การปลูกพืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์ เริ่มมีขึ้นเมื่อประมาณ ๔๐๐ ปีก่อน โดยใน ค.ศ. ๑๖๐๐ แจน แบบติสตา แวน เฮลมอนต์ (Jan Baptista Van Helmont) นักวิทยาศาสตร์ ชาวเบลเยียม ได้ทดลองปลูกต้นวิลโลในดินที่บรรจุไว้ในท่อที่รดด้วยน้ำฝน เป็นเวลานานถึง ๕ ปี ผลปรากฏว่า ต้นวิลโลมีน้ำหนัก เพิ่มจาก ๕ ปอนด์ เป็น ๑๖๙ ปอนด์ ในขณะที่ดินปลูกมีน้ำหนักหายไปเพียงเล็กน้อย เขาสรุปว่า พืชได้รับอาหารจากน้ำในการเจริญเติบโต ต่อมาใน ค.ศ. ๑๖๙๙ จอห์น วูดวาร์ด (John Woodward) นักวิทยาศาสตร์ชาวอังกฤษได้ทดลองปลูกพืชในน้ำ โดยอาศัยธาตุอาหารจากดินในแหล่งต่างๆนำมาละลายลงในน้ำ ใน ค.ศ. ๑๘๐๔ นิโคลาส เทโอดอร์ เดอ โซซูร์ (Nicolas Theo dore de Saussure) นักวิทยาศาสตร์ชาวฝรั่งเศสกล่าวถึงความต้องการธาตุอาหารของพืชเพื่อ ใช้ในการเจริญเติบโต ต่อมาในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ ฌ็อง บัปติสต์ บูแซงโกลต์ (Jean Baptiste Bousingault) นักวิทยาศาสตร์ ชาวฝรั่งเศสได้แนะนำการปลูกพืชในทรายโดยใช้สารละลายธาตุอาหารพืช แต่การวิจัยในสมัยนั้นยังไม่รู้จักการใช้ธาตุอาหารเสริมอย่างปัจจุบัน และก็มีการปลูกพืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์เฉพาะในห้องปฏิบัติการเท่านั้น และใน ค.ศ. ๑๘๖๐ จูเลียส ฟอน ซัคส์ (Julius von Sachs) นักพฤกษศาสตร์ชาวเยอรมันนับเป็นคนแรกที่ได้คิดค้นสารละลาย ธาตุอาหารมาตรฐานขึ้น หลังจากนั้นจึงได้มีการคิดค้นสารละลายธาตุอาหารสูตรต่างๆขึ้น โดยนักวิทยาศาสตร์อีกหลายคน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง วิลเฮลม์ คน็อป (Wilhelm Knop) นักวิทยาศาสตร์ชาวเยอรมัน ซึ่งสูตรสาร ละลายธาตุอาหารที่เขาคิดค้นขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๖๕ ก็ยังนำมาใช้อยู่ในปัจจุบัน เพียงแต่ เพิ่มธาตุอาหารเสริมเข้าไป จนกระทั่ง ค.ศ. ๑๙๒๕ ศาสตราจารย์วิลเลียม เอฟ. เกอริก (William F. Gericke) ชาวอเมริกัน แห่งมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ก็ได้พัฒนาเทคนิค การเติมอากาศ/ลมลงในน้ำ และ/หรือสาร ละลายธาตุอาหารพืช จนสามารถนำการปลูก พืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์ไปใช้ในเชิงธุรกิจได้ ทำให้ศาสตราจารย์ผู้นี้ได้รับการยกย่องให้เป็น บิดาแห่งเทคโนโลยีไฮโดรพอนิกส์สมัยใหม่
ในทวีปเอเชีย ญี่ปุ่นเป็นประเทศแรก ที่นำเทคโนโลยีการปลูกพืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์มาใช้ในเชิงพาณิชย์ โดยเริ่มต้น หลังจากที่สงครามโลกครั้งที่ ๒ สิ้นสุดลง กองทัพของสหรัฐอเมริกาที่เข้าไปยึดครองประเทศญี่ปุ่นได้นำเทคโนโลยีเข้าไปใช้ปลูก ผักอนามัยเลี้ยงทหารใน ค.ศ. ๑๙๔๖ ต่อมา ใน ค.ศ. ๑๙๖๐ สถานีวิจัยพืชสวนกระทรวงเกษตรและป่าไม้ของญี่ปุ่น ได้พัฒนาเทคนิคการปลูกพืชด้วยกรวด (gravel culture) ขึ้นซึ่งเป็นระบบไฮโดรพอนิกส์ดั้งเดิมของญี่ปุ่น
สำหรับการปลูกพืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์ในประเทศไทยนั้น ได้เริ่มมีการวิจัยการปลูกพืชด้วยวิธีไฮโดรพอนิกส์ประมาณ พ.ศ. ๒๕๐๐ โดยภาควิชาพฤกษศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ใน พ.ศ. ๒๕๒๐ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จฯไปประเทศอิสราเอล เพื่อทอดพระเนตรการพัฒนาประเทศด้านต่างๆ รวมทั้งการเกษตร ทรงพบว่ามีการทดลองวิจัยเกี่ยวกับการปลูกพืชโดยไม่ใช้ดิน และใน พ.ศ. ๒๕๒๖ พระองค์ท่านได้เสด็จฯไปประเทศญี่ปุ่นอีกครั้ง ได้ทอดพระเนตรการปลูกพืชแบบไฮโดรพอนิกส์เป็นการค้า ซึ่งเป็นระบบ Deep Flow Technique ทรงสนพระทัยว่าน่าจะต้องศึกษา หาแนวทางและความเป็นไปได้ของเทคโนโลยี ด้านนี้ในประเทศไทย ครั้นต่อมาใน พ.ศ. ๒๕๓๐ ซึ่งเป็นปีแห่งการเฉลิมฉลองเนื่องใน วโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ ๕ รอบ องค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติ (F.A.O.) ได้น้อมเกล้าฯถวายโครงการวิจัยเพื่อร่วมเฉลิมฉลองในวาระดังกล่าว สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเลือก โครงการวิจัยการปลูกพืชโดยไม่ใช้ดิน เพื่อการผลิตพืช เน้นการนำวัสดุเหลือใช้ทางการเกษตรมาใช้ประโยชน์ผ่านทางมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยมีพื้นที่วิจัย ๓ แห่ง คือ
๑. งานสวนในบริเวณสวนจิตรลดา ซึ่งเป็นพื้นที่วิจัยที่ติดตั้งระบบการปลูกพืชแบบไฮโดรพอนิกส์ มีระบบควบคุมการใส่ปุ๋ย และกรดอัตโนมัติจากประเทศอังกฤษ นำมา ทดลองเป็นแห่งแรกในประเทศไทย
๒. ภาควิชาปฐพีวิทยา คณะเกษตร และภาควิชาพฤกษศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน
๓. ภาควิชาปฐพีวิทยา คณะเกษตร มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน
โดยมีการค้นคว้าวิจัยระบบปลูกพืชแบบ Deep Flow Technique, NFT และ substrate culture เพื่อเป็นการเตรียมข้อมูลพื้นฐานสำหรับสภาพภูมิอากาศในประเทศไทยเรา เพื่อนำไปใช้ปลูกในเขตพื้นที่ที่ดินมีปัญหา อันอาจเป็นประโยชน์ต่อโครงการพัฒนาการเกษตรของประเทศในอนาคต หลังจากนั้นมา ก็มีการวิจัยโดยนักวิจัยจากหลายสถาบัน เช่น ภาควิชาพฤกษศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ภาควิชาปฐพีวิทยา คณะเทคโนโลยีการเกษตร สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง มหาวิทยาลัยแม่โจ้ กรมวิชาการเกษตร กองบำรุงรักษาราชอุทยาน สำนักพระราชวัง และสถานีเกษตรหลวงของมูลนิธิโครงการหลวง
พ.ศ. ๒๕๓๐ นาคีตะฟาร์มซึ่งเป็นฟาร์ม แห่งแรกที่สร้างขึ้นโดยเอกชน ตั้งอยู่ที่ตำบลนาดี อำเภอเมืองฯ จังหวัดสมุทรสาคร มีการ ปลูกผักชนิดต่างๆโดยใช้เทคนิคการให้อากาศ ในน้ำและสารละลายไม่หมุนเวียน ใน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายเสรี แทน ทำฟาร์มอยู่ที่ตำบล ริมปิง อำเภอเมือง จังหวัดลำปาง เป็นฟาร์มที่ปลูกผักด้วยระบบเอ็นเอฟทีเพื่อส่งออกไป ฮ่องกง ต่อมาใน พ.ศ. ๒๕๔๐ บริษัท แอกเซนต์ไฮโดรโปนิคส์ ๑๙๙๗ (ประเทศไทย) ได้นำเทคนิคเอ็นเอฟทีที่ทันสมัยจากประเทศ ออสเตรเลียมาใช้ ส่งผลให้เกิดการตื่นตัวด้านเทคโนโลยีการปลูกพืชในน้ำ หลังจากนั้น มีฟาร์มแบบสมัยใหม่เกิดขึ้นมาอีกประมาณ ๑๐ แห่ง โดยเฉพาะในกรุงเทพมหานคร และจังหวัดใกล้เคียง
