กรุงศรีอยุธยามีชื่อเดิมที่ปรากฏในเอกสารชั้นต้นที่เป็นศิลาจารึกและตำนานบางเรื่องว่า"กรุงอโยธยา" ซึ่งเป็นการนำชื่อเมืองของพระรามในเรื่องรามเกียรติ์มาใช้ ชื่อกรุงอโยธยาคงจะถูก เปลี่ยนเป็นกรุงศรีอยุธยาซึ่งเป็นชื่อที่รู้จักกันทั่วไปในปัจจุบันนี้ในสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งอยู่ในระยะเวลาตอนปลายของสมัยกรุงศรีอยุธยา อันเป็นสมัยที่หนังสือพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาฉบับที่เก่าที่สุดเท่าที่มีอยู่ในขณะนี้ ได้รับการเขียนและคัดลอกกันต่อๆ มาเป็นต้นฉบับตัวเขียนที่เก็บอยู่ในหอสมุดแห่งชาติหนังสือพงศาวดารฉบับนี้ก็ได้กล่าวถึงเมืองที่มีชื่อว่า กรุงศรีอยุธยา เอาไว้ด้วย คนรุ่นหลังจึงได้เรียกชื่อนี้กันต่อมาจนถึงปัจจุบัน
ความเป็นมาของกรุงศรีอยุธยานั้นปรากฏเป็นเรื่องที่เล่าสืบทอดกันในลักษณะของตำนานโดยเฉพาะตำนานเรื่องท้าวอู่ทอง จะมีอยู่หลายตำนานและปรากฏในหลายท้องที่ ตำนานท้าวอู่ทองบางเรื่องกล่าวถึงความเกี่ยวข้องกับดินแดนแถบ จังหวัดกำแพงเพชร บางเรื่องปรากฏเป็นตำนานของบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลางในจังหวัดสุพรรณบุรี เพชรบุรี และประจวบคีรีขันธ์เมืองนครศรีธรรมราชก็มีตำนานที่เล่าถึงท้าวอู่ทองกับพระยาศรีธรรมมาโศกราช ที่ตกลงรวมดินแดนนครศรีธรรมราชเข้ากับกรุงอโยธยาก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยาในหนังสือพระราชพงศาวดาร ตำนานบางเรื่องในหนังสือพงศาวดารเหนือที่รวบรวมจดไว้เป็นลายลักษณ์อักษรในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ กล่าวถึงการเป็นเมืองที่มีความสืบเนื่องมาจากเมืองลพบุรี ซึ่งเป็นเมืองที่เก่าแก่ และมีเครือข่ายที่เห็นได้อย่างชัดเจนจากหลักฐานด้านโบราณคดีว่า มีความเกี่ยวข้องกับราชอาณาจักรขอมกัมพูชา
ถ้าไม่คำนึงถึงเรื่องมิติของเวลา ตำนานต่างๆ เกี่ยวกับท้าวอู่ทองและเรื่องในพงศาวดารเหนือสามารถสะท้อนภาพของส่วนต่างๆ ซึ่งประกอบเข้าเป็นกรุงศรีอยุธยาได้ อย่างไรก็ดี เอกสารทางประวัติศาสตร์ที่เป็นพระราชพงศาวดาร กรุงศรีอยุธยา ที่กล่าวถึงเมื่อสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ได้สถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๑๘๙๓ นั้น ได้กล่าวถึงสมเด็จพระราเมศวรโอรสของสมเด็จพระรามาธิบดีว่าได้ไปครองเมืองลพบุรีอีกทั้งเอกสารที่เป็นจดหมายเหตุของจีนได้เรียกกรุงศรีอยุธยาเมื่อแรกสถาปนาว่า หลอหู ซึ่งเป็นคำเดียวกับที่จีนใช้เรียกเมืองลพบุรีมาก่อนด้วย จึงสันนิษฐานได้ว่า ราชวงศ์ของสมเด็จพระรามาธิบดีผู้สถาปนากรุงศรีอยุธยานั้น