อุทยานแห่งชาติภูจอง-นายอย ตั้งอยู่ในท้องที่อำเภอบุณฑริก อำเภอนาจะหลวย และอำเภอน้ำยืน จังหวัดอุบลราชธานี มีอาณาเขตติดต่อกับประเทศลาวและประเทศกัมพูชา พื้นที่ป่าอยู่ในส่วนหนึ่งของเทือกเขาพนมดงรักประกอบด้วยภูเขาภูเล็กภูน้อยมากมาย เช่น ภูจองนายอย ภูจองน้ำซับ ภูจอง ภูจันทร์แดง ภูพลาญสูง ภูพลาญยาว เป็นต้น มีสภาพป่าสมบูรณ์ สภาพธรรมชาติที่สวยงาม และมีสัตว์ป่าชุกชุม มีเนื้อที่ประมาณ 428,750 ไร่ หรือ 686 ตารางกิโลเมตร
สืบเนื่องจาก ร.ต.ท.ณรงค์ เทวคุปต์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดอุบลราชธานีได้มีหนังสือลงวันที่ 15 พฤศจิกายน 2525 ถึงกรมป่าไม้ เสนอโครงการพัฒนาป่าภูจอง-นายอยให้เป็นอุทยานแห่งชาติ ตามความต้องการของราษฎรอำเภอนาจะหลวย และอำเภอใกล้เคียงในจังหวัดอุบลราชธานี เพื่อป้องกันรักษาป่าที่มีความอุดมสมบูรณ์ และสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติที่สวยงามไว้เป็นสถานที่ท่องเที่ยวพักผ่อนหย่อนใจ กองอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้ จึงมีคำสั่งที่ 116/2526 ลงวันที่ 19 มกราคม 2526 ให้นายอนุศักดิ์ ศรีทองแดง เจ้าพนักงานป่าไม้ 3 ไปทำการสำรวจพื้นที่ดังกล่าว
ผลการสำรวจ ปรากฏว่าสภาพพื้นที่ป่าสมบูรณ์ สัตว์ป่าหลายชนิดชุกชุม และมีทิวทัศน์ธรรมชาติที่สวยงามหลายแห่ง ตามรายงานการสำรวจ ที่ กส 0713(ภจ)/พิเศษ ลงวันที่ 12 เมษายน 2526 เพื่อเป็นการสนองตอบความต้องการของราษฎรที่จะอนุรักษ์ป่าภูจอง-นายอยไว้ ต่อมานายเคน ประคำทอง ราษฎรอำเภออุดมเดช จังหวัดอุบลราชธานี ได้มีหนังสือลงวันที่ 1 มิถุนายน 2526 ถึงรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เร่งรัดการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติแห่งนี้ กองอุทยานแห่งชาติจึงได้เร่งรัดสำรวจหาข้อมูลเพิ่มเติมเห็นว่า พื้นที่ป่าภูจอง-นายอยมีสภาพทิวทัศน์และธรรมชาติที่สวยงามเหมาะที่จะจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ ตามหนังสือวนอุทยานภูจอง ที่ กห 0713(ภจ)/77 ลงวันที่ 9 สิงหาคม 2527
กองอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้ ได้นำเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ซึ่งได้มีมติการประชุมครั้งที่ 3/2527 เมื่อวันที่ 12 กันยายน 2527 เห็นชอบให้กำหนดพื้นที่ป่าดังกล่าวเป็นอุทยานแห่งชาติ โดยได้มีพระราชกฤษฎีกากำหนดบริเวณที่ดินป่าภูจอง-นายอยในท้องที่ตำบลห้วยข่า อำเภอบุณฑริก ตำบลนาจะหลวย อำเภอนาจะหลวย และตำบลโดมประดิษฐ์ อำเภอน้ำยืน จังหวัดอุบลราชธานี ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ ซึ่งประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 104 ตอนที่ 103 ลงวันที่ 1 มิถุนายน 2530 เป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 53 ของประเทศ
พืชพรรณและสัตว์ป่า
ประกอบด้วยพรรณไม้ชนิดป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง ซึ่งขึ้นอยู่เป็นส่วนๆ มีพรรณไม้ขึ้นหนาแน่นประมาณร้อยละ 75 โดยเฉลี่ยประกอบด้วยไม้พื้นล่างขึ้นหนาแน่น ได้แก่ จำปาป่า และพรรณไม้ดอกต่างๆ แซมเป็นไม้พื้นล่างให้กับไม้ยืนต้นจำพวกตะเคียนทอง ประดู่ ยาง กระบาก ปู่จ้าว พะยูง มะค่า แกแล เป็นต้น ขึ้นแยกอยู่ตามสภาพป่า
ขอบคุณข้อมูลจาก เว็บไซต์กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช
ลักษณะภูมิประเทศ
ส่วนใหญ่บริเวณป่าภูจอง-นายอยจะเป็นเทือกเขาแหล่งต้นน้ำของลำน้ำลำห้วยที่สำคัญของจังหวัดอุบลราชธานี สภาพป่าโดยทั่วไปเป็นป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง มีพันธุ์ไม้ขึ้นอยู่หนาแน่นและอุดมสมบูรณ์ ส่วนมากดินจะเป็นดินลูกรังปะปนหินปูนตามบริเวณที่ราบบนเนินเขา และประกอบด้วยลานหินลักษณะต่างๆ ตลอดจนหน้าผา เช่น ผาผึ้ง
ลักษณะภูมิอากาศ
สภาพภูมิอากาศของอุทยานแห่งชาติภูจอง-นายอย จัดเป็น 3 ฤดู ฤดูฝน เริ่มราวเดือนมิถุนายน-พฤศจิกายน ฤดูหนาว เริ่มราวเดือนธันวาคม-กุมภาพันธ์ ฤดูร้อน เริ่มราวเดือนมีนาคม-พฤษภาคม ซึ่งอากาศโดยทั่วไปไม่ร้อนจัดเย็นสบายตลอดทั้งปี โดยช่วงฤดูหนาวมีอากาศที่เย็นมากอีกครั้งหนึ่ง
