เนื่องจากในโลกเรานี้มีปลาชนิดต่างๆ อยู่มากกว่า ๒๐,๐๐๐ ชนิด นักวิทยาศาสตร์จึงได้หาวิธีการจำแนกแยกชนิดของปลาออกเป็นจำพวกและเป็นชนิดต่างๆ เช่น
นักวิทยาศาสตร์ได้อาศัยรากฐานเกี่ยวกับรูปซากดึกดำบรรพ์ของปลา ความรู้ทางด้านโครงสร้าง (structure) อวัยวะต่างๆ และการเจริญเติบโตของปลา รวมทั้งความรู้ทางด้านวิวัฒนาการและพันธวิทยา (genetic) สรีรวิทยา ในการจัดลำดับแสดงความสัมพันธ์ของปลากลุ่มต่างๆ ในปัจจุบัน ปลากลุ่มต่างๆ อาจจะแบ่งตามแผนผังกว้างๆ ได้ดังนี้
ตามหลักฐานของ ดร.ฮิวจ์ เอ็ม สมิท (Hugh M.Smith) ผู้ซึ่งมาดำรงตำแหน่งที่ปรึกษาทางการประมงของรัฐบาลไทย ในระหว่าง พ.ศ. ๒๔๖๖-๒๔๗๘ ได้รายงานปลาน้ำจืดในประเทศไทยไว้เป็นจำนวนทั้งสิ้น ๔๙ ครอบครัวด้วยกัน เป็นปลาทั้งหมด ๕๖๐ ชนิด สำหรับปลาทะเล หน่วยงานอนุกรมวิธาน (Taxonomic Unit) ของสถานวิจัยประมงทะเล กรมประมง ได้รวบรวม และจำแนกชนิดปลาทะเลไว้ได้มากกว่า ๙๐๐ ชนิด ปลาทะเลที่ได้จำแนกชนิดไว้เหล่านี้ ได้ถูกเก็บรักษาไว้ ณ พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำของสถานวิจัยประมงทะเล และพิพิธภัณฑ์สัตววิทยา จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ส่วนปลาน้ำจืดส่วนใหญ่ได้เก็บไว้ ณ พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำของคณะประมง มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และพิพิธภัณฑ์สัตว์ของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์ประยุกต์แห่งประเทศไทย
