ในยุคเริ่มต้นของคริสต์ศาสนา เรียกกันว่า ยุคมืดแห่งการสาธารณสุข อิทธิพลทางแนวความคิดสมัยจักรวรรดิโรมันได้รับการต่อต้าน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเรื่องการอนามัยส่วนบุคคลและการสุขาภิบาล แม้แต่การมองเพื่อสำรวจตนเองก็ถือว่าเป็นบาป ชาวบ้านในยุคนี้จึงไม่สนใจต่อการชำระล้างร่างกาย เครื่องนุ่งห่มก็ไม่สะอาดกล่าวกันว่าสาเหตุนี้เองที่ทำให้มีการใช้น้ำหอมในตอนปลายของยุคนี้
การทำอาหารก็เช่นเดียวกัน มักจะทำอย่างง่ายๆไม่พิถีพิถันและขาดคุณค่าทางโภชนาการ นิยมอาหารประเภทหมักดองหรือของแห้ง เป็นผลให้เครื่องเทศเข้ามามีอิทธิพลอย่างมากในการทำอาหาร จึงได้มีการสำรวจทางบก และทางเรือเพื่อหาทางไปเสาะแสวงหาเครื่องเทศในดินแดนห่างไกล
ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๗ ศาสนาอิสลามเริ่มแผ่ไปยังทวีปแอฟริกา ตะวันออกกลาง เอเชีย และแถบคาบสมุทรบอลข่านและไอบีเรีย ก่อให้เกิดการเดินทางไปยังกรุงเมกกะอย่างมากมายเพื่อการจาริกแสวงบุญโดยเฉพาะอย่างยิ่งจากประเทศอินเดียซึ่งในสมัยนั้นเป็นแหล่งระบาดของอหิวาตกโรค เป็นผลทำให้อหิวาตกโรคระบาดกระจายไปแทบทุกประเทศที่มีการเดินทางเพื่อการจาริกแสวงบุญ
นอกจากการเผยแผ่ศาสนาอิสลามแล้ว การเดินทางของผู้เผยแผ่ศาสนาคริสต์จากประเทศต่างๆ ในทวีปยุโรปไปยังทวีปอื่นๆ ได้ทำให้อหิวาตกโรคมีโอกาสเข้าไปฟักตัวในทวีปยุโรปและเคลื่อนที่ต่อไปยังทวีปอเมริกาในที่สุด เป็นผลให้เกิดการระบาดของอหิวาตกโรคอย่างรุนแรงหลายครั้ง นอกจากนี้ยังปรากฏว่าโรคเรื้อนได้ระบาดจากอียิปต์มาสู่เอเชียไมเนอร์และไปสู่ทวีปยุโรป โดยมีสาเหตุมาจากการเดินทางเผยแพร่ศาสนาและการอพยพย้ายถิ่นฐานของประชากรในยุคนั้นด้วย
การที่โรคเรื้อนระบาดในทวีปยุโรป เป็นผลให้มีมาตรการป้องกันการระบาดของโรค ส่วนใหญ่กระทำโดยการกำจัดและทำลายล้างผู้ติดโรค หลายประเทศได้ออกกฎข้อบังคับให้ผู้ป่วยโรคเรื้อนสวมเสื้อผ้าที่แตกต่างจากคนทั่วไป แขวนระฆังไว้ที่คอเพื่อไปไหนมาไหนคนจะได้ยินเสียงและหนีทัน บางแห่งถึงกับห้ามมิให้คนเป็นโรคเรื้อนเข้าไปปรากฏในชุมชน หากฝ่าฝืนจะถูกกำจัดโดยวิธีนี้ผู้ป่วยโรคเรื้อนที่ถูกเนรเทศออกไปก็มักจะอดตาย เพราะไม่มีอาหารและไม่ได้รับการรักษาพยาบาล
แต่อย่างใด วิธีกักบริเวณและเนรเทศผู้ป่วยดังกล่าวแล้วถึงแม้จะไม่ถูกต้องตามหลักมนุษยธรรม แต่ก็ทำให้โรคเรื้อนหมดไปจากยุโรปได้ในที่สุด
หลังจากที่โรคเรื้อนทุเลาเบาบางลงเป็นลำดับกาฬโรคหรือที่ชาวโลกรู้จักกันในนามว่า "ความตายสีดำ" หรือ "black death" ก็ย่างเข้ามาในยุโรป โดยมีสาเหตุมาจากการติดต่อค้าขายระหว่างยุโรปกับดินแดนทางตะวันออกและทวีปเอเชีย กาฬโรคเป็นโรคติดต่อร้ายแรง และทำลายชีวิตมนุษย์มากมายอย่างที่ไม่มีโรคใดทัดเทียม และจากการที่กาฬโรคระบาดนี้เอง ทำให้พลโลกมีความกระตือรือร้นในด้านการป้องกันโรคมากขึ้น
ผลพลอยได้ในแง่ของการสาธารณสุขอันเนื่องมาจากการระบาดของกาฬโรคก็คือ การเริ่มจัดให้มีด่านกักโรคเพื่อป้องกันการระบาดของโรคติดต่อที่กรุงเวนิสใน พ.ศ. ๑๓๔๘ เรือสินค้าและผู้โดยสารที่ต้องสงสัยว่ามาจากเขตติดโรคจะไม่ได้รับอนุญาตให้ขึ้นท่าเรือ ในบางแห่งเรือต้องจอดอยู่นานถึง ๒ เดือนในบริเวณด่านกักโรค เพื่อพิสูจน์ว่าไม่มีการระบาดของโรค แสดงว่าแนวความคิดที่เกี่ยวกับระยะฟักตัวของโรคคงจะมีมานานแล้ว ถึงแม้ว่าความเชื่อว่าพระเจ้าและโชคลางเป็นสิ่งบันดาลความเจ็บป่วยให้เกิดแก่คนยังมีอยู่บ้างก็ตาม
สมัยก่อนคริสตกาลและยุคกลาง เชื่อกันว่าโรคภัยไข้เจ็บต่างๆ เช่น คอตีบ บิด ไทฟอยด์ ไทฟัส กามโรค และโรคธรรมดาสามัญอื่นๆ คงจะมีปรากฏเช่นเดียวกัน แต่ไม่ได้มีการบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์ ทั้งนี้อาจเป็นเพราะมีโรคอื่นที่ร้ายแรงกว่ามากจึงทำให้โรคเหล่านี้ดูเป็นธรรมดาสามัญไป
ที่น่าสังเกตว่าการสาธารณสุขในยุคกลางไม่มีเนื้อหาสาระใดๆ นอกเหนือไปจากการรู้จักการกักกันผู้ป่วย การทำลายผู้ติดเชื้อ โดยเริ่มเข้าใจว่าโรคติดต่อมีระยะฟักตัว และเข้าใจความจำเป็นในการจัดให้มีด่านกักโรคต่างๆ
