผู้คนอพยพลงทางใต้ จากที่ราบเชียงแสนมาสู่ที่ราบเชียงรายขึ้นบนที่ราบแถบลุ่มน้ำแม่กกและแม่ลาว บริเวณท้องที่อำเภอเวียงชัยในปัจจุบัน ทรงรวบรวมบ้านเล็กเมืองน้อยในละแวกใกล้เคียงเข้าเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน อาจจะกะประมาณพื้นที่ในการปกครองของพระองค์ในเวลานั้นได้ว่า ประมาณเท่ากับพื้นที่จังหวัดเชียงรายในปัจจุบัน โดยทางทิศใต้เป็นที่ราบหว่างหุบเขาอีกผืนหนึ่งที่น้ำแม่อิงไหลผ่าน เป็นดินแดนในการปกครองของพระยางำเมืองแห่งเมืองพะเยา ซึ่งมีความสัมพันธ์กับรัฐอิสระขนาดเล็กคือ แพร่กับน่าน และเกี่ยวข้องเป็นพันธมิตรกับพ่อขุนรามคำแหงแห่งแคว้นสุโขทัย
ส่วนทางทิศตะวันตกเป็นที่ราบลุ่มน้ำแม่ปิงอันอุดมสมบูรณ์และกว้างใหญ่ โดยมีเทือกเขาสูงต้นน้ำแม่ลาวกั้นอยู่ คือดินแดนของเมืองหริภุญไชย ที่มีอารยธรรมทางพระพุทธศาสนาสืบต่อกันมานานก่อนสมัยของพระเจ้ามังราย และมีความสัมพันธเกี่ยวข้องกับดินแดนในที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลาง ที่มีเมืองละโว้หรือลพบุรีเป็นเมืองสำคัญ เมื่อสามารถรวบรวมบ้านเล็กเมืองน้อยในบริเวณใกล้เคียงกับเมืองเชียงรายได้แล้วพระเจ้ามังรายจึงทรงตัดสินพระทัยขยายอำนาจของพระองค์ไปทางทิศตะวันตก สู่ที่ราบลำน้ำปิงซึ่งอยู่อีกฟากเขาต่อไป
เนื่องจากเมืองหริภุญไชยเป็นเมืองที่มีรากฐานมายาวนาน ทำให้พระเจ้ามังรายต้องใช้เวลานานถึง ๗ ปี จึงจะสามารถเข้ายึดครองได้โดยพระองค์ยกพลขึ้นเหนือตามลำน้ำกกอ้อมไปทางทิศเหนือของเทือกเขาที่ขวางกั้นอยู่ รวบรวมผู้คนที่อาศัยอยู่บนที่สูงของที่ราบต้นแม่น้ำ ซึ่งปัจจุบันนี้เรียกว่า ไทยใหญ่ แล้วค่อยๆ สร้างเมืองรุกคืบลงทางใต้ตามเส้นทางลำน้ำแม่ปิง คือ เมืองฝาง เมืองเชียงดาว และเมืองพร้าว ตามลำดับในที่สุดก็สามารถเข้ายึดเมืองหริภุญไชยและมีอำนาจเหนือลุ่มน้ำปิงตอนบนได้ทั้งหมดรวมทั้งนครเขลางค์บนที่ราบหว่างหุบเขาแม่น้ำวังอันเป็นเมืองในอาณัติของเมืองหริภุญไชยด้วยพระเจ้ามังรายมิได้ประทับที่เมืองหริภุญไชยที่ทรงยึดได้ แต่ได้มาตั้งเมืองใหม่ซึ่งอยู่เหนือเมืองหริภุญไชยขึ้นไปประมาณ ๒๕ กิโลเมตร เมื่อพ.ศ. ๑๘๓๙ และเรียกชื่อเมืองนั้นว่า เชียงใหม่สืบต่อกันมาจนถึงปัจจุบัน
