ใน พ.ศ. ๒๔๘๕ รัฐบาลมีนโยบายส่งเสริมการแพทย์และการสาธารณสุขให้เป็นปึกแผ่นยิ่งขึ้น จึงได้รวบรวมสถาบันที่เกี่ยวข้องทางการแพทย์การสาธารณสุขเข้าไว้ด้วยกัน และสถาปนากระทรวงการสาธารณสุขขึ้นเมื่อวันที่ ๑๐ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๘๕ โดยแบ่งองค์กรของกระทรวงฯ ดังต่อไปนี้
๑. สำนักงานเลขานุการรัฐมนตรี
๒. สำนักงานปลัดกระทรวง
๓. กรมการแพทย์
๔. กรมประชาสงเคราะห์
๕. กรมมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์
๖. กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
๗. กรมสาธารณสุข
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๔๘๗ ได้มีการโอนกรมประชาสงเคราะห์จากกระทรวงสาธารณสุขไปอยู่ในกระทรวงมหาดไทยตามเดิม และในปี พ.ศ. ๒๔๙๕ มีประกาศใช้พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรมเปลี่ยนชื่อกระทรวงการสาธารณสุข เป็นกระทรวงสาธารณสุข และเปลี่ยนชื่อกรมสาธารณสุขเป็นกรมอนามัย และใน พ.ศ. ๒๕๐๒ กรมมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์โอนไปสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี
ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้มีการขยายงานรักษาพยาบาลในส่วนภูมิภาคอย่างเต็มที่ หลังจากที่ได้ชะงักงันมาพักหนึ่ง ดังจะเห็นได้ว่า เมื่อแรกสถาปนากระทรวงในปี พ.ศ. ๒๔๘๕ มีจังหวัดที่มีโรงพยาบาลเพียง ๑๔ จังหวัด แต่อีก ๗ ปีต่อมาได้มีการก่อสร้างโรงพยาบาลครบทุกจังหวัด นอกจากนี้โรคติดต่ออันตรายได้รับการควบคุมและป้องกันอย่างรัดกุม เป็นผลให้ในกาลต่อมาโรคคุดทะราด ไข้ทรพิษ และกาฬโรค ได้หมดไปจากประเทศ และไข้มาลาเรียได้ลดความรุนแรงในการระบาดลง
ในปี พ.ศ. ๒๕๑๕ ได้มีการปรับปรุงส่วนราชการกระทรวงสาธารณสุข โดยมีวัตถุประสงค์ที่จะรวมบริการรักษาและป้องกันโรคในส่วนภูมิภาคไว้ใต้องค์กรเดียวกัน โดยในส่วนกลางได้มีการรวมกรมการแพทย์และกรมอนามัย เป็นกรมการแพทย์และอนามัย และในส่วนภูมิภาค ซึ่งเดิมการบริหารงานโรงพยาบาลจังหวัดและที่ทำการอนามัยจังหวัดแยกออกจากกัน ก็ได้เข้ามารวมกันโดยมีนายแพทย์ใหญ่จังหวัด เป็นหัวหน้าผู้บริหารงานทั้งทางด้านการรักษา ป้องกัน และส่งเสริมสุขภาพ
ใน พ.ศ. ๒๕๑๗ ได้มีการปรับปรุงรูปแบบการบริหารของกระทรวงสาธารณสุข ทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาคอีกครั้งหนึ่งและยังคงเป็นอยู่ถึงปัจจุบัน (พ.ศ.๒๕๒๖) สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ได้ปรับปรุงการจัดรูปองค์กร และระบบการบริหารงานสาธารณสุขในส่วนภูมิภาคเพื่อให้สามารถแก้ไขปัญหาสาธารณสุขในส่วนภูมิภาคได้เหมาะสมและมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้นหน่วยงานสาธารณสุขส่วนภูมิภาคมีดังต่อไปนี้
๑. สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด
๒. สำนักงานส่งเสริมวิชาการและบริการสาธารณสุข
๓. โรงพยาบาลศูนย์
๔. โรงพยาบาลทั่วไป ได้แก่ โรงพยาบาลขนาดกลาง (๑๕๐-๔๐๐ เตียง) ประจำจังหวัด และในบางอำเภอ
๕. โรงพยาบาลชุมชน ได้แก่ โรงพยาบาลอำเภอ
๖. สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ
๗. สถานีอนามัย
๘. สำนักงานผดุงครรภ์
