ผลแทรกซ้อนจะเกิดได้น้อยมากในมือของวิสัญญีแพทย์ที่ละเอียดรอบคอบและมีความชำนาญ นอกจากนี้โรคที่ผู้ป่วยมีอยู่เองยังจะมีผลที่จะทำให้ผลแทรกซ้อนเกิดมีอันตรายมากขึ้นหรือน้อยลงได้ แต่ผลแทรกซ้อนส่วนมากนั้นสามารถป้องกัน และรักษาให้หายได้ ถ้าสามารถพบได้แต่เนิ่นๆ ผลแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นได้ คือ
๑. ระบบประสาท
๑.๑ ถ้าให้ยามากเกินไป ผู้ป่วยจะหลับอยู่นาน
๑.๒ ขณะที่หลับอยู่นั้นเกิดมีการขาดออกซิเจน หรือออกซิเจนไปเลี้ยงสมองไม่พอจากสาเหตุใดก็ตาม จะทำให้หลับแล้วไม่ตื่นได้
๑.๓ นอกจากนี้ประสาทส่วนปลายอาจจะมีการชาอยู่นาน หรือชาอย่างถาวร ถ้าเผอิญเกิดมีการกดทับหรือทำลายประสาทเส้นนั้น ซึ่งเกิดได้จากการจัดท่านอนที่ไม่เหมาะสม หรือการผ่าตัดที่ไปทำอันตรายเส้นประสาท
๑.๔ แต่ถ้าให้ยาสลบน้อยเกินไป ผู้ป่วยก็จะรู้สึกตัวหรือเจ็บระหว่างผ่าตัด
๒. ระบบหัวใจและการไหลเวียนเลือด
๒.๑ อาจถูกกดมากเมื่อยามากหรือแรงเกินไปจนทำให้หัวใจเต้นช้าลงหรือเต้นไม่สม่ำเสมอ หรือหยุดไปเลยก็ได้ดังนั้นการดมยาผู้ป่วยทุกราย วิสัญญีแพทย์จะจับชีพจร วัดความดันอยู่เป็นระยะๆ รวมทั้งบันทึกอาการ และอาการแสดงตลอดเวลา ถ้าหัวใจทำงานน้อยลงหรือหลอดเลือดขยายตัวมากเกินไป จะเป็นสาเหตุให้ความดันเลือดต่ำลง ถ้าต่ำมากจะทำให้อวัยวะต่างๆ ของร่างกายมีเลือดไปเลี้ยงน้อยลงหรือขาดเลือดไปเลี้ยง ผลแทรกซ้อนที่เกิดขึ้นก็คือ อวัยวะนั้นไม่สามารถทำงานในเวลาต่อไปได้
๒.๒ แต่ถ้าให้ยาสลบน้อยเกินไปจะทำให้ความดันเลือดสูง และถ้าสูงมากก็เกิดอันตรายได้
๓. ระบบการหายใจยาดมสลบ หรือยาฉีดเข้าหลอดเลือดดำในขนาดที่ทำให้ไม่เจ็บระหว่างผ่าตัด มักจะกดการหายใจ ดังนั้นถ้าปล่อยให้ผู้ป่วยหายใจเอง ก็จะไม่พอ การแลกเปลี่ยนก๊าซออกซิเจน และคาร์บอนไดออกไซด์ จะไม่เป็นไรไปตามปกติ เมื่อออกซิเจนในเลือดลดลงจะเป็นผลเสียต่อการทำงานของอวัยวะต่างๆ เช่น เดียวกับระยะแรกๆ หลังการหยุดให้ยาดมสลบ ผู้ป่วยจะยังคงมียาสลบเหลือค้างอยู่ในร่างกายเพราะมีการขับถ่ายอออกไปอย่างช้าๆ ดังนั้นอาจเกิดภาวะดังกล่าวข้างต้นได้ วิธีป้องกันคือ ให้ผู้ป่วยดมออกซิเจนต่อจนกว่าการหายใจจะกลับมาเป็นปกติ
๔. ระบบทางเดินอาหารยาบางอย่างทำให้มีอาการคลื่นไส้อาเจียนได้ผู้ป่วยบางคนมีการตอบสนองต่อยาไม่เหมือนกันหรือไม่เท่ากันดังนั้นถ้าเกิดอาการคลื่นไส้อาเจียน จากยาชนิดใดแล้วควรจำไว้เพื่อจะได้บอกแพทย์และแพทย์ก็จะหลีกเลี่ยงการใช้ยานั้น นอกจากนี้ถ้าผู้ป่วยรับประทานอาหารมาก่อนถูกดมยาสลบไม่นาน (คือน้อยกว่า ๖ ชั่วโมง) อาจมีการสำลัก หรือสำรอกเศษอาหารเข้าปอดได้ง่ายมากและอาจเกิดปอดอักเสบ (aspirate pneumonia) ตามมาได้
๕. ระบบการทำงานของตับและไตยาบางชนิดจะมีพิษต่อตับหรือไต ดังนั้นการหลีกเลี่ยงไม่ใช้ยาเหล่านั้นก็จะสามารถป้องกันผลแทรกซ้อนได้ส่วนมากแล้วยาดมสลบมักจะลดเลือดที่ไปยังตับและไต ถ้าลดไม่มากเกินไปก็ไม่เป็นอันตราย ผลแทรกซ้อนที่อาจพบได้แต่พบน้อยมากคือ การทำงานของตับหรือไตล้มเหลว
๖. ผลแทรกซ้อนอื่นๆ เช่น การแพ้ยาของแต่ละบุคคล อาจมีผื่นขึ้นตามหน้า ตามตัว และความดันเลือดตก นอกจากนี้ การฉีดยาเกินขนาดหรือฉีดยาผิดก็อาจเกิดขึ้นได้ (ดูเพิ่มเติมเรื่อง กายวิภาคศาสตร์ และสรีรวิทยา)