พระเจ้ามังรายประทับอยู่ที่เมืองเชียงใหม่ซึ่งเป็นศูนย์กลางการปกครองแผ่นดินที่ทรงยึด มาได้ ส่วนดินแดนเก่าที่เมืองเชียงราย ทรงให้โอรสที่ไว้วางพระทัยปกครอง ดังนั้น เมืองหลวงของแคว้นล้านนาจึงอยู่ที่เมืองเชียงใหม่ตลอดพระชนม์ชีพของพระเจ้ามังราย พระองค์สิ้นพระชนม์ที่เมืองเชียงใหม่ แต่โอรสและนัดดาของพระองค์กลับไปครองเมืองเชียงรายตามเดิม โดยเมืองเชียงใหม่เป็นเมืองรองที่มีเจ้าเมืองเป็นทายาทของกษัตริย์ที่ประทับอยู่ที่เมืองเชียงรายเชียงใหม่จึงยังมิได้เป็นศูนย์กลางการปกครองของแคว้นล้านนาอย่างแท้จริง
เชื้อสายของพระเจ้ามังรายที่กลับไปครองเมืองเชียงรายเป็นศูนย์กลางของแคว้น และต่อมาได้ย้ายไปอยู่ที่เมืองเชียงแสน โดยไม่กลับมาครองเมืองเชียงใหม่ต่อจากพระเจ้ามังรายนั้นน่าจะมีเหตุผลว่า พระเจ้ามังรายสามารถขจัดอิทธิพลของอำนาจเดิมที่มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองหริภุญไชยและนครเขลางค์ได้อย่างเด็ดขาดแล้วประการหนึ่ง อีกประการหนึ่ง เนื่องจากในเวลานั้น ดินแดนเดิมริมฝั่งแม่น้ำโขง โดยเฉพาะที่เมืองเชียงแสนเปรียบเทียบเสมือนปากประตูที่จะเข้าไปสู่แผ่นดินภายในทวีปตามเส้นทางแม่น้ำโขง มีสินค้าอันเป็นที่ต้องการระหว่างแผ่นดินภายในกับดินแดนล้านนาที่จะแลกเปลี่ยนกัน คือ เกลือสินเธาว์จากบริเวณสิบสองปันนา และข้าวกับธัญญาหารต่างๆ จากเมืองเชียงราย เชียงแสนและเชียงใหม่ ประการสุดท้ายคือ ใต้เมือง เชียงรายลงไป เป็นดินแดนของเมืองพะเยาที่ยังมีความเป็นอิสระอยู่ และอาจจะขยายอำนาจขึ้นมาครอบครองขอบเขตของเมืองเชียงรายและเชียงแสนก็ได้
ดังนั้น ในช่วงหลังของพุทธศตวรรษที่ ๑๙ พระเจ้าคำฟู เหลนของพระเจ้ามังรายที่ครองเมืองเชียงแสนซึ่งเป็นศูนย์กลางของแคว้น สามารถยึดรวมเมืองพะเยาไว้ในอาณาเขตได้ กษัตริย์องค์ต่อมาคือ พระเจ้าผายู ซึ่งเป็นโอรส จึงกลับมาครองเมืองเชียงใหม่ซึ่งเป็นศูนย์กลางของแคว้นล้านนาและได้รวบรวมดินแดนต่างๆ อย่างต่อเนื่องมาเกือบ ๑๐๐ ปี นับแต่สร้างเมืองเชียงใหม่จนกระทั่งเมื่อ พ.ศ. ๑๙๘๑ พระเจ้าติโลกราชซึ่งเป็นกษัตริย์องค์สำคัญของล้านนา ก็ได้รวมเอานครรัฐอิสระ คือเมืองแพร่และเมืองน่าน เข้าอยู่ในดินแดนของแคว้นล้านนาได้ สมัยนี้นับเป็นสมัยที่ดินแดนล้านนามีความเป็นปึกแผ่นทั้งด้านการเมืองและวัฒนธรรม
