พันธุ์ข้าวฟ่างที่ใช้ปลูกอยู่ในปัจจุบันมีอยู่ด้วยกันหลายพันธุ์ ผลิตจำหน่ายโดยภาครัฐบาลและภาคเอกชน พันธุ์ข้าวฟ่างที่ใช้อาจแบ่งออกเป็น ๒ ประเภทใหญ่ๆ ได้ดังนี้
๑. ข้าวฟ่างพันธุ์แท้หรือสายพันธุ์บริสุทธิ์ เป็นพันธุ์ข้าวฟ่างที่มีความคงตัวของลักษณะพันธุ์จากรุ่นหนึ่งไปยังอีกรุ่นหนึ่งไม่เปลี่ยนแปลง คือ รุ่นลูกจะมีลักษณะคล้ายคลึงกับรุ่นพ่อแม่เสมอถ้าไม่ได้รับการผสมข้ามหรือปะปนมาจากพันธุ์อื่น ในธรรมชาติแล้วข้าวฟ่างจะเป็นข้าวฟ่างสายพันธุ์บริสุทธิ์เกือบทั้งหมด ข้าวฟ่างที่ดีประเภทนี้ จะสามารถให้ผลิตผลสูง ต้านทานต่อโรคและแมลงได้ดี แต่ต้นมีความสูงไม่ค่อยสม่ำเสมอนัก ข้าวฟ่างชนิดนี้มีทั้งพันธุ์หนักอายุยาว และพันธุ์เบา อายุสั้น สามารถเก็บเมล็ดเอาไว้ทำพันธุ์เพื่อปลูกในฤดูต่อไปได้โดยไม่กลายพันธุ์ เช่น พันธุ์เฮการีหนัก พันธุ์อู่ทอง ๑ และพันธุ์สุพรรณบุรี ๖๐
๒. ข้าวฟ่างลูกผสม คือพันธุ์ข้าวฟ่างที่ได้จากการผสมข้ามของสายพันธุ์แท้ (inbred line) สองสายพันธุ์ขึ้นไป เรียกว่าลูกชั่วแรก (F1) เพื่อให้เกิดลักษณะดีเด่นหลายๆ ประการ เช่น ให้ผลิตผลสูง แข็งแรง ต้นเตี้ย มีความสูงสม่ำเสมอมาก เก็บเกี่ยวได้ง่าย เจริญเติบโตอย่างรวดเร็วออกดอกเร็ว อายุเก็บเกี่ยวสั้น ต้านทานโรคและแมลงได้ดี ตอบสนองต่อปุ๋ยดี แต่เมล็ดของข้าวฟ่างประเภทนี้ ไม่สามารถนำไปใช้เป็นเมล็ดพันธุ์เพื่อปลูกต่อไปได้ เพราะลักษณะดีเด่นต่างๆ จะปรวนแปรและเสื่อมลง ต้องซื้อเมล็ดพันธุ์ใหม่มาปลูกทุกปี เมล็ดพันธุ์ส่วนใหญ่ผลิตจำหน่ายโดยบริษัทเอกชน ราคาเมล็ดพันธุ์ค่อนข้างแพง เนื่องจากวิธีการผลิตเมล็ดพันธุ์ลูกผสมนี้ทำได้ยากเช่น พันธุ์ลูกผสม เคยู ๘๕๐๑ (KU 8501) พันธุ์แปซิฟิก ๘๐ (Pacific 80) เป็นต้น
สีของเมล็ดข้าวฟ่างที่มีอยู่ในปัจจุบัน ทั้งพันธุ์แท้และพันธุ์ลูกผสม มีทั้งสีขาว สีเหลืองสีเหลืองนวล สีแดงแสด และสีน้ำตาล ความนิยมปลูกของพันธุ์ที่มีเมล็ดต่างๆ นั้น ไม่มีหลักเกณฑ์ที่แน่นอน ขึ้นอยู่กับความต้องการของตลาดหรือการค้า และวัตถุประสงค์ของการใช้ประโยชน์หรือในการแปรรูป ซึ่งแตกต่างกันไปในแต่ละท้องถิ่น ข้าวฟ่างโดยธรรมชาติจะเป็นพืชผสมตัวเอง แต่อาจจะมีการผสมข้ามโดยลมหรือแมลงถึงร้อยละ ๑๕ ดังนั้น จึงไม่ควรปลูกข้างฟ่างต่างพันธุ์ที่มีสีเมล็ดต่างกันไว้ใกล้กันและในเวลาเดียวกัน เพราะจะทำให้เกิดการผสมข้าม เป็นเหตุให้สีเมล็ดเกิดการผสมปนกัน ขายไม่ได้ราคาดี
