เมื่อมันเทศมีอายุประมาณ ๙๐-๑๕๐ วันก็อาจเก็บหัวได้ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับพันธุ์และสภาพแวดล้อมโดยทั่วไปอายุเก็บหัวสำหรับพวกที่ปลูกในฤดูฝนจะยาวกว่าพวกที่ปลูกในฤดูแล้งประมาณ ๓๐-๔๐ วัน
บางแห่งนิยมรับประทานยอดมันเทศเป็นผักหรืออาจใช้เป็นอาหารสัตว์ การทดลองในประเทศฟิลิปปินส์แสดงให้รู้ว่า การเด็ดยอดนั้นจะทำให้หัวที่ได้ลดลงอย่างมาก นอกจากนั้นก็ยังพบว่าราคาของหัวมันเทศรวมกับราคาของยอดในแปลงที่เด็ดออกนั้น ได้เงินน้อยกว่าราคาของหัวจากแปลงที่มิได้เด็ดยอดเลย
เครื่องมือที่ใช้ขุดหัวโดยทั่วไปและได้ผลดีก็คือ จอบ เสียม และไถ การใช้จอบและเสียมนั้นจะต้องขุดทีละหลุม ส่วนการไถนั้นก็คือ ใช้ไถผ่านไประหว่างแถวเพื่อขุดหัวขึ้นมา วิธีการเช่นนี้กระทำได้รวดเร็ว แต่ส่วนมากหัวจะหักและเป็นแผล หัวมันที่หลงเหลืออยู่จะต้องใช้จอบหรือเสียมช่วยอีกครั้งหนึ่ง
ผลผลิตของหัว หรือน้ำหนักหัวที่ได้นั้นขึ้นอยู่กับพันธุ์ ดินที่ใช้ปลูก ฤดูปลูก และปัจจัยอื่นๆ เช่น การใส่ปุ๋ย และการให้น้ำ เป็นต้น โดยทั่วไปแล้วพันธุ์พื้นเมือง พันธุ์หัวสีขาวจะมีน้ำหนักหัวประมาณ ๒ ตันต่อไร่ในฤดูแล้ง แต่ในฤดูฝนจะมีน้ำหนักหัวประมาณ ๘ ตันต่อไร่ พันธุ์หัวสีแดงจะมีน้ำหนักหัวต่ำกว่านี้
เราอาจเก็บมันเทศสดไว้ใช้ทำประโยชน์ได้นานพอสมควร ถ้าเก็บไว้ในที่โปร่ง ไม่อับลม และในที่มีอากาศเย็น เช่น ในห้องใต้ถุนบ้าน ควรใช้หัวที่เป็นแผลและผิวชอกช้ำเสียก่อน
หลักที่ควรถือปฏิบัติเพื่อให้หัวมันเทศเก็บไว้ได้นานไม่เสื่อมเสียเร็วมี ๔ ประการ คือ
๑. มันเทศที่จะเก็บไว้ได้นาน ต้องขุดเมื่อหัวมันแก่เต็มที่ถึงขนาด หัวอ่อนจะเน่าง่าย
๒. เวลาขุดต้องระมัดระวัง อย่าให้หัวมันช้ำหรือมีบาดแผล ถ้ามีบาดแผลจะเป็นทางนำเชื้อโรค ทำให้หัวเน่าง่าย
๓. ก่อนจะนำเข้าเก็บในที่เก็บรักษาต้องผึ่งหัวมันให้แห้งสนิท อย่าให้เปียกชื้น
๔. ในห้องที่เก็บหัวมันเทศต้องมีอากาศเย็นอยู่เสมอ อย่าให้ร้อนจัด หรือเย็นจัดจนเกินไป อุณหภูมิที่ใช้ประมาณ ๑๐-๑๕ องศาเซลเซียส อุณหภูมิเช่นนี้ช่วยเก็บหัวได้นานถึง ๓ ปี โดยหัวไม่งอกและแตกตาออกมา ถ้าไม่ต้องการเก็บหัวสด จะทำเป็นแบบตากแห้งก็ได้ ฝานหัวเป็นแว่นบางๆ ตากให้แห้งสนิทและนึ่งบริโภคเมื่อต้องการ
