อาหารธรรมชาติของปลาแบ่งออกเป็น ๓ พวกด้วยกันคือ (๑) อาหารหลัก คือ อาหารธรรมชาติที่ปลาต้องการภายใต้สภาวะที่เหมาะสมและมีชีวิตอยู่ได้ดีที่สุด (๒) อาหารที่ปลากินในบางโอกาส คือ อาหารธรรมชาติที่มีลักษณะคล้ายคลึงกันที่มีอยู่ในบ่อ และ (๓) อาหารยามฉุกเฉิน คือ อาหารที่ปลากินเมื่อขาดอาหารที่ต้องการ และอาหารที่กินเข้าไปก็เพื่อความอยู่รอดเท่านั้น แพลงก์ตอนสัตว์ที่ประกอบด้วยกุ้งปูขนาดเล็ก และโรทิเฟอร์ เป็นอาหารหลักของลูกปลาขนาด ๑๕-๒๐ มิลลิเมตรแต่พวกแพลงก์ตอนพืชขนาดเล็กเป็นอาหารยามฉุกเฉินของลูกปลาขนาดดังกล่าว ลูกปลาซึ่งมีลำไส้เล็ก สั้น และเป็นเส้นตรงสามารถย่อยแพลงก์ตอนสัตว์พวกโรทิเฟอร์ได้ แต่แพลงก์ตอนพืชค่อนข้างย่อยยาก พวกสาหร่ายและสาหร่ายสีเขียวชนิดเส้นที่ไม่ย่อยจะสังเกตได้จากมูลของปลาที่ถ่ายออกมา
ความรู้ในเรื่องวัฏจักรชีววิทยาในบ่อปลา เป็นพื้นฐานในการเพาะเลี้ยงปลา การเริ่มของวัฏจักรคือ พืชสีเขียวจะเปลี่ยนอนินทรียสาร รวมทั้งกรดคาร์บอนิก และแร่ธาตุต่างๆ ในน้ำให้เป็นอินทรียสารในรูปของเนื้อเยื่อพืช โดยอาศัยพลังงานจากแสงแดด พืชเหล่านี้ ได้แก่ พืชชั้นต่ำ และพวกแพลงก์ตอนพืชรวมทั้งแพลงก์ตอนสัตว์ ซึ่งจะเป็นอาหารของสัตว์ขนาดเล็กและจะกลายเป็นอาหารของสัตว์ขนาดที่โตกว่า ทั้งพืชและสัตว์ดังกล่าวก็จะกลายเป็นอาหารของปลาต่อไป
ชนิดของสัตว์น้ำที่มีคุณค่าทางอาหารสำหรับปลา ซึ่งเกิดในบ่อปลาตามธรรมชาติประกอบด้วยกลุ่มของสัตว์ต่างๆ คือ
๑. โรทิเฟอร์ มีขนาดเล็กมาก มีความยาว ๑/๕๐-๒๐มิลลิเมตร มีชีวิตอยู่ได้ไม่เกิน ๒-๓ สัปดาห์ แต่จะเกิดใหม่ทดแทน พบปะปนอยู่กับแพลงก์ตอน และพบตามหน้าดิน โดยเฉพาะในที่ซึ่งมีพืชมาก ลูกปลาและปลาเล็กกินโรทิเฟอร์เป็นอาหาร
๒. ตัวหนอน มีตัวหนอนอยู่ ๒-๓ ชนิด ที่เป็นอาหารสำคัญของปลา ที่พบมากได้แก่ ไส้เดือน ไส้เดือนมีขนาดตั้งแต่เล็ก มีความยาว ๘-๑๕ มิลลิเมตร ไปจนถึง ๓๐ เซนติเมตร ในโคลนก้นบ่อที่มีอินทรียสารสูง จะเป็นที่อยู่อาศัยของกลุ่มทูบิ-เฟกซ์ (tubifex) ซึ่งเป็นตัวหนอนสีแดง มีความยาว ๒๕-๘๕มิลลิเมตร มีเส้นผ่านศูนย์กลาง ๑ มิลลิเมตร หนอนนี้จะขับเมือกผสมกับดินโคลนทำเปลือกห่อหุ้มตัว ทำให้มีน้ำหนักจมลงสู่ก้นบ่อ และยื่นส่วนหน้าของลำตัวออกมาแกว่งไกวเหนือพื้น
