จุลินทรีย์เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก โดยปกติไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า จุลินทรีย์มีอยู่มากมายหลายชนิด แต่ละชนิดมีขนาด ลักษณะและการดำรงชีพต่างๆ กัน ได้แก่ ไวรัส บัคเตรียีสต์ รา สาหร่าย สัตว์เซลล์เดียวและพยาธิ เป็นต้น เป็นจุลินทรีย์ที่มีความสามารถในการแพร่ขยายพันธุ์สูง ประกอบกับสิ่งแวดล้อมตามธรรมชาติมีส่วนในการแพร่กระจาย ทำให้มีบัคเตรีและราอยู่ทั่วไปเกือบทุกหนทุกแห่ง ไม่ว่าจะเป็นในน้ำ ในดิน ในอากาศ ในสัตว์และพืชบัคเตรีและราจึงเป็นองค์ประกอบหนึ่งของสิ่งแวดล้อม ทางธรรมชาติ ดังนั้นจุลินทรีย์จากแหล่งต่างๆ จึงมีโอกาสที่จะปนเปื้อนอาหารสูงมาก
พืชผักผลไม้ที่ใช้เป็นอาหารจะมีจุลินทรีย์จากดิน น้ำและปุ๋ยอินทรีย์ ปนเปื้อนมาจากแหล่งเพาะปลูก จุลินทรีย์จากภาชนะและมือจะเข้าปนเปื้อนเพิ่มขึ้น เมื่อมีการจับต้องอาหารหรือขนถ่ายไปยังแหล่งจำหน่าย อาหารที่ได้จากเนื้อสัตว์จะปนเปื้อนจุลินทรีย์จากระบบทางเดินอาหารของสัตว์นั้นขณะชำแหละ สัตว์น้ำซึ่งเลี้ยงหรือจับมาจากแหล่งน้ำที่สกปรกจะสะสมจุลินทรีย์ไว้ในระบบทางเดินอาหาร ต่อมาเมื่อเข้าสู่กระบวนการผลิตโดยกรรมวิธีต่างๆ ในการเก็บถนอมอาหารชนิดและปริมาณจุลินทรีย์จะถูกควบคุมและกำจัดลงเพื่อรักษาความสด และยืดอายุการเก็บรักษา
การเจริญของจุลินทรีย์คือการแบ่งตัวเพิ่มจำนวนของจุลินทรีย์ เป็นสาเหตุให้อาหารเปลี่ยนแปลง ทั้งนี้เนื่องจากปฏิกิริยาของเอนไซม์จากตัวจุลินทรีย์ไปย่อยสารอินทรีย์ของอาหาร เช่น โปรตีนคาร์โบไฮเดรต ไขมัน ให้เป็นสารที่มีโมเลกุลเล็กลงบัคเตรีและราบางชนิดรวมทั้งไวรัส เจริญได้ในสิ่งมีชีวิตอื่นจึงทำให้เกิดโรคในคน พืชและสัตว์