ในสมัยที่พระเจ้าติโลกราชทรงปกครองเมืองเชียงใหม่นั้น (พ.ศ. ๑๙๘๑ - ๒๐๓๐) เป็นสมัยที่แคว้นล้านนามีอาณาเขตกว้างขวาง เขตแดนของล้านนาครอบคลุมไปถึงบางส่วนของดินแดนสิบสองปันนาทางทิศเหนือ ส่วนทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือครอบคลุมไปในส่วนของแคว้นฉานหรือดินแดนไทยใหญ่ที่อยู่ในสหภาพพม่า และจากการที่พระองค์ได้เมืองแพร่และเมืองน่านเข้าไว้ในอำนาจ ทำให้ขอบเขตแคว้นล้านนาที่พระองค์ทรงปกครองอยู่ทางทิศใต้ ติดต่อกับดินแดนของราชอาณาจักรอยุธยาทุกเส้นทางของลำน้ำ คือ ปิง ยม และน่าน เพราะขณะนั้น ดินแดนแคว้นสุโขทัยที่คั่นอยู่ตามลุ่มน้ำเหล่านี้ได้ถูกผนวกไว้ในขอบเขตของกรุงศรีอยุธยาแล้ว
ตามประวัติศาสตร์ของแคว้นสุโขทัย การรวมตัวกับอาณาจักรอยุธยามีปัจจัยสำคัญอย่างหนึ่งคือ การเป็นเครือญาติกันระหว่างราชวงศ์สุโขทัย กับสุพรรณภูมิ ส่วนราชวงศ์มังรายนั้น แม้ไม่มีหลักฐานแน่ชัดว่า ราชวงศ์สุโขทัยจะมีความสัมพันธ์ทางเครือญาติอยู่ด้วยหรือไม่ก็ตาม แต่ก็มีหลักฐานที่ทำให้สันนิฐานได้ว่า ราชวงศ์สุโขทัยบางสายน่าจะมีความเกี่ยวข้องเป็นเครือญาติกับราชวงศ์ของล้านนาบางสายด้วยคือ พระพุทธรูปองค์หนึ่งซึ่งเก็บรักษาอยู่ที่วัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามกรุงเทพฯ เป็นพระพุทธรูปศิลปะผสมระหว่างล้านนากับสุโขทัย ที่ฐานะพระพุทธรูปได้ถูกจารึกไว้ว่า แม่พระพิลก ซึ่งเป็นพระมารดาของพระเจ้าติโลกราช กับ เจ้าแม่ศรีมหามาตาสตรีสูงศักดิ์คนหนึ่งของสุโขทัยได้ร่วมกันสร้างขึ้น
ในปี พ.ศ. ๑๙๙๔ ได้เกิดการขัดแย้งกันในเรื่องการแบ่งขอบเขตการปกครอง ระหว่างพระยายุทธิษฐิระ เจ้าเมืองสองแคว (พิษณุโลก)กับสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถแห่งกรุงศรีอยุธยาซึ่งเป็นพระญาติสนิทกัน พระยายุทธิษฐิระจึงขึ้นมาถวายตัวกับพระเจ้าติโลกราชที่เมืองเชียงใหม่ซึ่งพระเจ้าติโลกราชได้รับไว้ให้อยู่ในฐานะลูกพระยายุทธิษฐิระชักชวนพระเจ้าติโลกราชให้ยก กองทัพลงไปยึดครองบ้านเมืองในแคว้นสุโขทัยเดิมสันนิษฐานว่า พระเจ้าติโลกราชจะทรงอ้างสิทธิในการเป็นเครือญาติเช่นเดียวกับกษัตริย์กรุงศรีอยุธยาในการยกทัพลงไปยึดครองบ้านเมืองในแคว้นสุโขทัย ซึ่งกรุงศรีอยุธยาถือว่าเป็นกลุ่มเมืองทางเหนือของตน จึงเกิดเป็นสงครามยึดเยื้อกับกรุงศรีอยุธยาไปจนสิ้นรัชสมัยของพระองค์ซึ่งในช่วงเวลาการทำสงครามนั้น ยังมีเจ้าเมืองอื่นในแคว้นสุโขทัยเดิมคือ เจ้าเมืองเชลียงหรือ ศรีสัชนาลัย ได้เข้าร่วมกับฝ่ายพระเจ้าติโลกราชด้วย ดังปรากฏรายละเอียดการทำสงครามชิงเมืองศรีสัชนาลัยกลับคืนในวรรณคดีเรื่อง ลิลิตยวนพ่าย