๓. หอย ส่วนใหญ่อาศัยระหว่างพืชน้ำหรือตามก้นบ่อ กินพวกพืชและเศษเน่าเปื่อยเป็นอาหาร ในบ่อเลี้ยงปลามักจะพบหอยฝาเดียว เช่น หอยขม และหอย ๒ ฝา เช่น หอยกาบ ปลาที่กินหอยเป็นอาหาร ได้แก่ ปลาตะโกก ปลาเฉาดำ
๔. พวกกุ้ง ปู (crustaceans) เป็นพวกที่มีความสำคัญที่สุดในแง่ที่เป็นอาหารปลา พวกกุ้งและปูชั้นต่ำ เป็นอาหารหลักของลูกปลา ปลาวัยอ่อน และเป็นอาหารหลักของปลาที่กินแพลงก์ตอนเป็นอาหาร พวกกุ้งและปูชั้นสูงเป็นอาหารของปลาใหญ่ พวกกุ้งและปูชั้นต่ำ อาศัยอยู่ตามพื้นก้นบ่อ อยู่ระหว่างพืชน้ำ พวกที่พบมากและมีความสำคัญในแง่เป็นอาหารปลาได้แก่ กุ้ง ซึ่งมีขนาดเล็ก มีความยาว ๑๔ ถึง ๓ มิลลิเมตรซึ่งเราเรียกรวมๆไปว่า ไรน้ำ พวกนี้จะเกิดขึ้นเมื่อใส่ปุ๋ยอินทรีย์พวกออสตราคอดมีเปลือกใส ๒ ฝา ห่อหุ้มตัวคล้ายหอยกาบ มีขนาดความยาว ๐.๕-๒.๕ มิลลิเมตร อาศัยอยู่ตามพื้นก้นบ่อ สกุลที่พบได้แก่ ไซพริส (Cypris)
พวกโคพีพอด มีขนาดความยาวไม่เกิน ๕ มิลลิเมตรอาศัยอยู่ตามชายตลิ่งหรือผิวน้ำ ที่พบเสมอ ได้แก่ สกุลไซคลอปส์ (Cyclops)
ในพวกมาลาคอสตราคา (malacostraca) ซึ่งเป็นพวกกุ้งและปูชั้นสูง ที่พบในบ่อสม่ำเสมอ ได้แก่ กุ้งฝอยหรือกุ้งน้ำจืดขนาดเล็ก
๕. แมลง เป็นส่วนสำคัญของอาหารปลาที่เลี้ยงในบ่อปลาจะกินตัวอ่อนของแมลงเป็นอาหาร ในบรรดาแมลงด้วยกันตัวอ่อนของพวก เมย์ไฟลส์ (may flies) และพวกหนอนแดงมีความสำคัญในแง่เป็นอาหารมากที่สุด หนอนแดงมีรูปร่างป้อมทรงกระบอก มีขนาดความยาว ๒-๒๐ มิลลิเมตร อาศัยอยู่ในเกราะหุ้มตัวอยู่ตามพื้นก้นบ่อ
ปลาที่เลี้ยงในบ่อ เช่น ปลาไน ปลาตีลาเบีย อาหารธรรมชาติในบ่อมีส่วนสำคัญในการเจริญเติบโต ปลาไนที่เลี้ยงในบ่อกินอาหารธรรมชาติประมาณร้อยละ ๕๐ และกินอาหารสมทบประมาณร้อยละ ๕๐ และปลาตีลาเบียกินอาหารธรรมชาติในบ่อประมาณร้อยละ ๑๐ ฉะนั้น จะเห็นได้ว่าในบ่อที่ขาดความอุดมสมบูรณ์ ผลผลิตของปลาจะต่ำลง แต่ถ้าหากใส่ปุ๋ยจะทำให้ผลผลิตสูงขึ้น อาหารธรรมชาติในบ่อเป็นอาหารที่เสริมสร้างการเจริญเติบโตให้แก่ปลา จากการทดลองพบว่าการเติมไรน้ำและตัวอ่อนของแมลงไปในอาหารสมทบเพียงเล็กน้อยทำให้ปลาเจริญเติบโตเห็นได้ชัด ซึ่งแสดงว่า ในสัตว์ดังกล่าว มีสารที่ช่วยในการเจริญเติบโต
อาหารธรรมชาติซึ่งเกิดขึ้นในบ่อมีโปรตีนสูง สาหร่ายที่เกิดในบ่อน้ำกร่อยที่เลี้ยงปลานวลจันทร์ทะเล มีโปรตีนร้อยละ๑-๑.๖ พวกตัวอ่อนของแมลง พวกไรน้ำ ล้วนแต่มีโปรตีนสูงทั้งสิ้น กล่าวคือ มีโปรตีนร้อยละ ๖.๘-๑๑.๘
