นอกจากเฟิร์นจะมีลักษณะเฉพาะของใบอ่อนที่ไม่เหมือนพืชกลุ่มใดๆแล้ว โครงสร้างส่วนอื่นๆ ก็ยังมีลักษณะที่แตกต่างจากพืชกลุ่มอื่น ดังนี้
ลำต้น เฟิร์นบางชนิดมีลำต้นสั้นๆ ตั้งตรง เช่น เฟิร์นใบมะขาม กลุ่มของใบอยู่ทางด้านบนและกลุ่มของรากอยู่ด้านล่าง เฟิร์นบางชนิดมีลำต้นทอดขนานสั้นๆ เช่น ย่านลิเภา และบางชนิดมีลำต้นทอดขนานยาวไม่จำกัด เช่น นาคราช ลำต้นลักษณะดังกล่าวมักจะเรียกว่า "เหง้า" (rhizome) ซึ่งจะแตกต่างจากเหง้าที่หมายถึงลำต้นใต้ดินที่ทำหน้าที่สะสมอาหาร เช่น เหง้าขิง หรือข่า แต่เหง้าหรือลำต้นของเฟิร์นนั้น มักจะเป็นลำต้นที่ไม่สะสมอาหารและอาจจะเกิดใต้ดิน บนหิน หรือเกาะอยู่ตามกิ่งไม้ หรือลำต้นของไม้ยืนต้น เฟิร์นบางชนิด เช่น "มหาสดำ" มีลำต้นตั้งตรงและมีขนาดใหญ่ มีลักษณะคล้ายต้นหมากหรือต้นมะพร้าว คือ มีใบเป็นใบประกอบแบบขนนก เกิดรวมเป็นกระจุกอยู่ที่ยอด
ใบ ใบของเฟิร์นมีลักษณะเฉพาะที่ไม่เหมือนพืชชนิดอื่น คือ ใบอ่อนที่ม้วนขดจากปลายใบเข้าหาโคนใบคล้ายลานนาฬิกา ใบอาจจะเป็นใบเดี่ยวหรือใบประกอบ ซึ่งนอกจากจะทำหน้าที่เหมือนกับใบไม้ของพืชทั่วๆ ไป คือทำหน้าที่สร้างอาหารโดยการสังเคราะห์ด้วยแสงแล้ว บางใบยังทำหน้าที่สืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศโดยการสร้างอับสปอร์ทางด้านล่างของแผ่นใบ อับสปอร์ของเฟิร์นมักจะเกิดรวมกันเป็นกลุ่ม เรียกว่า "กลุ่มอับสปอร์" (sorus)
กลุ่มอับสปอร์ กลุ่มอับสปอร์มีจำนวนอับสปอร์ต่างๆ กันแล้วแต่ชนิดของเฟิร์น โดยทั่วไปอับสปอร์มีรูปคล้ายกำปั้นของคนคือ มีส่วนที่เป็นก้านติดอยู่บนฐานรองอับสปอร์ (receptacle) และส่วนปลายที่มีลักษณะพองออกเป็นกระเปาะภายในเป็นที่เกิดของสปอร์ กลุ่มอับสปอร์มีขนาด รูปร่าง และตำแหน่งที่เกิดทางด้านล่างของแผ่นใบต่างๆ กันตามชนิดของเฟิร์น เช่น มีรูปกลมพบใบเฟิร์นหลายชนิด เช่น กระแตไต่ไม้หรือมีลักษณะเป็นขีดขนานกับเส้นใบ เช่น ข้าหลวงหลังลาย หรือมีรูปคล้ายไต เช่น เฟิร์นใบมะขามกลุ่มอับสปอร์ของเฟิร์นบางชนิดมีจำนวนมาก และเกิดชิดกันเป็นกลุ่มใหญ่ครอบคลุมพื้นที่บางส่วนของแผ่นใบ เช่น ชายผ้าสีดา หรือครอบคลุมพื้นที่เกือบทั้งแผ่นใบ เช่น ปรงทอง หรือปรงไข่
กลุ่มอับสปอร์ของเฟิร์นบางชนิดอาจมีเยื่อบางๆ ที่เกิดจากฐานรองอับสปอร์เจริญออกมาคลุมกลุ่มอับสปอร์เอาไว้ เพื่อป้องกันอันตรายให้แก่อับสปอร์ เช่น กูดกิน เฟิร์นบางชนิดมีกลุ่มอับสปอร์เกิดใกล้ขอบใบ และมีขอบใบพับงอลงมาปกคลุมกลุ่มอับสปอร์ไว้ เช่น เฟิร์นก้านดำ
สปอร์ สปอร์ของเฟิร์นอยู่ภายในอับสปอร์เกิดจากการแบ่งเซลล์ผลจากการแบ่งจะได้สปอร์ ๔ สปอร์ติดอยู่เป็นกลุ่ม และต่อมาจะแยกออกจากกัน เมื่อแยกออกจากกันจะเห็นตำแหน่งของรอยที่ติดกันอยู่ ซึ่งอาจจะเห็นรอยเดียว หรือ ๓ รอย
