ปลาส่วนใหญ่ต้องการอาหารโปรตีน ซึ่งได้จากพืชและสัตว์ ปลาเทราต์และปลาแซลมอนซึ่งตามธรรมชาติเป็นปลากินเนื้อ แต่สามารถกินพืชได้ เมื่อเลี้ยงด้วยอาหารสำเร็จรูป ความต้องการอาหารโปรตีนเปลี่ยนแปลงไปตามขนาดปลาขนาดเล็กซึ่งเจริญเติบโตเร็ว ต้องการอาหารโปรตีนสูงกว่าปลาใหญ่ซึ่งเติบโตช้า ก่อนฤดูวางไข่ ปลามีความต้องการอาหารที่มีโปรตีนสูง เพื่อผลิตไข่และเชื้อตัวผู้
ความต้องการอาหารโปรตีนจะเพิ่มมากขึ้น เมื่ออุณหภูมิสูง และจะใช้อาหารโปรตีนน้อยลงเมื่ออุณหภูมิต่ำ ปลาอาจใช้โปรตีนเป็นแหล่งพลังงานทดแทน หากแหล่งพลังงานจากไขมัน และแป้งมีไม่เพียงพอ ปลามีความต้องการโปรตีนที่ประกอบด้วยกรดอะมิโน (amino acid) ทั้ง ๑๐ อย่างในระดับเดียวกับสัตว์ชั้นสูง
อาหารโปรตีนมีความสำคัญต่อการเจริญเติบโต โปรตีนที่ดีขึ้นอยู่กับคุณภาพและปริมาณของกรดอะมิโนที่สัตว์ต้องการอาหารที่ใช้เลี้ยงปลาควรจะมีกรดอะมิโนใกล้เคียงกับอาหารธรรมชาติ กรดอะมิโนที่มีอยู่ในตัวปลาช่วยเป็นเครื่องชี้ความต้องการของปลา อาหารที่ใช้เลี้ยงปลาไนควรจะมีส่วนประกอบที่เป็นพืชและสัตว์ การใช้พวกพืชในส่วนผสมอาหารสูง จะทำให้ดุลของกรดอะมิโนในอาหารไม่พอดี
ปลากินเนื้อต้องการโปรตีนสูงประมาณร้อยละ ๗๕ แต่ปลากินอาหารไม่เลือก เช่น ปลาไน ต้องการโปรตีนน้อย อัตราส่วนโปรตีนต่อแป้งเป็น ๑ : ๗ - ๑ : ๘ ซึ่งใกล้เคียงกับสัตว์บก