แคว้นล้านนาที่มีเมืองเชียงใหม่เป็นเมืองหลวงศูนย์กลางการปกครองนั้น เป็นดินแดนที่มีความเจริญรุ่งเรืองทางด้านพระพุทธศาสนาอย่างแท้จริง เห็นได้จากหลักฐานที่เป็นโบราณสถานโบราณวัตถุทางด้านพระพุทธศาสนาที่มีให้เห็นโดยทั่วไปทั้งเขตเมืองและชนบท รวมทั้งเอกสารลายลักษณ์อักษรที่ส่วนใหญ่บันทึกอยู่ในใบลานซึ่งมีอยู่เป็นจำนวนมาก จะแสดงประวัติ ศาสนา ภูมิปัญญาของพระสงฆ์ล้านนา และความศรัทธาตั้งมั่นของประชาชนที่มีต่อพระศาสนา
เมื่อครั้งที่พระเจ้ามังรายยึดเมืองหริภุญไชยได้ และสร้างเมืองเชียงใหม่ที่เชิงดอยสุเทพนั้นเอกสารตำนานของล้านนาและหลักฐานทางโบราณคดีชี้ให้เห็นว่า พระองค์ได้ให้การอุปถัมภ์พระพุทธศาสนาที่เคยรุ่งเรืองอยู่ของเมืองหริภุญไชยและได้กลายเป็นศาสนาของล้านนาในเวลาต่อมาแต่การนับถือผีพื้นเมืองที่มีบรรพบุรุษคือปู่เจ้าลาวจก ก็ยังเป็นเรื่องที่มีการจดจำ และสืบทอดกันต่อมาพร้อมกับพระพุทธศาสนาได้อย่างกลมกลืนด้วยเหตุนี้ ในคำอธิบายของนักปราชญ์ล้านนาแต่โบราณเกี่ยวกับต้นตระกูลของพระเจ้ามังราย จึงมิได้อ้างอิงบรรพบุรุษของตนเข้ากับเรื่องพระมหาสมมติ อันเป็นแนวคิดทางพระพุทธศาสนา เกี่ยวกับปฐมกษัตริย์ในสมัยปฐมกัปป์ ซึ่งได้แก่ราชวงศ์กษัตริย์ทั้งหลายในชมพูทวีป รวมทั้งศากยวงศ์ขององค์สมเด็จพระสมณโคดมพุทธเจ้าด้วย ที่ล้วนสืบสายมาจากสมมติวงศ์เดียวกันนี้ทั้งสิ้น สมมติวงศ์เป็นเรื่องที่นักปราชญ์ล้านนามักใช้อธิบายความเป็นมาของราชวงศ์กษัตริย์ของดินแดนอื่นๆ ที่มีความเก่าแก่กว่า อาทิเช่นกรุงศรีอยุธยา หรือเมืองพระนครหลวงกัมพูชา ส่วนตำนานบรรพบุรุษราชวงศ์ของพระเจ้ามังรายกลับได้รับคำอธิบายว่า เป็นคนพื้นเมืองที่ทำนุบำรุงพระพุทธศาสนา ปกครองบ้านเมืองตามหลักธรรมของพระพุทธเจ้า เป็นทายาทของพระพุทธองค์โดยทางธรรม หรือพระธรรมทายาท
