ของเสียจากโรงงานอุตสาหกรรม ต่างๆ เช่น โรงงานผลิตคลอรีน เครื่องใช้ไฟฟ้าสีทาบ้าน และอื่นๆ เหล่านี้เป็นแหล่งใหญ่ของปรอทที่ถูกปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อม และไปปนเปื้อนอาหาร ปรอทที่ถูกปล่อยลงในน้ำจะไปสะสมในแพลงก์ตอนและเข้าสู่วงจรอาหาร (มักตรวจพบปรอทในสัตว์น้ำทั้งน้ำจืดและน้ำเค็มบริเวณชายฝั่งมากกว่าอาหารชนิดอื่น) บัคเตรีในน้ำบางชนิดเปลี่ยนปรอทในรูปอนินทรีย์ซึ่งมีพิษไม่มากให้เป็นสารอินทรีย์ เช่น เมทิลเมอร์คิวรี (methylmercury) ซึ่งมีพิษสูงได้ การควบคุมกระบวนการผลิตและการกำหนดปริมาณปรอทในน้ำทิ้งจากโรงงานจะช่วยลดปัญหานี้ได้มาก
