การเพาะเมล็ดในภาชนะเดี่ยว หมายถึงการปลูกพืชโดยการเพาะเมล็ดก่อนเช่นเดียวกับการเพาะเมล็ดในแปลงเพาะหรือในกระบะเพาะ แต่แทนที่จะเพาะรวมๆ กันด้วยวิธีดังกล่าว กลับเพาะแยกกัน โดยให้แต่ละภาชนะที่เพาะมีต้นพืชที่เพาะเพียงต้นเดียว และเมื่อต้นพืชที่เพาะมีขนาดโตพอ จึงย้ายปลูกอีกทีหนึ่ง การปลูกพืชโดยวิธีนี้มักใช้กับพืชที่มีรากเจริญยาก เมื่อรากขาดหรือถูกทำลายก็จะมีผลทำให้การตั้งตัวของต้นพืชช้าไปด้วย ฉะนั้นในพืชอายุสั้นที่จำเป็นต้องเพาะเมล็ดก่อนที่จะปลูกในแปลง จึงต้องใช้วิธีนี้ ได้แก่ พืชจำพวกฟัก แฟงแตงชนิดต่างๆ บวบ น้ำเต้า ถั่วชนิดต่างๆ ข้าวโพดรวมทั้งไม้ผลบางชนิดที่เมล็ดมีขนาดโต สามารถเพาะในภาชนะเดี่ยวได้ง่าย โดยเฉพาะพืชที่นิยมใช้ทำเป็นต้นตอ เช่น มะม่วง ขนุน มังคุด และทุเรียนเป็นต้น การเพาะเมล็ดตามวิธีนี้ เนื่องจากใช้วิธีการคล้ายๆ กับการเพาะเมล็ดในภาชนะเพาะ ผิดกันแต่ว่าให้มีต้นพืชในภาชนะที่เพาะเพียง ๑-๒ ต้นเท่านั้น ฉะนั้นภาชนะที่ใช้จึงมีขนาดเล็ก เช่น อาจใช้ถุงพลาสติก กระบอกไม้ไผ่ หรือกระทงใบตองก็ได้ ดินปลูกก็ใช้ดินที่ใช้เพาะเมล็ดทั่วๆ ไป หรือถ้าเป็นการเพาะเมล็ดไม้ผล ขนาดของดินไม่จำเป็นต้องละเอียดเหมือนดินเพาะเมล็ดทั่วๆ ไปก็ได้
การปลูกหรือเพาะเมล็ด สำหรับพืชจำพวกผัก มักจะใส่เมล็ดประมาณ ๓ เมล็ดในหนึ่งภาชนะปลูก เมื่อเมล็ดงอกดีแล้วจะถอนให้เหลือเพียง ๑-๒ ต้น ส่วนการปลูกเมล็ดไม้ผลมักเลือกเมล็ดที่สมบูรณ์เพาะเพียงเมล็ดเดียว
การดูแลรักษา ได้แก่ การรดน้ำ การให้แสงและการควบคุมโรคแมลง ปฏิบัติเช่นเดียวกับการเพาะเมล็ดในภาชนะเพาะทั่วๆ ไป แต่เนื่องจากเมล็ดมีขนาดโตและค่อนข้างแข็งแรง ฉะนั้นการดูแลรักษาจึงทำได้ง่าย
