โลหะเป็นสารที่พบอยู่ทั่วไปทุกแห่งหน การปนเปื้อนของโลหะในอาหารของมนุษย์ มีสาเหตุที่มาสำคัญ ๓ ประการ คือ
๑. จากธรรมชาติ คือในดิน น้ำ อากาศ พืชและสัตว์ ตามวงจรธรรมชาติ
๒. จากของเสียทางอุตสาหกรรม ไม่ว่าจะเป็นโรงงานผลิตสารเคมี ถลุงโลหะ หล่อหรือผสมโลหะ ฯลฯ โลหะที่ออกสู่สิ่งแวดล้อมจะมีทั้งเป็นก๊าซ ของเหลว และของแข็ง
๓. จากกระบวนการผลิตอาหาร เช่น การสัมผัสระหว่างอาหารกับเครื่องจักรและอุปกรณ์ระหว่างผลิต และโลหะจากภาชนะบรรจุอาหาร
โลหะบางชนิดมีความเป็นพิษแม้จะได้รับปริมาณน้อย บางชนิดเป็นโลหะที่ร่างกายต้องการเพื่อการเจริญเติบโต อย่างไรก็ตาม หากได้รับมากเกินควรก็ทำให้เกิดพิษได้ บางชนิดสะสมอยู่ในร่างกายได้นาน บางชนิดร่างกายจะขับถ่ายได้เร็วทำให้ยากที่จะแบ่งประเภทโลหะทุกชนิดได้อย่างชัดเจนว่าเป็นสารปนเปื้อนอาหารหรือไม่ โลหะที่สนใจกันทั่วไปและนักวิชาการหลายประเทศกำลังศึกษาด้านพิษวิทยา ได้แก่ ตะกั่ว ปรอท แคดเมียม ดีบุก สารหนู ทองแดง สังกะสี และเหล็ก ซึ่งจะกล่าวในรายละเอียดเฉพาะชนิด ดังนี้ ของเสียจากโรงงานอุตสาหกรรม ต่างๆ เช่น โรงงานผลิตคลอรีน เครื่องใช้ไฟฟ้าสีทาบ้าน และอื่นๆ เหล่านี้เป็นแหล่งใหญ่ของปรอทที่ถูกปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อม และไปปนเปื้อนอาหาร ปรอทที่ถูกปล่อยลงในน้ำจะไปสะสมในแพลงก์ตอนและเข้าสู่วงจรอาหาร (มักตรวจพบปรอทในสัตว์น้ำทั้งน้ำจืดและน้ำเค็มบริเวณชายฝั่งมากกว่าอาหารชนิดอื่น) บัคเตรีในน้ำบางชนิดเปลี่ยนปรอทในรูปอนินทรีย์ซึ่งมีพิษไม่มากให้เป็นสารอินทรีย์ เช่น เมทิลเมอร์คิวรี (methylmercury) ซึ่งมีพิษสูงได้ การควบคุมกระบวนการผลิตและการกำหนดปริมาณปรอทในน้ำทิ้งจากโรงงานจะช่วยลดปัญหานี้ได้มาก
