ท้องเดินเฉียบพลัน มักเกิดจากการอักเสบของกระเพาะอาหารและลำไส้อย่างเฉียบพลัน ซึ่งอาจมีสาเหตุได้หลายอย่าง เช่น กินอาหารที่ปนเปื้อนเชื้อบัคเตรี แพ้อาหาร นอกจากนี้อาจเกิดจากการอักเสบของลำไส้ใหญ่ เช่น จากเชื้อบิดอะมีบิก (amoebic dysentery) และเชื้อบิดบะซิลลารี (bacillary dysentery) เป็นต้น
ท้องเดินเรื้อรัง สาเหตุส่วนใหญ่มาจากโรคของลำไส้ เช่น ลำไส้ดูดซึมได้ไม่ดี ลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรัง และมีแผล เป็นต้น
