ปกติพันธุ์ข้าวที่เอามาจากท้องถิ่นต่าง ๆ นั้นมีจำนวนมาก จนไม่สามารถคัดเลือกได้ทันทีว่า พันธุ์ใดดี พันธุ์ใดไม่ดี ด้วยเหตุนี้ จึงต้องเอาพันธุ์เหล่านั้นมาปลูกทดสอบและเปรียบเทียบเพื่อคัดเลือก ซึ่งการคัดเลือกก็มีหลายวิธีด้วยกันดังนี้
๑) การคัดเลือกพันธุ์หมู่ (mass selection) โดยเอาเมล็ดพันธุ์ของแต่ละพันธุ์มาปลูก เพื่อคัดเลือกหาต้นที่มีลักษณะดีและเหมือนกันไว้เป็นจำนวนมาก แล้วเก็บเกี่ยวเมล็ดจากต้นเหล่านี้รวมกัน เพื่อปลูกเปรียบเทียบและทดสอบหาพันธุ์ที่ดีที่สุด เช่น ให้ผลิตผลสูง คุณภาพเมล็ดได้มาตรฐาน ต้านทานต่อโรคและแมลงที่สำคัญ ๆ
๒) การคัดเลือกพันธุ์แท้ (pure line selection) พันธุ์แท้ หมายถึง กลุ่มของต้นลูกที่เกิดจากการผสมตัวเองในต้นเดียวกัน และต่างก็มีลักษณะเหมือนต้นเดิม ฉะนั้น การคัดเลือกแบบนี้จึงเป็นการคัดเลือกหาต้นที่มีลักษณะดี แต่ละต้นที่คัดเลือกเก็บเกี่ยวเมล็ดแยกกันเพื่อเอาไปปลูกทดสอบเป็นสายพันธุ์ต่าง ๆ และสายพันธุ์ที่ดีเท่านั้นจะได้รับการคัดเลือก เช่น สายพันธุ์ที่ให้ผลิตผลสูง คุณภาพเมล็ดได้มาตรฐาน ต้านทานต่อโรคและแมลงที่สำคัญ ๆ และทุกต้นในสายพันธุ์มีลักษณะเหมือนกัน