มีความสืบเนื่องมาจากเมืองลพบุรีที่เป็นศูนย์อารยธรรมเก่าแก่แห่งที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลางมาก่อน และเมื่อได้พิจารณาประกอบกับหลักฐานทางโบราณคดีที่มีการพบที่อยุธยา ได้แก่ เศียรพระพุทธรูปขนาดใหญ่ซึ่งเป็นศิลปะก่อนสมัยอยุธยา ที่วัดธรรมิกราช พระพนัญเชิงซึ่งสร้างก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยา พระพุทธรูปทั้งสององค์มีรูปแบบศิลปะที่เรียกว่า ศิลปะอู่ทองรุ่นแรกที่ได้รับอิทธิพลของศิลปะลพบุรีด้วย ซึ่งก็เป็นสิ่งที่ชี้อย่างชัดเจนว่า ได้มีการขยายตัวของเมืองลพบุรีลงมาทางใต้บริเวณเกาะเมืองอยุธยา ก่อนที่จะมีการสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นเมืองหลวง เมื่อ พ.ศ. ๑๘๙๓
การขยายตัวของเมืองลพบุรีลงมาที่อยุธยาเมื่อพิจารณาในด้านภูมิศาสตร์เศรษฐกิจก็อาจอธิบายได้ว่า เป็นการขยายที่ตั้งการค้าออกไปใกล้ทะเลเพื่อการค้ากับดินแดนโพ้นทะเล เพราะอยุธยามีลำน้ำเจ้าพระยาซึ่งเรือเดินทะเลใหญ่ในสมัยนั้นสามารถเข้ามาถึงตัวเมืองได้ อีกทั้งที่ตั้งของอยุธยาเป็นที่รวมของแม่น้ำหลายสายคือ แม่น้ำลพบุรี แม่น้ำป่าสัก และแม่น้ำเจ้าพระยาที่ตั้งของอยุธยาจึงมีลักษณะเป็นชุมทางที่สามารถติดต่อเข้าไปยังแผ่นดินภายในได้หลายทิศทางให้ประโยชน์ในด้านการเป็นแหล่งรวมสินค้าที่ส่งมาจากที่ต่างๆ ได้สะดวก และสามารถเป็นตลาดกลางขนาดใหญ่ในการซื้อขายแลกเปลี่ยนสินค้ากับทั้งภายในทวีปและดินแดนโพ้นทะเลได้เป็นอย่างดี การขยายตัวของเมืองลพบุรีมาที่อยุธยานั้นคงจะมีขึ้นตั้งแต่ประมาณต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๘
ด้วยเหตุนี้ การเกิดขึ้นมามีฐานะเป็นศูนย์กลางอำนาจการปกครอง หรือเป็นเมืองหลวงของกรุงศรีอยุธยา จึงไม่เหมือนกับการเกิดขึ้นของเมืองเชียงใหม่และเมืองสุโขทัย เพราะทั้งสองเมืองมีลักษณะของการเป็นบ้านเมืองของผู้นำที่ค่อยๆ รวบรวมบ้านเล็กเมืองน้อยเข้าไว้ด้วยกันและเติบโตสร้างความเป็นปึกแผ่นของแว่นแคว้นเพิ่มขึ้นๆ จนในที่สุด เมืองซึ่งเป็นที่ประทับของผู้นำของแว่นแคว้นก็ได้กลายเป็นศูนย์กลางของอำนาจการปกครองดินแดนที่รวบรวมเข้ามาได้ส่วนกรุงศรีอยุธยานั้น เมื่อสถาปนาขึ้นอย่างเป็นทางการ ก็เป็นเมืองที่มีพื้นฐานอันเป็นเครือข่ายของเมืองลพบุรีซึ่งเป็นเมืองใหญ่แต่โบราณแล้วคือ บ้านเมืองในดินแดนภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง บริเวณที่ราบลุ่มน้ำมูลที่มีพื้นฐานทางวัฒนธรรมแบบเดียวกันติดต่อไปถึงเมืองพระนครหลวงในกัมพูชา ส่วนเรื่องพระเจ้าอู่ทองในตำนานของเมืองนครศรีธรรมราชได้แสดงให้เห็นว่า เป็นดินแดนที่ได้รับการผนวกเข้ากับอยุธยาก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นเมืองหลวงอย่างเป็นทางการ ด้วยเหตุนี้ จึงไม่ปรากฏเรื่องราวการรวบรวมดินแดนนครศรีธรรมราชในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาซึ่งเริ่มเล่าเรื่องตั้งแต่เวลาของการสถาปนา แต่กลับปรากฏในบันทึกของชาวยุโรปในสมัยอยุธยาตอนต้นว่า ดินแดนตลอดแหลมมลายูนั้นเป็นของสยาม ซึ่งมีศูนย์กลางเป็นเมืองใหญ่อยู่ที่กรุงศรีอยุธยา
ในพระราชพงศาวดารฉบับที่เขียนในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีการกล่าวถึงกษัตริย์องค์ต่อมาหลังจากสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ผู้สถาปนากรุงศรีอยุธยาเสด็จสวรรคตว่า มาจากเมืองสุพรรณบุรีด้วยท่าทีที่มีอำนาจแล้วขึ้นเสวยราชสมบัติต่อมาทรงพระนามว่า สมเด็จพระบรมราชาธิราช (ที่ ๑)ได้มีการขยายความในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาฉบับที่เขียนในภายหลังว่า กษัตริย์จากสุพรรณบุรีนี้คือ พ่องั่ว ผู้เป็นพี่มเหสีของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ แม้ว่าจะเป็นเอกสารที่เขียนขึ้นในภายหลังก็ตาม แต่เรื่องราวต่อๆ มาในพระราชพงศาวดารก็สามารถให้ภาพรวมว่า ในช่วงระยะเวลาแรกแห่งการสถาปนากรุงศรีอยุธยาระหว่างพ.ศ. ๑๘๙๓ - ๑๙๕๒ นั้น กรุงศรีอยุธยามีกษัตริย์ที่ผลัดกันครองราชบัลลังก์อยู่ ๒ สาย สายหนึ่งคือ สายที่สืบราชตระกูลมาจากสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ผู้สถาปนาเมือง และอีกสายหนึ่งคือ ราชตระกูลที่มาจากเมืองสุพรรณบุรี การผลัดกันขึ้นสู่ราชบัลลังก์ของทั้ง ๒ ราชตระกูลนั้นเป็นการยึดอำนาจมาจากอีกฝ่ายหนึ่ง
ชื่อของเมืองสุพรรณบุรีมีที่มาจากหนังสือพระราชพงศาวดารเช่นเดียวกับชื่อของกรุงศรีอยุธยาเพราะจากเอกสารชั้นต้นที่เป็นศิลาจารึกหรือเรื่องในตำนานบางเรื่องนั้น ชื่อเดิมของเมืองสุพรรณบุรีในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้นนั้นคือ เมืองสุพรรณภูมิ ศิลาจารึกหลักที่ ๑ ของพ่อขุนรามคำแหงที่เล่าเรื่องราวในสมัยพ่อขุนรามคำแหงก่อนเวลาการสถาปนากรุงศรีอยุธยา ได้กล่าวถึงชื่อเมืองสุพรรณภูมิรวมอยู่ในกลุ่มเมืองที่อยู่ทางฝั่งตะวันตกของที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลาง คือ เมืองแพรก (ในจังหวัดชัยนาท) เมืองสุพรรณภูมิเมืองราชบุรี เมืองเพชรบุรี ซึ่งในท้องที่ของเมืองเหล่านี้ล้วนมีโบราณสถานที่มีอายุไม่น้อยกว่าเมืองลพบุรีอยู่ด้วย ดังนั้น การที่พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาได้ระบุชื่อเมืองสุพรรณภูมิอยู่รวมกับดินแดนของกรุงศรีอยุธยาในลักษณะของเมืองที่มีอำนาจ ที่เจ้าเมืองสามารถเข้ามาสืบราชบัลลังก์กรุงศรีอยุธยาได้ด้วยนั้น แสดงว่านอกจากการเกิดขึ้นของกรุงศรีอยุธยาจะเป็นการสืบอำนาจต่อจากเมืองลพบุรีโดยการสืบราชวงศ์ของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ แล้ว ยังประกอบด้วยดินแดนของสุพรรณภูมิที่มีกษัตริย์ต่างราชวงศ์ปกครองสืบทอดกันมาอยู่ด้วยอีกส่วนหนึ่ง
