มูลนิธิ “อานันทมหิดล” เป็นมูลนิธิที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งขึ้น เพราะทรงสนพระราชหฤทัยในสวัสดิภาพและความเป็นอยู่ของประชาชนด้วยทรงตระหนักว่า ประเทศของเราจำเป็นต้องอาศัยผู้เชี่ยวชาญในวิชาเทคนิคชั้นสูงเป็นจำนวนมาก และเพื่อให้ได้บุคคลชั้นนำในวิชานั้นๆ จึงควรส่งเสริมและสนับสนุนนักศึกษาผู้แสดงความสามารถอย่างยอดเยี่ยม ให้ได้มีโอกาสไปศึกษาต่อ ณ ต่างประเทศในวิชาชั้นสูงบางวิชาโดยเฉพาะเมื่อสำเร็จการศึกษาเพิ่มเติมกลับมาแล้ว จะได้มาทำงานเป็นผู้เชี่ยวชาญในวิชาที่เรียนมา ด้วยพระราชดำริตามนัยที่ว่านี้ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ทดลองดำเนินการไปก่อนด้วย “ทุนอานันทมหิดล” ในปีพุทธศักราช ๒๔๙๘
โดยที่สมเด็จพระบรมราชชนก เจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลานครินทร์ ได้ทรงสนพระทัยและทรงศึกษาวิชาแพทยศาสตร์ รวมทั้งได้พระราชทานทุนแก่นักศึกษาแพทย์ให้ไปศึกษาต่อ ณ ต่างประเทศจนกลับมามีชื่อเสียงในวิชาการที่ได้เรียนมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวจึงได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานทุนให้แก่นักศึกษาวิชาแพทยศาสตร์เป็นประเดิม การที่ได้พระราชทานชื่อของทุนว่า “อานันทมหิดล” ก็เพื่อให้เป็นพระบรมราชานุสรณ์ในพระมหากรุณาธิคุณที่สมเด็จพระบรมเชษฐาธิราช พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล ได้พระราชทานแด่พระองค์ท่านตลอดมา
ต่อมาได้มีพระบรมราชวินิจฉัยให้เปลี่ยนสถานภาพจาก “ทุน” เป็น“ มูลนิธิ” ชื่อว่า“มูลนิธิอานันทมหิดล” เมื่อวันที่ ๓ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๐๒ และได้พระราชทานทุนเริ่มแรกจำนวน ๒๐,๐๐๐ บาท (สองหมื่นบาท)
