การจัดกระบวนเรือพระราชพิธีตั้งแต่สมัยอยุธยาเป็นต้นมานั้น มักจะเป็นกระบวนพยุหยาตราชลมารคในการบำเพ็ญพระราชกุศลกรานกฐิน หรือถวายผ้าพระกฐินเป็นสำคัญ กับการเสด็จไปนมัสการพระพุทธบาทที่สระบุรี
สำหรับเรือพระที่นั่งที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยานั้น มีปรากฏว่าในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง (พ.ศ. ๒๑๗๓-๒๑๙๘) ทรงสร้างเรือพระที่นั่งกิ่งขึ้น กับทรงตั้งกฐินบกพยุหยาตราใหญ่เป็นครั้งแรก ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. ๒๑๙๙-๒๒๓๑) พระองค์ได้โปรดเกล้าฯ ให้มีการเขียนริ้วกระบวนเสด็จไว้ทั้งกระบวนพยุหยาตราสถลมารคและกระบวนพยุหยาตราชลมารค ซึ่งหนังสือนี้มีชื่อว่า "ริ้วกระบวนแห่พยุหยาตราชลมารคสมเด็จพระนารายณ์มหาราช" หนังสือนี้เข้าใจว่าได้คัดลอกมาจากภาพเขียนฝาผนังที่วัดยม จังหวัดพระนครศรีอยุธยาภาพเขียนตัวจริงนั้นปัจจุบันถูกทำลายไปหมดแล้วเหลือแต่ฉบับคัดลอก จากหนังสือริ้วกระบวนแห่พยุหยาตราชลมารคสมเด็จพระนารายณ์มหาราชนี้ ได้ทราบชื่อเรือในริ้วกระบวนเรือเรียงตามลำดับจากต้นกระบวนถึงท้ายกระบวนมีว่า ต้นกระบวนมีเรือไชยของกรมต่างๆ เช่น กรมช้าง กรมม้ากรมอาสา กรมเขนทอง กรมเวียง กรมวัง กรมคลังและกรมนา ตามด้วยเรือโขมดยาของทหารอาสาต่างๆ เรือตำรวจ เรือทองแขวนฟ้า นำหน้าเรือพระที่นั่งศรีสมรรถไชย คั่นด้วยเรือนาคแล้วจึงถึงเรือพระที่นั่งไกรสรมาศ เรือพระที่นั่งไกร-แก้วจักรรัต เรือพระที่นั่งศรพรหมไชย ตามด้วยเรือครุฑ เรือเอกไชย เรือพระที่นั่งไกรสรมุข เป็นเรือพระที่นั่งรอง เรือพระที่นั่งศรีสุนทรไชยเรือแซ และเรือรูปสัตว์ต่างๆ อาทิ เรือโต เรือสิงห์ เรือนก เรือม้า เรือคชสีห์ เรือราชสีห์เรือเลียงผา เรือมกร และเรือนาค เป็นต้น
การจัดกระบวนพยุหยาตราชลมารคในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชที่กล่าวมานี้ จัดได้ว่าเป็นริ้วกระบวนใหญ่ แสดงความมั่งคั่งโอ่อ่าของราชสำนักไทยในครั้งนั้นได้เป็นอย่างดี ซึ่งเมื่อเปรียบเทียบกับริ้วกระบวนเรือในสมัยต่อมาจะพบว่าค่อยๆ ตัดทอนลงไปเรื่อยๆ เพราะเรือชำรุดไปตามกาลเวลาบ้าง ไม่มีผู้รู้จักทำขึ้นใหม่ให้ถูกต้องตามแผนโบราณบ้าง จึงเหลืออยู่เท่าที่พอจะรักษาไว้ได้เท่านั้น
ในรัชกาลพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ (พ.ศ. ๒๒๗๕-๒๓๐๑) นั้น ปรากฏว่าใน พ.ศ. ๒๒๗๕พระองค์ทรงแต่งทูตานุทูตไปเจริญทางพระราชไมตรีกับเมืองพม่า มีเครื่องราชบรรณาการต่างๆ มากมาย ในบรรดาเครื่องราชบรรณาการนี้มีเรือพระที่นั่งกิ่งลำหนึ่งด้วย
