ยาแผนโบราณ แบ่งการใช้ยาเป็น ๒ ประเภท ได้แก่
ใช้ภายใน คือ ใช้รับประทานเข้าไป หรือมีการกระทำเข้าไปภายในร่างกาย ได้แก่ ใช้รับประทานทางปาก ใช้นัดเข้าทางจมูก ใช้สวนทางทวาร และใช้เข้าทางทวารทั้งเก้า
ใช้ภายนอก คือ ใช้ภายนอกร่างกาย มิได้ใช้เข้าไปภายในร่างกาย ได้แก่ ใช้ทาแผล ชะแผลพอกแผล ประคบ ถูนวดชโลม ใช้อาบ และใช้รม
ยาแผนปัจจุบัน มีวิธีการใช้ยา ๒ ประเภทเช่นเดียวกัน คือ
ยาที่ใช้ภายใน คือ ยาที่ใช้ไปเพื่อหวังผลในทางรักษาทั้งตัว ได้แก่ ยากิน และยาฉีด เช่น ยาปฏิชีวนะ ยาลดไข้ ยาแก้ปวด ยาจำพวกวิตามิน ยาฉีดเข้าหลอดเลือดดำ ยาฉีดเข้ากล้ามเนื้อ ยาฉีดเข้าใต้ผิวหนัง ฯลฯ
ยาที่ใช้ภายนอก คือ ยาที่ใช้เพื่อหวังผลในการรักษาเฉพาะที่ ได้แก่ ยาทา (ยาน้ำ ครีม ขี้ผึ้ง)ยาหยอด ยาดม ยาชำระล้างบาดแผล ฯลฯ เช่น ยาทารักษาโรคผิวหนัง ยาผงโรยแผล ยาหยอดหู จมูก หรือตา ฯลฯ
แต่การใช้ยาบางวิธีอาจให้ผลตรงข้ามกับที่กล่าวมาแล้วได้ เช่น
ยาอม อาจให้ผลเฉพาะที่ (แก้เจ็บคอ คอแห้งและมีการระคาย) หรือให้ผลแบบยาใช้ภายใน (ยาพวกฮอร์โมน ยาขยายหลอดเลือดหัวใจ)
ยากิน อาจให้ผลเฉพาะที่ได้ เช่น ยาแก้ท้องเดิน ยาพวกนี้มักไม่มีการดูดซึม หรือดูดซึมน้อยมาก ยาใช้สูดดมหรือยารมจมูก อาจให้ผลเฉพาะที่(จมูกโล่ง ยาฆ่าเชื้อเฉพาะที่) หรือให้ผลแบบยาใช้ภายใน (ขยายหลอดเลือดหัวใจ ขยายหลอดลม)
ยาเหน็บ (ช่องคลอด ทวารหนัก ทวารเบา) อาจให้ผลเฉพาะที่ (รักษาโรคของช่องคลอด ทวารหนัก ทวารเบา) หรือให้ผลแบบยาใช้ภายใน (ยาแก้ปวด ยาลดไข้)
ยาทา อาจให้ผลเฉพาะที่ (แก้โรคผิวหนัง ฆ่าเชื้อโรคเฉพาะที่) หรือให้ผลแบบยาใช้ภายใน (ขยายหลอดเลือดหัวใจ แก้ปวดเมื่อย)
ยาฉีด อาจให้ผลเฉพาะที่ (ยาชาเฉพาะที่ ยาฉีดเข้าข้อ) หรือให้ผลแบบยาใช้ภายใน (แก้ปวดจากการหดเกร็งของกล้ามเนื้อเรียบ ลดไข้ ยาฆ่าเชื้อโรค)
การแบ่งยาตามวิธีใช้ยังอาจแบ่งเป็น ยากิน ยาฉีด ยาทา ยาทาถูนวด ยาดม ยาอม ยาอมกลั้วคอ ยาฝังใต้ผิวหนัง ยาหยอด ยาล้างแผลหรือโพรงต่างๆ ของร่างกาย ยาเหน็บ ยาสวน ฯลฯ
