การจัดกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคทั้งอย่างใหญ่และอย่างน้อย เป็นการพระราชพิธีสำคัญที่มีความเป็นระเบียบแบบแผนตามโบราณราชประเพณี และเกี่ยวเนื่องกับองค์ประกอบอื่นที่จำเป็นอีกหลายประการ ได้แก่ การจัดตำแหน่งกระบวนเรือ การแต่งกายของฝีพาย และจังหวะในการพายเรือ โดย มีสิ่งสำคัญที่ถือได้ว่าเป็นหัวใจของกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคก็คือ การเห่เรือ ซึ่งมีวิธีการและขั้นตอน ดังนี้
การเห่เรือในปัจจุบันยังคงรักษารูปแบบในสมัยโบราณไว้ แต่มีการปรับเปลี่ยนวิธีการ และขั้นตอนบางประการไปตามข้อจำกัดของปัจจัยแวดล้อมตามความเหมาะสม คือ
- การจัดกระบวนเรือ จะจัดเรือทุกลำไว้กลางแม่น้ำ ยกเว้นเรือพระที่นั่งทรงและเรือพระที่นั่งรอง จะจอดเทียบท่าเพื่อรอเสด็จพระราชดำเนินก่อน การจัดและควบคุมกระบวนเรือทั้งหมดเป็นหน้าที่ของผู้บัญชาการกระบวนเรือ โดยใช้สัญญาณแตร และผู้บัญชาการกระบวนเรือจะต้องประจำอยู่ในเรือกลองใน หรือเรือแตงโม ซึ่งแล่นนำหน้าเรือพระที่นั่ง
- เมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินมาถึง และประทับในเรือพระที่นั่งทรงแล้ว จึงเป็นหน้าที่ของนายเรือเป็นผู้ให้สัญญาณจับพายด้วยการรัวกรับและให้สัญญาณมือแก่ผู้ถือแพนหางนกยูง หัวเรือพระที่นั่งเพื่อโบกแพนหางนกยูงให้สัญญาณเริ่มเดินพายแก่ฝีพายอีกทอดหนึ่ง
- การให้จังหวะในการพายเรือพระที่นั่ง จะใช้กรับแทนการกระทุ้งเส้าให้จังหวะแก่ฝีพาย
- การเห่เรือในกระบวนพยุหยาตรา อย่างใหญ่ แต่เดิมต้นเสียงจะต้องเห่ในเรือ พระที่นั่งทรง และห่างจากบุษบก ๑ เมตร แต่ปัจจุบันเปลี่ยนมาเห่ในเรือพระที่นั่งอนันต-นาคราช และมีฝีพายเป็นลูกคู่รับ การรับจะร้องรับเพียงลำเดียวเท่านั้น ลำอื่นๆ ไม่ต้องร้องรับ
- การเห่เรือในกระบวนพยุหยาตราอย่างน้อยกระบวนราบใหญ่ และกระบวนราบน้อย ต้นเสียงจะต้องเห่ในเรือทรงผ้าไตร
- พนักงานเห่เรือ จะเริ่มเกริ่นเห่เรือเกริ่นโคลงได้ เมื่อเรือพระที่นั่งทรงออกจากท่าแล้วกำลังจะเข้ากระบวนเมื่อเกริ่นโคลงจบเรือพระที่นั่งก็พร้อมที่จะเคลื่อนตามเรือทั้งกระบวนพอดี
- การขานเสียงรับ ฝีพายจะขานรับข้ามที่ประทับไม่ได้ เช่น ต้นเสียงเห่อยู่ตอนหัวเรือก็ให้ขานรับเฉพาะฝีพายที่อยู่ตอนหัวเรือ ฝีพายท้ายเรือขานรับไม่ได้ ถือว่าการขานเสียงข้ามที่ประทับเป็นเรื่องต้องห้าม
- พลฝีพายในเรือพระที่นั่งทรง เรือพระที่นั่งรอง และเรือทรงผ้าไตร ทั้ง ๓ ลำนี้ สำนักพระราชวังจะเป็นผู้กำหนดให้แต่ง กายรับเสด็จอย่างเต็มยศ หรือครึ่งยศ หากแต่งกายเต็มยศ พลฝีพายใช้พายเงินพายทอง แต่หากแต่งกายปกติ จะแต่งกายดำ สวมหมวกกลีบลำดวน ใช้พายทาน้ำมัน
- ท่าพายเรือที่ใช้สำหรับพายในเรือพระที่นั่งจะเป็นท่านกบินเป็นหลัก หากจะเปลี่ยนท่าพายเรือต้องขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตก่อนเสมอ
- การเสด็จพระราชดำเนินกลับ หากเป็นยามพระอาทิตย์อัสดงแล้ว ต้องโห่ ๓ ลา ก่อน จึงจะออกเรือพระที่นั่งได้
