ตามความหมายโดยทั่วไป สารพิษ หมายถึงสารที่เป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิต และทรัพย์สินสารพิษซึ่งมีหรือเกิดขึ้นในสิ่งแวดล้อมรอบตัวเราที่เข้ามาปะปนหรือปนเปื้อนอาหาร แล้วก่อให้เกิดอาการพิษแก่ผู้บริโภคนั้น จำแนกตามแหล่งที่มาได้เป็น ๒ ประเภทคือ
สิ่งที่มีอยู่ตามธรรมชาติ ในดิน น้ำ อากาศ เช่น จุลินทรีย์ (บัคเตรี เชื้อราและไวรัส) สารพิษที่จุลินทรีย์สร้างขึ้นเมื่อภาวะแวดล้อมเหมาะสมโลหะบางชนิดในดิน น้ำและแร่ธาตุที่มีสารกัมมันตรังสี เป็นต้น
สิ่งที่มนุษย์สร้างขึ้น ได้แก่ สารเคมีที่ใช้ในการเกษตร เช่น สารกำจัดแมลง ปุ๋ย สารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรม หรือเกิดจาก กระบวนการผลิตทางอุตสาหกรรม เช่น สารประกอบโลหะ สารพีซีบี (PCBs = polychlorinated biphenyls) ซึ่งใช้เป็นสารหล่อลื่นในอุตสาหกรรมหลายประเภท สารไฮโดร-คาร์บอนจากอุตสาหกรรมปิโตรเลียม และสารกัมมันตรังสีที่ใช้ในการผลิตไฟฟ้าเป็นต้น
สิ่งปนเปื้อนอาหารไม่ว่าจะมีอยู่ตามธรรมชาติหรือมนุษย์สร้างขึ้นนี้ หากจำแนกตามคุณสมบัติของสาร จะแบ่งได้ ๓ ประเภท คือสิ่งมีชีวิต (บัคเตรี เชื้อรา เป็นต้น) สารเคมี (สารกำจัดแมลง โลหะ สารพิษที่จุลินทรีย์สร้างขึ้น เป็นต้น) และสารกัมมันตรังสี สารพิษที่เข้ามาสู่อาหารในลักษณะที่กล่าวมาแล้ว ทางวิชาการด้านอาหารเรียกว่า สารปนเปื้อนอาหาร ซึ่งแตกต่างกับสิ่งที่เรียกว่า สารเจือปนอาหาร หรือ วัตถุเจือปนอาหาร ดังนี้คือ สารปนเปื้อนเป็นสิ่งที่ติดมาในอาหารโดยที่ผู้ผลิตไม่ได้ตั้งใจใส่สารนั้นในอาหารโดยตรง แต่อาจมาจากสิ่งแวดล้อม หรือจากอุปกรณ์ที่ใช้ผลิตอาหารเช่น สารพิษจากน้ำมันหล่อลื่นเครื่องจักรติดเปื้อนมาในอาหารที่ผลิตโดยใช้เครื่องจักรนั้น หรือเป็นสารที่เกิดจากปฏิกิริยาระหว่างการผลิตอาหารเช่น การเกิดสารพิษไนโทรซามีนจากปฏิกิริยาของสารไนโทรต์กับสารอะมีนซึ่งเป็นสารที่มีตามธรรมชาติของอาหาร หรือจากภาชนะบรรจุอาหารเช่น ดีบุกจากกระป๋องบรรจุอาหาร ละลายปนในอาหารนั้น
ส่วนสารเจือปนอาหารเป็นสิ่งที่ผู้ผลิตตั้งใจเติมในอาหารโดยตรงเพื่อวัตถุประสงค์เฉพาะเช่น การถนอมอาหารโดยใส่สารกันบูด การใส่สีสังเคราะห์เพื่อแต่งสีอาหารให้สม่ำเสมอทุกรุ่นผลิต และการแต่งรสอาหารให้หวานโดยเติมสารสังเคราะห์ที่ไม่ใช่น้ำตาล เป็นต้น สารเหล่านี้ไม่นับเป็นสารปนเปื้อน ทั้งนี้ยกเว้นกรณีสารกำจัดแมลง ซึ่งเกษตรกรตั้งใจพ่นหรือฉีดแก่พืชผักหรือสัตว์เลี้ยงโดยตรง ซึ่งจัดเป็นสารปนเปื้อนอาหารและเป็นกลุ่มสารปนเปื้อนที่มีความสำคัญมากในระดับนานาชาติ เพราะผลจากการใช้ทำให้สารกลุ่มนี้แพร่กระจายสู่สิ่งแวดล้อมแล้วไปปนเปื้อนอาหารประเภทอื่นได้ด้วย