ดินแดนของกรุงศรีอยุธยาจึงมีอาณาเขตที่กว้างขวางครอบคลุมพื้นที่อันอุดมสมบูรณ์ของที่ราบลุ่มแม่น้ำภาคกลางทั้งหมด เป็นราชอาณาจักรที่มีอิทธิพลครอบงำตลอดทั้งแหลมมลายูและพื้นที่ส่วนใหญ่ของภาคตะวันออกเฉียงเหนือการรวมตัวกันได้ระหว่างดินแดงที่สืบมาจากเมืองลพบุรีเดิมกับดินแดนของสุพรรณภูมินั้นสาเหตุสำคัญน่าจะมาจากการเป็นเครือญาติที่สืบเนื่องมาจากการสมรสกันของราชวงศ์ทั้งสองพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาบางฉบับที่เขียนขึ้นภายหลัง ที่กล่าวว่าสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ แห่งสุพรรณภูมิ หรือขุนหลวงพ่องั่ว เป็นพี่มเหสีของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ นั้น อาจเป็นเหตุผลสำคัญที่ทำให้เกิดการรวมตัวกันของดินแดนทั้งสองได้ กลายเป็นราชอาณาจักรที่มีความเป็นปึกแผ่นมั่นคงที่ชาวต่างประเทศเรียกว่า ราช-อาณาจักรสยาม โดยมีกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานีหรือเมืองหลวง
ในช่วงกว่าครึ่งศตวรรษแรกของการสถาปนากรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองหลวงของราชอาณาจักรนั้นดังได้กล่าวแล้วว่า การรวมตัวกันระหว่างสองราชวงศ์ คือราชวงศ์ของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ กับราชวงศ์ของสุพรรณภูมิ ยังไม่ราบรื่นนักดังจะเห็นได้จากการแย่งชิงราชสมบัติกันระหว่างทายาทของทั้งสองราชวงศ์ เมื่อสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ สวรรคต ราชสมบัติตกอยู่กับสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ แห่งสุพรรณภูมิ โดยการยินยอมของสมเด็จพระราเมศวรโอรสของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ซึ่งกลับไปครองเมืองลพบุรี แต่เมื่อสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ เสด็จสวรรคต สมเด็จพระราเมศวรได้เสด็จจากลพบุรีเข้าช่วงชิงราชบัลลังก์จากโอรสของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ ภายหลังจากที่สมเด็จพระราเมศวรได้เสด็จสวรรคตแล้ว โอรสของพระองค์คือ สมเด็จพระรามราชาธิราช ก็ได้สืบราชสมบัติต่อไปสมเด็จพระราเมศวรและสมเด็จพระรามราชาธิราชเสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยาสืบทอดต่อเนื่องกันเป็นเวลาประมาณ ๒๑ - ๒๒ ปี คือระหว่าง พ.ศ. ๑๙๓๑ - ๑๙๕๒
