๑. การลงทุนจะสูงกว่าการปลูกพืชในดินมาก เพราะต้องใช้เทคโนโลยีสูง ต้องใช้น้ำที่สะอาดและมีความบริสุทธิ์สูงกว่าการปลูกพืชในดิน และต้องใช้โรงเรือนที่สามารถควบคุมสภาพแวดล้อมได้จึงจะให้ผลดี โดยเฉพาะในการปลูกพืชปลอดสารพิษ
๒. ต้องใช้ประสบการณ์ตลอดจนการดูแลเอาใจใส่ใกล้ชิดมากกว่าการปลูกพืชในดิน โดยเฉพาะเทคนิคการปลูกพืชในน้ำที่เป็นระบบปิด (closed system) ซึ่งน้ำมีการไหลหมุนเวียน ถึงแม้จะมีการควบคุมด้วยระบบอัตโนมัติทุกขั้นตอนก็ตาม
๓. การขัดข้องของกระแสไฟฟ้า การชำรุดของเครื่องมืออุปกรณ์ไฟฟ้า หากแก้ไขไม่ทันก็จะมีผลกระทบต่อการเจริญเติบโตและการตายของพืชได้
๔. มีความเสี่ยงต่อโรคในน้ำค่อนข้างมาก เพราะน้ำนำพาการกระจายของโรคพืช โดยเฉพาะอย่างยิ่งโรคที่เกิดกับรากซึ่งยากต่อการรักษา
๕. ไม่สามารถใช้ปุ๋ยอินทรีย์ได้ และยังทำให้พืชขาดจุลินทรีย์ในดินบางชนิดที่อยู่รอบๆรากพืช อาทิ ไรโซเบียม (rhizobium) ในปมรากถั่ว ที่สามารถดึงไนโตรเจนจากอากาศมาให้พืชใช้โดยตรง ตลอดจนจุลินทรีย์อื่นๆ ที่มีประโยชน์ต่อพืช เช่น actinomycetes blue green algae และ photosynthetic bacteria เป็นต้น
