ภายในส่วนควบคุมของเครื่องคอมพิวเตอร์มีวงจรสร้างสัญญาณนาฬิกาอยู่ เพื่อทำหน้าที่ควบคุมการทำงานของส่วนประกอบต่างๆ ของเครื่องคอมพิวเตอร์ วงจรสร้างสัญญาณนาฬิกานี้สร้างขึ้นโดยอาศัยวงจรออสซิลเลเตอร์(oscillator) ที่เป็นวงจรทางอิเล็กทรอนิกส์ที่เรียกว่า วงจรมัลทิไวเบรเตอร์ (multivibrator) หรือใช้ผลึกควอรตซ์(quartz) ซึ่งมีคุณสมบัติสั่นสะเทือน มีสัญญาณไฟฟ้าเกิดขึ้นด้วยความถี่ที่คงที่ เมื่อใส่แรงดันไฟฟ้าไปที่ผลึกควอตซ์โดยการนำเอาสัญญาณนาฬิกานี้มาป้อนเข้าวงจรนับและวงจรตรรกของนาฬิกา แล้วป้อนเข้าส่วนแสดงผลแบบตัวเลข ซึ่งจะแสดงชั่วโมง นาที วินาที วัน เดือนและปี
นาฬิกาคอมพิวเตอร์แตกต่างกับนาฬิกาแบบตัวเลขธรรมดาตรงที่สามารถสั่งให้เปลี่ยนวันที่ ๑ ใหม่ทุกๆ เดือนได้เองไม่ว่าเดือนนั้นจะมี ๓๐ หรือ ๓๑ วัน หรือเดือนกุมภาพันธ์ที่มี ๒๘ หรือ ๒๙ วัน พร้อมกันนั้นสามารถเปลี่ยนวันจันทร์ วันอังคาร... พร้อมทั้งเดือนและปี สามารถตั้งเวลาปลุกหรือเวลาเตือนได้ตามความต้องการ และใช้เป็นนาฬิกาจับเวลาได้ด้วย
เนื่องจากเทคโนโลยีสมัยใหม่ได้สร้างส่วนควบคุมกลางหรือซีพียูเป็นไมโครโพรเซสเซอร์ที่มีขนาดเล็กมาก จึงสามารถนำมาสร้างนาฬิกาคอมพิวเตอร์ที่เล็กมากขนาดนาฬิกาข้อมือได้
