ผลการวิจัยได้แนะนำว่า การรับประทานมะเขือเทศอินทรีย์ (ที่ปลูกโดยไม่ใช้สารเคมี) นั้นทั้งมีรสชาติดีกว่าและยังดีต่อสุขภาพมากกว่าแบบที่ไม่ใช่อินทรีย์
คนส่วนมากยังคงยอมรับว่า ท่ามกลางผักอินทรีย์ต่างๆ (แม้มะเขือเทศในทางทฤษฎีจะเป็นผลไม้ก็ตาม!) มะเขือเทศอินทรีย์มีรสชาติดีกว่าจริงๆ
จากการวิจัยที่ทำเป็นอย่างดีในสหรัฐอเมริกาได้เปรยไว้ว่า มะเขือเทศอินทรีย์อาจมีคุณค่าทางอาหารที่สูงกว่าด้วย มีงานวิจัยชิ้นหนึ่งที่ตีพิมพ์ในวารสารวิทยาศาสตร์การอาหารและเกษตรกรรม (Journal of Science of Food and Agriculture) ทำการทดสอบระดับของสารเควอซีติน (Quercetin) และแคมเฟอรอล (Kaempferol) ในกลุ่มตัวอย่างมะเขือเทศแห้ง ตลอดช่วงเวลา 10 ปี พบว่า
มะเขือเทศ (แห้ง) ที่ปลูกแบบอินทรีย์ พบว่ามีสารเควอซีตินมากกว่าถึงร้อยละ 79 สารเควอซีตินนี้เป็นส่วนประกอบหนึ่งที่ทำงานในเซลล์ของร่างกายโดยตรงและหยุดเซลล์ไม่ให้หลั่งสารฮิสตามีน (ที่หลั่งออกมาเวลาเกิดภูมิแพ้) นอกจากนี้ยังพบว่ามีแคมเฟอรอลมากกว่าถึงร้อยละ 97 ซึ่งแคมเฟอรอลเป็นฟลาโวนอยด์ธรรมชาติชนิดหนึ่ง ซึ่งเกี่ยวข้องกับการลดความเสี่ยงของการเกิดโรคหัวใจ
เหตุผลที่นักวิจัยเชื่อก็คือ มะเขือเทศที่ปลูกตามวิธีปกติธรรมดา มักได้รับปุ๋ย (เคมี) จำนวนมาก ซึ่งต่างจาก จำนวนมาก ซึ่งต่างจากมะเขือเทศอินทรีย์ (ที่ไม่ใช้ปุ๋ยเคมี) จึงกระตุ้นให้มันสร้างสารฟลาโวนอยด์ในระดับที่สูงกว่า