การอธิบายที่มาของต้นตระกูลราชวงศ์มังรายตามที่กล่าวข้างต้น สามารถแสดงถึงความเจริญรุ่งเรืองทางพระพุทธศาสนาของเมืองเชียงใหม่ได้ประการหนึ่ง เนื่องจากมีการเผยแผ่พระพุทธศาสนาเข้ามาหลายกระแส และได้รับการอุปถัมภ์จาก กษัตริย์เชียงใหม่อย่างต่อเนื่อง เริ่มตั้งแต่สมัย พระเจ้ามังราย เป็นสำนักสงฆ์พื้นเมืองที่สืบทอด มาจากเมืองหริภุญไชย พระพุทธศาสนาจากสุโขทัยนำโดยพระสุมนเถระ ซึ่งพระมหาธรรมราชาลิไทส่งขึ้นมาเมื่อ พ.ศ. ๑๙๑๒ ตรงกับสมัยของ พระเจ้ากือนาแห่งเมืองเชียงใหม่ เป็นพระพุทธศาสนาที่มีประวัติว่าสืบทอดมาจากนครพัน เมืองมอญริมอ่าวเมาะตะมะ โดยมีอาจารย์เจ้าสำนักไปบวชเรียนมาจากเกาะลังกาอีกทอดหนึ่ง เมื่อขึ้นมาถึงเมืองเชียงใหม่ ก็ได้รับการอุปถัมภ์จากพระเจ้ากือนาให้ตั้งสำนักอยู่ที่วัดบุปผาราม หรือวัดสวนดอก (ไม้) นอกเมืองเชียงใหม่ทางทิศใต้หลังสุดเป็นพระสงฆ์ที่บวชเรียนมาจากเกาะลังกาโดยตรง ตั้งสำนักอยู่ที่วัดป่าแดง นอกเมืองเชียงใหม่ทางทิศตะวันตก
พระสงฆ์ของเมืองเชียงใหม่เหล่านี้เป็นผู้รู้ที่ทำให้เมืองเชียงใหม่มีความก้าวหน้าทางด้านภาษาวรรณคดีต่างๆ ทั้งเรื่องราวทางโลกและทางศาสนา มีหลักฐานมากมายตกทอดมาถึงปัจจุบัน โดยถูกเก็บรักษาไว้และให้บริการอยู่ในหอสมุดแห่งชาติ การสังคายนาพระไตรปิฎกที่วัดมหาโพธารามหรือวัดเจ็ดยอดได้รับการสนับสนุนโดยพระเจ้าติโลกราช เมื่อ พ.ศ. ๒๐๒๐ แสดงให้เห็นถึงความแตกฉานในพระไตรปิกฎของพระสงฆ์ล้านนาอย่างแท้จริง การสร้างกำแพงเมืองเชียงใหม่ด้วยอิฐ และมีแผนผังเป็นรูปสี่เหลี่ยมที่เรียกกันว่าเป็นกำแพงชั้นในนั้น เมื่อพิจารณาถึงความหมายและวันเวลาในการประกอบพิธีโดยพระเมืองแก้ว กษัตริย์เชียงใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๐๖๐ แสดงให้เห็นถึงความรอบรู้ในแนวคิดเกี่ยวกับจักรวาลตามคัมภีร์ทางศาสนา และการคำนวณทางดาราศาสตร์ของนักปราชญ์เชียงใหม่ในสมัยนั้นได้เป็นอย่างดี
ความเจริญรุ่งเรืองของพระพุทธศาสนาที่เป็นรากฐานของความเจริญก้าวหน้าทางวิชาความรู้ของล้านนานั้น ได้ส่งเสริมความศักดิ์สิทธิ์ใหแก่สถาบันพระมหากษัตริย์ของเชียงใหม่ ในฐานะที่เป็นอัครศาสนูปถัมภก การผลัดเปลี่ยนแผ่นดินก็กระทำอยู่ในแวดวงของราชวงศ์มังรายซึ่งครองอำนาจชอบธรรมต่อราชบัลลังก์เชียงใหม่ตลอดมา อย่างไรก็ดี อำนาจชอบธรรมที่ราช วงศ์มังรายครองราชบัลลังก์เมืองเชียงใหม่อยู่นั้นกลับตกอยู่กับข้าราชสำนักส่วนกลางในเมืองเชียงใหม่ ซึ่งเป็นแวดวงของราชินีกูลที่มีเชื้อสายทางไทยใหญ่เป็นส่วนมาก อำนาจของข้าราชสำนักส่วนกลางเริ่มเห็นได้อย่างชัดเจนในสมัยที่สนับสนุนพระเจ้าสามฝั่งแกน พระราชบิดาของพระเจ้าติโลกราชให้ขึ้นสู่ราชบัลลังก์ตั้งแต่มีพระชนมายุเพียง ๑๔ พรรษา เมื่อ พ.