เมื่อคืนวันที่ ๒๕ ต่อถึงวันที่ ๒๖ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๕๐๕ ได้เกิดพายุโซนร้อนชื่อ “แฮเรียต” พัดผ่านทางตอนใต้ของประเทศไทยก่อให้เกิดความเสียหายแก่จังหวัดภาคใต้ถึง ๑๒ จังหวัด มีผู้เสียชีวิตกว่า ๑,๐๐๐ คน
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเป็นห่วงผู้ประสบภัยจึงได้พระราชทานความช่วยเหลือโดยด่วน พร้อมทั้งทรงขอให้หน่วยราชการต่าง ๆ ร่วมกันให้ความช่วยเหลือด้วยทรงขอเครื่องบินจากกองทัพอากาศ และเรือเปิดหัวของกองทัพเรือมาบรรทุกสิ่งของ เช่น สังกะสี ข้าวสาร อาหารแห้ง เสื้อผ้า ฯลฯ ไปช่วยเหลือโดยด่วน เป็นการสนับสนุนและส่งเสริมการช่วยเหลือของทางราชการ ซึ่งมีนายปกรญ์ อังศุสิงห์อธิบดีกรมประชาสงเคราะห์ขณะนั้น และมีผู้ว่าราชการจังหวัดต่างๆ รับผิดชอบในการช่วยเหลืออยู่ทำให้ข้าราชการในพื้นที่ และข้าราชการที่ส่งไปช่วยจากหน่วยต่าง ๆ ตลอดจนอาสาสมัครต่างรู้สึกซาบซึ้งในพระมหากรุณาธิคุณที่พระราชทานแก่ราษฎรที่กำลังรอรับความช่วยเหลือ และรอรับกำลังใจอย่างใจจดใจจ่อ
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สถานีวิทยุ อ.ส. พระราชวังดุสิตประกาศเชิญชวนผู้มีจิตศรัทธาบริจาคทรัพย์และสิ่งของเพื่อช่วยเหลือผู้ประสบภัย ความช่วยเหลือได้หลั่งไหลเข้าสู่สถานีวิทยุ อ.ส.ฯ ภายในเวลา ๑เดือน มีผู้บริจาคทรัพย์กึง ๑๑ ล้านบาทเศษและสิ่งของประมาณ ๕ ล้านบาท
ส่วนผู้ที่ไม่สามารถบริจาคทรัพย์ และสั่งของได้ก็ช่วยออกแรง ที่น่าปลื้มใจก็คืองานนี้ทำโดยอาสาสมัคร ซึ่งส่วนมากเป็นนิสิตนักศึกษา ลูกเสือ และนักเรียน ได้ช่วยกันจัดและขนส่งสิ่งของ เหล่านั้นไปบรรเทาภัยแก่ประชาชน ทั้งนี้โดยมีนายเจริญ มโนพัฒนะ รองอธิบดีกรมประชาสงเคราะห์ รักษาการแทนอธิบดีกรมประชาสงเคราะห์ขณะนั้น เข้าเฝ้าฯรับพระราชทานเงินและสิ่งของไปดำเนินการตามพระราชประสงค์ตลอดเวลา
จังหวัดที่ได้รับความเสียหายมาก คือจังหวัดนครศรีธรรมราช ผู้ว่าราชการจังหวัดร่วมกับกรมประชาสงเคราะห์ ได้แจกอาหาร เสื้อผ้า เครื่องนุ่งห่ม ยารักษาโรค ตลอดจนเครื่องมือประกอบอาชีพ ได้แก่ อวน จัดซ่อมแซมบ้านที่พัก และสร้างที่พักชั่วคราวให้ผู้ประสบภัยอยู่อาศัย และช่วยเหลือสิ่งสาธารณประโยชน์ คือมอบเงินให้เป็นทุนประเดิมแก่วัดวาอาราม มัสยิด ศาลเจ้า และสร้างสถานสงเคราะห์เด็กที่จังหวัดนครศรีธรรมราช เพื่อรับบุตรหลานของผู้ประสบภัยที่กำพร้าบิดามารดา หรือผู้ปกครองเสียชีวิตโดยอยู่ในความดูแลของกรมประชาสงเคราะห์
นอกจากนี้ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมพระราชทานเงินให้กระทรวงศึกษาธิการ สร้างโรงเรียนประชาบาลที่ถูกพายุพัดพัง รวม ๑๒ โรงเรียนใน ๖ จังหวัดภาคใต้และพระราชทานชื่อว่า “โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๑, ๒, ๓, ๔, ๕ ถึง ๑๒” ตามลำดับ
เมื่อได้ช่วยเหลือประชาชนในระยะแรกแล้วยังเหลือเงินอีก ๓ ล้านบาท พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว มีพระราชดำริว่า เงิน ๓ ล้านบาทนี้ควรตั้งเป็นทุนเพื่อหาดอกผลสำหรับสงเคราะห์เด็กซึ่งครอบครัวต้องประสบวาตภัยภาคใต้ และขาดผู้อุปการะเลี้ยงดูประการหนึ่ง และสำหรับสงเคราะห์ช่วยเหลือราษฎรผู้ประสบสาธารณภัยทั่วประทศอีกประการหนึ่ง พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ผู้พระราชทานกำเนิดมูลนิธิ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้ง นายปกรณ์ อังศุสิงห์ เป็นนายกมูลนิธิคนแรก เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๐๖ และดำรงตำแหน่งจนถึงแก่อนิจกรรม เมื่อวันที่ ๒๔ มีนาคม ๒๕๓๙
เมื่อวันที่ ๒๒ เมษายน ๒๕๓๙ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง นายจาด อุรัสยะนันทน์ เป็นนายกมูลนิธิ ท่ามกลางมหาสมาคมต่อ และดำรงตำแหน่งมาจนถึงปัจจุบัน
ตราสารมูลนิธิให้นายกมูลนิธิแต่งตั้งคณะกรรมการบริหาร ๑๕-๔๒ คน ดำรงตำแหน่งคราวละ ๔ ปี และให้คณะกรรมการบริหารแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานได้อีก ๑๒ คน มีเลขาธิการเป็นประธาน และหัวหน้าสำนักงานมูลนิธิ เป็นกรรมการและเลขานุการ
