การเก็บหัวมันฝรั่ง ซึ่งจะกระทำเมื่อไรนั้นขึ้นอยู่กับปัจจัยดังต่อไปนี้
๑. อายุ มันฝรั่งสามารถจะเก็บเกี่ยวได้เมื่อมีอายุประมาณ ๑๐๐-๑๒๐ วันหลังจากปลูก ทั้งนี้ขึ้นอยู่ว่าพันธุ์นั้นๆ จะเป็นพันธุ์ชนิดใด คือ พันธุ์เบาพันธุ์กลาง หรือ พันธุ์หนัก
๒. สังเกตจากเถา หรือลำต้นของมันฝรั่งเมื่อพร้อมจะเก็บเกี่ยวได้ จะนอนราบกับพื้นและใบส่วนใหญ่จะมีสีเหลือง
๓. ใช้วิธีขุดหัวออกมาแล้วทดลองใช้มีดผ่าหัวดู หัวมันฝรั่งที่แก่เมื่อผ่าแล้วมีรอยแผลจะแห้งไม่มีน้ำเยิ้มออกมา
การเก็บหัวโดยใช้วิธีขุดหัวด้วยจอบ หรือใช้มือถอนลำต้นขึ้นมา ถ้าหากดินที่ปลูกเป็นดินร่วนการขุดจะต้องระมัดระวังมิให้หัวได้รับอันตรายและเป็นรอยแผลเพราะจะทำให้เป็นโรค และนอกจากนั้นตลาดก็จะให้ราคาต่ำด้วย หลังจากเก็บเกี่ยวแล้วควรคัดขนาดของหัวออกเป็น ๔ ขนาด คือ ขนาดใหญ่ขนาดกลาง ขนาดเล็ก และขนาดจิ๋ว ขนาดใหญ่ และขนาดกลางจะขายได้ราคาดี ส่วนขนาดเล็กราคาถูกมาก และขนาดจิ๋วนั้นขายเกือบไม่ได้และไม่คุ้มค่าระวางขนส่ง ในเนื้อที่ ๑ ไร่ จะได้หัวมันหนักประมาณ ๑,๖๐๐-๒,๔๐๐ กิโลกรัม ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับปัจจัยต่างๆ หลายประการด้วยกัน
หัวมันฝรั่งที่เก็บขึ้นมานั้นถ้าหากมีจำนวนมากและยังขายไม่ออก ควรจะนำไปเก็บไว้ในห้องที่มีอุณหภูมิ ๔-๑๐ องศาเซลเซียส เพราะจะช่วยป้องกันการงอกของตาได้ถึง ๑๒-๑๕ อาทิตย์ มันฝรั่งที่ตางอกออกมานั้น จะขายได้ราคาต่ำและคุณภาพลดลง เพราะอาหารภายในหัวจะถูกใช้ไป
