การผลิตยามีหลักใหญ่ๆ คือ ถ้าเป็นยาจากพืชต้องสืบสวนให้แน่นอนเสียก่อนว่า พืชนั้นสามารถรักษาโรคได้จริง ส่วนไหนของพืชทีมีแก่นยา (ยาหลัก) มากที่สุด ก็นำมาแยกด้วยขบวนการทางฟิสิกส์ และเคมีจนได้ยาบริสุทธิ์ จัดการหาสูตรโครงสร้าง แล้วสังเคราะห์ขึ้นใหม่เลียนแบบยาธรรมชาติ อาจสังเคราะห์เพียงกึ่งหนึ่ง หรือสังเคราะห์ตั้งแต่ต้น บางคราวก็ใช้การ-แยกแก่นยาบริสุทธิ์จากพืชโดยตรง ทั้งนี้แล้วแต่ว่าวิธีใดได้ผลดีที่สุด กล่าวคือ ได้ยาปริมาณมาก ยานั้นบริสุทธิ์ และสิ้นเปลืองรายจ่ายน้อยที่สุด นี่เป็นหลักกว้างๆ และเป็นขั้นเริ่มต้นในการผลิตยาแผนปัจจุบันทางอุตสาหกรรม
สำหรับยาแผนโบราณ ใช้เพียงการแยกแก่นยาจากพืช ซึ่งอาจได้ไม่บริสุทธิ์อย่างยาแผนปัจจุบัน (แต่ไม่มีสารอื่นที่มีพิษปนอยู่) และไม่ต้องหาสูตรเพื่อสังเคราะห์ยานั้นต่อไป
การผลิตยาแผนโบราณโดยใช้เครื่องจักร มี ๒๕ วิธี คือ
ยาตำเป็นผงแล้ว ปั้นเป็นลูกกลอนกลืนกิน
ยาตำเป็นผงแล้ว บดให้ละเอียดละลายน้ำกระสายต่างๆ กิน
ยาสับเป็นท่อนเป็นชิ้น บรรจุลงในหม้อเติมน้ำต้ม รินแต่น้ำกิน
ยาดองแช่ด้วยน้ำท่า หรือสุรา แล้วรินแต่น้ำกิน
ยาสกัดด้วยเหล้าหรือแอลกอฮอล์ หยดลงน้ำกิน
ยาเผาให้เป็นด่าง เอาด่างนั้นแช่น้ำไว้ แล้วรินแต่น้ำด่างนั้นกิน
ยาเผาหรือเผาให้ไหม้ ตำเป็นผงบดให้ละเอียดละลายน้ำกระสายต่างๆ กิน
ยากลั่นเอาน้ำเหงื่อ เช่น กลั่นสุราเอาน้ำเหงื่อกิน
ยาประสมแล้ว ห่อผ้าบรรจุลงในกลัก เอาไว้ใช้ดม
ยาประสมแล้ว ตำเป็นผง กวนให้ละเอียดใส่กล้องเป่าทางจมูก และในลำคอ เช่น ยานัตถุ์
ยาหุงด้วยน้ำมัน เอาน้ำมันใส่กล้องเป่าบาดแผล
ยาประสมแล้ว ติดไฟใช้ควันใส่กล้องเป่าบาดแผล และฐานฝี
ยาประสมแล้ว มวนบุหรี่สูบเอาควัน เช่น บุหรี่
ยาประสมแล้ว ต้มเอาน้ำบ้วนปาก
ยาประสมแล้ว ต้มเอาน้ำอาบ
ยาประสมแล้ว ต้มเอาน้ำแช่
ยาประสมแล้ว ต้มเอาน้ำชะ
ยาประสมแล้ว ต้มเอาไอรม
ยาประสมแล้ว ใช้เป็นยาทา
ยาประสมแล้ว ใช้เป็นยาสุม
ยาประสมแล้ว ทำเป็นลูกประคบ
ยาประสมแล้ว ใช้เหน็บ
ยาประสมแล้ว ต้มเอาน้ำสวน
ยาประสมแล้ว ทำเป็นยาพอก
ยาประสมแล้ว ทำเป็นขี้ผึ้งปิดแผล ซึ่งเรียกว่า ยากวน
ส่วนยาแผนปัจจุบัน เมื่อได้ยาที่บริสุทธิ์แล้วต้องนำมาทดสอบคุณสมบัติทางฟิสิกส์และเคมี เช่น ดูการละลายของยาในน้ำ และในตัวทำละลายอินทรีย์อื่นๆ การหลอมเหลว การกลายเป็นไอ ความคงทนของตัวยาต่อภาวะต่างๆ จากนั้นนำยามาทดสอบผลทางสรีรวิทยาว่า มีผลอย่างไรต่อระบบต่างๆ ของร่างกายตรวจสอบผลทางเภสัชวิทยาว่ายามีข้อดีอย่างไรต่อร่างกาย ศึกษาการเปลี่ยนแปลงของยาในร่างกาย รวมทั้งการทำลายและการขับถ่ายยาออกจากร่างกาย
ทำการทดสอบผลเสียของยาต่อระบบต่างๆ ของร่างกายโดยเริ่มศึกษาในสัตว์ทดลอง เช่น ใช้หนูถีบจักร หนูพุก หนูตะเภา กระต่าย สุนัข ลิง แมว ม้า ฯลฯ อาจใช้สัตว์ทั้งตัวหรือใช้เพียงอวัยวะบางอย่างในการทดลองศึกษาผลเสียของการใช้ยาที่อาจมีต่อสัตว์ที่กำลังท้อง สัตว์ที่กำลังให้นมลูก ดูว่ายาก่อให้เกิดความผิดปกติต่อคัพภะ (ลูกอ่อนในท้อง) หรือไม่ ทำให้เกิดความผิดปกติแก่ลูกอ่อนของสัตว์เพียงใด สามารถทำให้เกิดมะเร็งได้ไหม