ศ. ๑๙๔๕ หลังจากนั้น บทบาทของพระมหากษัตริย์และพระราชมารดาจะได้รับการกล่าวถึงควบคู่กันไปว่ามหาราชเจ้าทั้งสองพระองค์ หรือ พระเป็นเจ้าแม่ลูก ฯลฯ ซึ่งปรากฏให้เห็นทั้งในศิลาจารึกและเอกสารประเภทตำนานของล้านนาตลอดมา
บทบาทของพระมหากษัตริย์และพระราชมารดาที่ปรากฏควบคู่กันแสดงถึงอำนาจของพระราชเทวีผู้เป็นพระราชมารดา ซึ่งมีขุนนางข้าราชสำนักที่เป็นเครือญาติกำกับอยู่เบื้องหลังยกเว้นในสมัยพระเจ้าติโลกราชเท่านั้นที่ทรงดึงการสนับสนุนจากกำลังขุนนางหัวเมือง ซึ่งเป็นญาติทางฝ่ายพระราชมารดาของพระองค์อีกเช่นกัน เข้ามาข่มอำนาจของข้าราชสำนักส่วนกลาง มิให้แสดงอำนาจเกินขอบเขตออกมา ซึ่งผลสุดท้าย พระองค์ก็สามารถเรียกอำนาจ กลับคืนมาได้ทั้งหมด และสามารถควบคุมข้าราชสำนักทั้งในส่วนกลางและหัวเมือง ให้อยู่ภายใต้การปกครองของพระองค์ได้อย่างแท้จริงพระองค์จึงเป็นกษัตริย์พระองค์หนึ่งของล้านนาที่มีอำนาจมาก
แต่หลังจากที่พระเจ้าติโลกราชสวรรคตขุนนางข้าราชสำนักส่วนกลางก็สามารถยึดอำนาจกลับคืนไปได้อีก ครั้งนี้ถึงขั้นถอดถอนพระเจ้าแผ่นดินพระองค์เดิม และส่งไปอยู่หัวเมืองที่เป็นกลุ่มเมืองไทยใหญ่ฝ่ายของตน แล้วสนับสนุนพระเจ้าแผ่นดินพระองค์ใหม่ในราชวงศ์ขึ้นมาแทนโดยมีพระราชมารดาอยู่เคียงข้าง เป็นเช่นนี้เรื่อยมาและในที่สุดก็มีการปลงพระชนม์พระเจ้าแผ่นดินไป๒ พระองค์ เพื่อสนับสนุนพระเจ้าแผ่นดินพระองค์หม่ ที่คิดว่าจะยินยอมเป็นหุ่นเชิดให้แก่ฝ่ายตนซึ่งนับว่าเป็นความตกต่ำถึงที่สุดของระบบขุนนางในราชสำนักเชียงใหม่
ข้าราชการในแคว้นล้านนาจึงเกิดการแตกแยกกันขึ้น โดยแบ่งออกเป็นกลุ่มใหญ่ๆ ได้ ๒ กลุ่มคือ กลุ่มราชสำนักส่วนกลางที่สนับสนุน ให้เจ้าฟ้าไทยใหญ่เชื้อสายราชวงศ์มังราย ซึ่งอยู่ที่เมืองนายทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำสาละวินให้เป็นกษัตริย์เมืองเชียงใหม่ และกลุ่มข้าราชการหัวเมืองสำคัญคือ ลำปาง เชียงราย เชียงแสนและเมืองพาน