ในช่วงเวลานี้ จดหมายเหตุของจีนได้กล่าวถึงการที่เมืองสุพรรณภูมิได้ส่งราชทูตไปติดต่อค้าขายกับราชสำนักจีน แสดงให้เห็นว่า ทางเมืองสุพรรณภูมิได้ปลีกตัวออกจากอำนาจของกรุงศรีอยุธยาที่ปกครองโดยกษัตริย์ต่างราชวงศ์ในขณะเดียวกัน ศิลาจารึกของสุโขทัยบางหลักได้แสดงให้เห็นถึงการที่เมืองสุพรรณภูมิได้เข้าไปสร้างความสัมพันธ์กับดินแดนสุโขทัยอย่างใกล้ชิดจนถึงกับมีการประกาศความเป็น ปฐพีเดียวกัน กับดินแดนสุโขทัย ในศิลาจารึกกฎหมายลักษณะโจรหลักที่ ๓๘ ทำให้เกิดเป็นกลุ่มเมืองที่มีอำนาจต่อรองสูงกว่าอำนาจที่ครองอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา กลุ่มบ้านเมืองสุพรรณภูมิสุโขทัยที่รวมกันได้นี้น่าจะตรงกับที่บางครั้งจดหมายเหตุจีนบางฉบับเรียกว่า เสียน ด้วยเหตุนี้ เมื่อถึงพ.ศ. ๑๙๕๒ เจ้านครอินทร์แห่งเมืองสุพรรณภูมิก็สามารถเข้ายึดราชบัลลังก์กรุงศรีอยุธยาได้และขึ้นเสวยราชสมบัติ โดยทรงพระนามว่า สมเด็จพระนครินทราธิราช
ประวัติศาสตร์ไทยถือว่า สมเด็จพระนครินทราธิราชทรงเป็นกษัตริย์ราชวงศ์สุพรรณภูมิแต่หากพิจารณาพระชาติกำเนิดของพระองค์ อย่างละเอียด จะพบว่ามีหลักฐานที่เป็นศิลาจารึกของสุโขทัย และตำนานเรื่องพระร่วงไปเมืองจีนของสุโขทัย ที่ให้ข้อมูลซึ่งมีแนวโน้มน่าเชื่อถือว่าพระองค์ทรงมีเชื้อสายทางพระราชมารดาเป็นสุโขทัย นอกจากนี้ ยังมีหลักฐานที่เป็นศิลาจารึกและลายลักษณ์อักษรมีเชื้อสายสุโขทัย โอรสและนัดดาของพระองค์ที่ทรงครองราชสมบัติกรุงศรีอยุธยาต่อๆ มานั้น ก็ล้วนมีเชื้อสายทางพระราชมารดาเป็นราชวงศ์สุโขทัยทั้งสิ้น
เรื่องที่กล่าวมาทั้งหมดเกี่ยวกับสมเด็จพระนครินทราธิราชนี้แสดงให้เห็นว่า กรุงศรีอยุธยาที่เกิดขึ้นและมีความเป็นปึกแผ่นเป็นศูนย์กลางการปกครองของสยามประเทศต่อมาอีกเป็นเวลายาวนานนั้น ดินแดนและราชวงศ์สุโขทัยมีส่วนเป็นอย่างมากในการสร้างความเป็นปึกแผ่นนี้เพราะนับตั้งแต่สมเด็จพระนครินทราธิราชเสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยาต่อมา กรุงศรีอยุธยาก็มีฐานะของการเป็นศูนย์กลางอำนาจโดยชอบธรรมของราชอาณาจักรสยาม ที่มีขอบเขตชัดเจนดังกล่าวแล้วตลอดมา
นับตั้งแต่สมเด็จพระนครินทราธิราชเป็นต้นมา กษัตริย์องค์ต่อๆ มาของกรุงศรีอยุธยาที่สืบเชื้อสายมาจากพระองค์ ก็ได้ช่วยกันเสริมสร้างความมั่นคงให้แก่ราชอาณาจักรและราชบัลลังก์ทั้งที่เป็นนามธรรมและรูปธรรม สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ (เจ้าสามพระยา) โอรสของสมเด็จพระนครินทราธิราช ได้ยกทัพไปปราบเมืองพระนครหลวงกัมพูชา พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยากล่าวว่า