ส่วนใหญ่เกิดขึ้นเนื่องมาจากการที่ราษฎรบุกรุกเข้าแผ้วถางป่าเพื่อนำที่ดินมาใช้ทำการเกษตร หรือบุกเบิกพื้นที่เพื่อการทำไร่เลื่อนลอย เป็นเหตุให้น้ำไหลบ่ากัดเซาะดินและอินทรียวัตถุในบริเวณพื้นที่ต้นน้ำจนดินเสื่อมคุณภาพ และน้ำฝนที่เคยไหลซึมลงไปเก็บสะสมอยู่ในดินได้มากจะมีปริมาณลดลงกว่าเดิม ดังนั้นเมื่อมีฝนตกหนักในเขตพื้นที่ลุ่มน้ำ น้ำจะไหลบ่าท่วมพื้นที่เพาะปลูก และที่อยู่อาศัยในบริเวณพื้นที่ตอนล่างอย่างฉับพลันแต่ในฤดูแล้งลำธารและลำห้วยดังกล่าวไม่มีน้ำไหลจึงเกิดผลกระทบต่อสภาพแวดล้อม ตลอดจนความเป็นอยู่และการทำมาหากินของประชาชนที่อาศัยอยู่ในท้องถิ่นนั้นเสมอมา
สาเหตุสำคัญซึ่งทำให้พื้นที่ต้นน้ำลำธารทั่วไปมีความเสื่อมโทรมนั้น เกิดจากการกระทำของมนุษย์และธรรมชาติ เป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้พื้นที่ต้นน้ำลำธารจำนวนมากในทุกภาคของประเทศไทยเกิดความเสื่อมโทรม ได้แก่
๑. การโค่นถางป่าเพื่อนำที่ดินมาใช้ทำการเกษตร เช่นการทำไร่เลื่อนลอย และการเพาะปลูกอย่างถาวร
๒. การเผาป่าด้วยสาเหตุต่างๆ กัน เช่น เผาป่าเพื่อบุกเบิกที่ดินมาใช้ทำการเกษตรหรือเนื่องจากผู้คนที่เข้าไปหาของป่า ทำไม้ และเที่ยวป่า เมื่อก่อไฟเพื่อหุงหาอาหารหรือเพื่อไล่สัตว์ร้ายแล้วมิได้ดูแลดับไฟให้เรียบร้อย จึงเกิดไฟไหม้ป่าขึ้น
๓. การก่อสร้างสิ่งก่อสร้างในบริเวณพื้นที่ต้นน้ำลำธาร เช่น ถนน สิ่งก่อสร้างต่างๆ หมู่บ้าน และ ฯลฯ โดยมิได้ควบคุมน้ำที่ไหลบ่าลงมาตามร่องน้ำหรือจากส่วนใดส่วนหนึ่งของสิ่งก่อสร้างให้ดีพอ จึงเกิดน้ำไหลกัดเซาะพื้นที่บริเวณข้างเคียง
๔. การใช้ที่ดินไม่เหมาะสมตามสมรรถนะของที่ดิน เช่น การทำเกษตรกรรมบนพื้นที่ลาดชันในบริเวณต้นน้ำลำธาร โดยการโค่นล้มแผ้วถางป่าหรือใช้ไฟเผา การกระทำในลักษณะต่างๆ เหล่านี้ ย่อมก่อให้เกิดการกัดเซาะหน้าดินและทำลายพื้นที่ดินในบริเวณต้นน้ำลำธารดังกล่าวมาแล้ว
