ในภาวะที่มีภูมิคุ้มกันเสื่อม โดยไวรัสไปทำลาย CD4+T cells หรือที่เรียกชื่อเดิมว่า T helperลดลงไปอย่างมาก จนกระทั่งทำให้เกิดโรคเอดส์เต็มขั้นนั้น การรักษาจะต้องดำเนินไปดังต่อไปนี้
๑. การบริบาลทั่วไป และการรักษาประคับประคอง อันได้แก่ การดูแลผู้ป่วยโดยทั่วไปและการให้อาหาร ให้พลังงาน สารน้ำอิเล็กโทรไลต์ ฯลฯ ให้พอเพียงและให้การรักษาทางจิตบำบัด เป็นต้น
๒. การรักษาตามอาการ เช่น การรักษาอาการไข้ อาการท้องเดิน เป็นต้น
๓. การรักษาเฉพาะโรคที่เกิดขึ้น ได้แก่รักษาโรคติดเชื้อฉวยโอกาส เช่น การรักษาโรคปอดบวม โรคติดเชื้อแคนดิดา โรคระบบประสาทและรักษาโรคมะเร็ง โดยการฉายรังสี หรือเคมีบำบัดเป็นต้น
๔. การให้ยาต้านเชื้อไวรัสเอชไอวี เพื่อระงับยับยั้งการทวีจำนวนของไวรัสในเซลล์ชนิดต่างๆ
๕. การให้ยากระตุ้นการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน เพื่อให้มีการสร้างหรือเสริมปรับปรุงระบบภูมิคุ้มกันที่เสียไปให้ฟื้นกลับมาใหม่ แม้ว่าจะไม่ดีขึ้นเท่าเดิม ก็ดีกว่าปล่อยให้ภูมิคุ้มกันเสื่อมอย่างเต็มที่
ในที่นี้จะได้กล่าวถึงสารที่มีฤทธิ์ระงับยับยั้งมิให้ไวรัสทวีจำนวนในเซลล์ และสารปรับปรุงระบบอิมมูน (Immune Modulator)
ในปัจจุบันกล่าวได้ว่ายังไม่มียา หรือสารต้านไวรัสชนิดใดที่ทรงประสิทธิภาพสูง หรือที่เรียกว่าเป็นยา "อุดมคติ" ส่วนใหญ่จะมีฤทธิ์เพียงแต่ยับยั้งการเจริญเพิ่มจำนวนของไวรัสเท่านั้น ๑. อินเตอร์เฟอรอน
๒. อินเตอร์ลิวคิน-๒, อินเตอร์ลิวคิน -๑๐
๓. อิมูไธออล หรือ DTC
๔. อิมเร็ก -๑ เป็นต้น
ได้มีรายงานการใช้ยา AZT ในมารดาติดเชื้อเอชไอวีที่ตั้งครรภ์ว่าได้ผลดีในการป้องกันการแพร่เชื้อจากมารดาไปสู่ทารก ขณะนี้ได้เริ่มใช้กันในบางประเทศแล้ว