ที่สนับสนุนเชื้อสายราชวงศ์มังรายซึ่งอยู่ที่ราชอาณาจักรลาวล้านช้าง ในที่สุดขุนนางในราชสำนักส่วนกลางเฉพาะตัวการสำคัญ ที่ปลงพระชนม์พระเจ้าแผ่นดิน ก็ได้ถูกฝ่ายขุนนางหัวเมืองกำจัดไปได้ และราชอาณาจักรลาวล้านช้างได้ส่งพระไชยเชษฐา ซึ่งมีเชื้อสายทางพระราชมารดาเป็นราชวงศ์มังรายให้ขึ้นเสวยราชสมบัติแต่ก็เป็นได้เพียงระยะสั้น ก็มีเหตุให้พระองค์ต้องเสด็จกลับราชอาณาจักรเดิมของพระองค์โดยที่ยังถือสิทธิในดินแดนล้านนาว่ายังคงเป็นของพระองค์อยู่ต่อไป
ด้วยเหตุนี้ เมื่อพระเมกุฏิเจ้าฟ้าเมืองนายเชื้อสายราชวงศ์มังรายเสด็จมาครองเมืองเชียงใหม่ตามคำทูลเชิญของข้าราชสำนักเชียงใหม่ เมื่อพ.ศ. ๒๐๔๙ บ้านเมืองในแคว้นล้านนาจึงยังคงอยู่ในสภาวะไม่ปกติที่ต้องมีการรบกับราชอาณาจักรลาวล้านช้างอยู่ประปราย จนกระทั่ง พ.ศ. ๒๑๐๑เจ้าฟ้าเมืองนายผู้เป็นพระเชษฐาของพระเมกุฎิได้ยอมอ่อนน้อมต่อพม่า พม่าจึงอ้างสิทธินั้นเข้ายึดครองเมืองเชียงใหม่ โดยยังคงให้พระเมกุฏิเป็นกษัตริย์ครองเมืองเชียงใหม่อยู่เหมือนเดิมแต่ไม่นานพระองค์ก็ถูกจังตัวไปเพราะคิดแข็งข้อต่อพม่า
เชียงใหม่ในช่วงเวลานี้ ซึ่งอยู่ประมาณช่วงเวลาเดียวกันกับที่กรุงศรีอยุธยาเสียเอกราชแก่พม่าครั้งที่ ๑ เป็นเมืองประเทศราชอาณาจักรพม่ากษัตริย์ผู้ครองเมืองเชียงใหม่ที่เป็นพม่าบางพระองค์มีเชื้อสายราชวงศ์มังรายทางพระราช มารดา ดังนั้น แม้ว่าจะตกอยู่ภายใต้อำนาจการปกครองของพม่าก็ตาม แต่ทางด้านศิลป-วัฒนธรรมของเชียงใหม่และหัวเมืองอื่นๆ ของล้านนาก็ยังมีเอกลักษณ์เป็นของตนเองสืบมา การสร้างวัดอารามต่างๆ ในช่วงเวลานี้ก็ยังสืบทอดศิลปกรรมของล้านนา รวมทั้งงานวรรณกรรมที่เขียนขึ้นตามแบบฉบับของล้านนา ก็พบว่ามีการเขียนขึ้นในช่วงเวลานี้ด้วยเหมือนกัน
บ้านเมืองในล้านนาภายใต้อำนาจของราชอาณาจักรพม่าอยู่ในสภาวะปกติเพียงระยะสั้นๆ เมื่อพระเจ้าบุเรงนองกษัตริย์ของพม่าสวรรคตลงอำนาจจากพม่าก็ลดน้อยลง สมเด็จพระนเรศวรได้ยกทัพขึ้นมาโดยทางฝ่ายเมืองเชียงใหม่ยอมอ่อนน้อม และส่งพระรามเดโชขึ้นมาควบคุมดูแลเมืองเชียงแสน แต่กรุงศรีอยุธยาก็ไม่มีกำลังเพียงพอที่จะรักษาอำนาจให้คงอยู่ตลอดไปในล้านนา ผลสุดท้ายพระรามเดโชก็ต้องเสียเมืองเชียงแสนให้แก่กองทัพของล้านช้าง