ด้วยเหตุว่าอัญมณีส่วนใหญ่จะเป็นแร่ชนิดต่างๆ ดังนั้นการตรวจจำแนกประเภท และการจัดแบ่งชนิดอัญมณี จึงมีความสัมพันธ์เกี่ยวข้องกับการตรวจจำแนกชนิดแร่อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้อัญมณีแต่ละประเภท แต่ละชนิดที่เป็นแร่นั้นต่างก็มีคุณสมบัติทางเคมี ทางกายภาพ ทางแสงเฉพาะตัว และปกติจะคงที่ดังนั้น การวัดหาค่าและตรวจสอบคุณสมบัติต่างๆ นี้ให้ถูกต้องแม่นยำโดยใช้เครื่องมือที่มีประสิทธิภาพจึงเป็นสิ่งจำเป็นและเป็นประโยชน์มาก ทั้งยังให้แนวทางที่เป็นไปได้ในการตรวจจำแนกประเภทและชนิดอัญมณีได้อย่างถูกต้องแม้ว่านักแร่วิทยาและนักอัญมณี จะใช้วิธีการตรวจจำแนกและเครื่องมือหลายชนิดที่คล้ายคลึงกัน แต่ก็ยังมีความแตกต่างในลักษณะพื้นฐานวิธีการ การตรวจสอบอัญมณีซึ่งเป็นส่วนสำคัญที่สุดในวิชา "อัญมณีศาสตร์" คือ การใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์ที่เป็นการรวบรวมข้อมูลหลักฐานที่ได้จากการปฏิบัติการทดสอบ ที่เหมาะสมเพียงพอสำหรับการสรุปผลที่จะจำแนกประเภทของอัญมณี และจัดแบ่งอัญมณีนั้นได้เป็น ชื่อและชนิดแร่ ตามลำดับ โดยมีวิธีการซึ่งไม่เหมือนกับวิธีการหลายๆ อย่างในการตรวจแร่ เป็นต้นว่าถูกจำกัดขั้นตอนต่างๆ ในการตรวจสอบต้องมีความสมบูรณ์ ความรวดเร็วในการตัดสินวิเคราะห์และต้องไม่ทำให้อัญมณีเกิดความเสียหาย นอกจากนี้ ขั้นตอนต่างๆ ของการตรวจจำแนกชนิดอัญมณีต่างๆ อย่างถูกต้องนั้น จำเป็นจะต้องประยุกต์ใช้ความรู้ทางวิชาอัญมณีศาสตร์เข้าการดูดกลืนแสง ความถ่วงจำเพาะ และลักษณะตำหนิมลทินภายในต่างๆ เป็นต้น รวมทั้งการแปลความหมายที่ถูกต้องจากข้อมูลที่ได้จากการทดสอบด้วยเครื่องมืออัญมณีศาสตร์ที่เหมาะสมอย่างไรก็ตาม ประสิทธิภาพในการตรวจสอบอัญมณีนั้นจะมีความสัมพันธ์โดยตรงกับประสบการณ์ และความรู้ความสามารถของผู้ตรวจ
