แมลงครั่งมีศัตรูที่สำคัญ ๒ พวก คือ
๑. พวกตัวเบียน เป็นแมลงตัวเล็กๆ เรียกว่า ชาลซิด(chalcid) ซึ่งมันชอบวางไข่ไว้ในรังครั่งโดยเข้าไปทางช่องสืบพันธุ์ พอฟักตัวอ่อนก็จะอาศัยเกาะกินอาหารในตัวครั่งเลี้ยงชีวิตแมลงพวกนี้ทำความเสียหายให้แก่แมลงครั่งน้อยมาก ไม่จำเป็นต้องป้องกันและทำลาย
๒. พวกตัวห้ำ เป็นพวกผีเสื้อกลางคืนมี ๒ ชนิด คือ ยูเบลมา อะมาบิลิส (Eublema amabilis) และฮอลโคเซราพูลเวอเรีย (Holcocera pulverea) จะพากันไปไข่ทิ้งไว้ตามผิวภายนอกของรังครั่ง เมื่อฟักเป็นตัวหนอน จะกัดกินทำลายรังครั่ง แล้วเจาะไชเข้าไปกินตัวครั่ง ทำให้เกิดเป็นปล่องโพรงอยู่ภายในรังครั่งเป็นทางยาวไปตามกิ่งไม้ ครั่งได้รับความเสียหายประมาณร้อยละ ๓๐ ช่องโพรงที่เกิดจากแมลงพวกนี้ทำลายจะเห็นได้ชัด พวกตัวห้ำที่เป็นตัวแก่แล้วจะเจาะออกมาจากดักแด้ มีลักษณะเป็นเส้นใยคล้ายไหม พบกระจัดกระจายอยู่ตามครั่งดิบการป้องกันอย่างง่ายๆ และไม่สิ้นเปลืองรายจ่าย ได้แก่ การป้องกันโดยวิธีกล (mechanical control) คือให้คัดเลือกครั่งที่ปราศจากศัตรูรบกวนทำลายใช้เป็นครั่งพันธุ์ และรีบเก็บครั่งพันธุ์ลงจากต้นภายหลังการปล่อยภายใน ๒ สัปดาห์ เพื่อป้องกันการกระจายของศัตรูครั่ง การป้องกันอีกวิธีหนึ่งคือวิธีป้องกันทางชีวภาพ โดยใช้แมลงหรือพวกบัคเตรีทำลายแมลงศัตรูด้วยกัน ซึ่งวิธีนี้ต้องอาศัยความรู้ความชำนาญพอสมควร