ขณะนั้นบ้านเมืองไทยในล้านนานก็เกิดความวุ่นว่ายขึ้นอีกความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันของแว่นแคว้นได้หมดสิ้นไป มีการแย่งชิงอำนาจกันเองระหว่างเมืองต่างๆ บ้าง มีการทำศึกกับล้านช้างที่ยกทัพเข้ามาตีบ้านเมืองบ้าง เป็นเช่นนี้เรื่อยมาจนถึงสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชแห่งกรุงศรีอยุธยาพระองค์ก็เคยยกทัพขึ้นมายึดเมืองเชียงใหม่ได้แต่กรุงศรีอยุธยาก็ยังคงไม่มีกำลังเพียงพอที่จะคุมอำนาจในแคว้นล้านนาได้ตลอด
อาจกล่าวโดยเทียบระยะเวลากับกรุงศรีอยุธยาว่า ในช่วงเวลาประมาณ ๒๐๐ ปี ระหว่างการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๑ จนถึงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที ๒ นั้น สภาวะบ้านเมือง ในล้านนามีแต่จะเสื่อมถอยลง บ้านเมืองมีแต่ความวุ่นว่ายจากการช่วงชิงอำนาจกันเอง และจากศึกภายนอก คือ กรุงศรีอยุธยา ล้านช้าง และพม่า จนในที่สุดในช่วงเวลาสมัยกรุงธนบุรี ผู้คนที่อยู่ตามบ้านเมืองขนาดใหญ่ของล้านนาต่างพากันอพยพหนีภัยออกจากเมือง บ้างก็ถูกปล้นสะดมกวาดต้อนไป ในที่สุด เชียงใหม่ซึ่งอดีตเคยเป็นเมืองหลวงของแคว้นล้านนา และมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข ก็ต้องกลายเป็นเมืองร้าง ตั้งแต่ประมาณปี พ.ศ. ๒๓๑๗
ในช่วงเวลาก่อนหน้านั้นเล็กน้อย พี่น้องในตระกูลหนานทิพย์ช้างที่เมืองลำปาง ซึ่งเป็นผู้นำคนสำคัญของล้านนา ได้รวบรวมผู้คนเข้าร่วมกับพระเจ้ากรุงธนบุรีในการต่อสู้กับพม่า และได้รวบรวมผู้คนที่แตกฉานซ่านเซ็นอยู่ตามที่ต่างๆ ให้กลับคืนมาดังเดิม โดยมีกองทัพของกรุงธนบุรีสนับสนุนด้วยในบางครั้ง พื่น้องตระกูลหนาน ทิพย์ช้างคนสำคัญคือ พระยากาวิละ ได้ร่วมกับ กรุงธนบุรีในการนำความสงบกลับคืนมายังดินแดนล้านนา แม้เมื่อสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีจะ สวรรคตไปแล้ว และพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชได้สถาปนากรุงรัตนโกสินทร์ ขึ้น พระยากาวิละและพี่น้องก็ยินดีเข้าร่วมกับกรุงรัตนโกสินทร์ต่อมา ในที่สุด เมื่อรวบรวมผู้คนและปฏิสังขรณ์เมืองเชียงใหม่ได้พอสมควรแล้ว พระยากาวิละและพี่น้องก็ได้เข้าครองเมืองเชียงใหม่เมื่อ พ.ศ. ๒๓๓๙ ในวันอาทิตย์ ขึ้น ๘ ค่ำ เดือน ๖ โดยมีฐานะเป็นเจ้าประเทศราชและขึ้นตรงต่อกรุงรัตนโกสินทร์
