สัตว์น้ำบางชนิดไม่ใช้เหงือกสำหรับหายใจ เช่น ปลิงทะเล (sea cucumber) ซึ่งเป็นสัตว์ที่อยู่ในไฟลัมเดียวกับปลาดาว มีแขนงของอวัยวะหายใจเรียกว่า เรสปิเรทอรี ทรี (respiratory tree) แผ่เต็มช่องว่างภายในตัว และเปิดเข้าสู่ส่วนปลายสุดของลำไส้ก่อนจะเปิดเป็นทวารหนัก เมื่อกล้ามเนื้อบริเวณนี้บีบตัวจะขับเอาอุจจาระและน้ำจาก เรสปิเรทอรี ทรี ออกสู่ภายนอก และเมื่อขยายตัวก็จะดูดเอาน้ำที่มีออกซิเจนละลายอยู่ด้วยผ่านเข้าไปในเรสปิเรทอรี ทรี ได้ อวัยวะนี้จึงทำหน้าที่ดูดเอาออกซิเจนในน้ำผ่านเข้าสู่ร่างกายและปล่อยคาร์บอนไดออกไซด์ออกมากับน้ำได้
แมลงหลายชนิดที่อาศัยอยู่ในน้ำไม่ได้เป็นสัตว์น้ำที่แท้จริง เพราะสัตว์พวกนี้จะโผล่ขึ้นมาที่ผิวน้ำเพื่อหายใจจากอากาศโดยตรง พวกด้วงปีกแข็งที่อยู่ในน้ำบางชนิดมีการปรับปรุงตัวเป็นพิเศษ โดยสามารถเก็บอากาศไว้ข้างใต้ปีกแข็งคู่หน้าขณะที่มันโผล่ขึ้นมาจากผิวน้ำเพื่อเก็บไว้ใช้หายใจในเวลาที่มันอยู่ใต้ผิวน้ำได้เป็นเวลานานๆ