พระองค์ตีเมืองพระนครหลวงได้ ทรงให้โอรสองค์หนึ่งของพระองค์ขึ้นครองเมือง และขนรูปเคารพต่างๆ จากเมืองพระนครหลวงมาไว้ที่กรุงศรีอยุธยาเป็นจำนวนมากบทบาทตอนนี้ของพระองค์ถือเป็นการทำลายศูนย์กลางอำนาจโดยชอบธรรมโบราณที่เคยอยู่ที่เมืองพระนครหลวงลงอย่างสิ้นเชิง และย้ายศูนย์กลางอำนาจโดยชอบธรรมดังกล่าวมาไว้ที่กรุงศรีอยุธยาอันเป็นศูนย์กลางของจักรวาลแห่งใหม่
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ โอรสของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ ได้เริ่มกระบวนการ ในการนำระบบศักดินาเข้ามากำกับตำแหน่งขุนนางตั้งแต่ระดับสูงสุดไปจนถึงระดับไพร่และทาสเชื้อพระวงศ์ถูกรวมเข้ามาไว้ในระบบขุนนางศักดินานี้ทั้งหมด มีการจัดระดับความสำคัญของเมืองต่างๆ ซึ่งเจ้าเมืองจะมีฐานะเป็นขุนนางที่ถูกส่งไปจากส่วนกลาง มีการบังคับบัญชาลดหลั่นกันไป จากพระมหากษัตริย์ลงไปสู่เจ้าเมืองและไพร่ทาสทุกระดับ อันเป็นการจัดระบบที่สร้างความมั่นคงให้แก่สถาบันพระมหากษัตริย์และราชอาณาจักรอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อนในการปกครองของชาวสยามซึ่งแต่ก่อนที่เคยมีมานั้น อำนาจของพระมหากษัตริย์ยังต้องขึ้นอยู่กับบุคลิกภาพส่วนพระองค์ที่ไม่เหมือนกันในแต่ละรัชกาลเป็นสำคัญ ซึ่งบางครั้งก็สามารถยึดโยงเมืองต่างๆ สร้างความเป็นปึกแผ่นให้แก่แว่นแคว้นได้ แต่หากสมัยใดพระมหากษัตริย์ไม่เข้มแข็ง บ้านเมืองต่างๆ ก็จะแยกตัวออกเป็นอิสระได้ การจัดระบบบริหารราชอาณาจักรของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถนี้ ได้เป็นพื้นฐานที่สำคัญของระบบบริหารราชการแผ่นดินที่ยึดถือกันตลอดทั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา
ในด้านการศาสนานั้น กรุงศรีอยุธยาได้รับพระพุทธศาสนาแบบเถรวาทเป็นศาสนาประจำแผ่นดิน แม้ว่าราชวงศ์กษัตริย์ที่สถาปนากรุงศรีอยุธยาจะสืบเชื้อสายมาจากเมืองลพบุรีหรือละโว้ซึ่งมีพุทธศาสนาแบบมหายานเป็นหลักก็ตามแต่รูปแบบของพระพุทธรูปแบบอู่ทองอิทธิพลศิลปะลพบุรี ซึ่งเป็นพระพุทธรูปสมัยก่อนกรุง ศรีอยุธยาและอยุธยาตอนต้น ได้แสดงให้เห็นถึงการปรับเปลี่ยนรูปแบบการนับถือจากมหายานมาเป็นเถรวาทแล้ว วัดมเหยงค์ที่พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาและรูปแบบทางศิลปะยืนยันว่า มีอายุไม่เก่าไปกว่าสมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ นั้น การขุดค้นทางโบราณคดีกลับพบหลักฐานของวัดแห่งนี้ว่า เก่ากว่าหลักฐานที่มีบนผิวดิน ซึ่งสอดคล้องกับในตำนานที่กล่าวว่าวัดแห่งนี้มีมาก่อนสมัยการสถาปนากรุงศรีอยุธยาและชื่อวัดมเหยงค์ก็ยืนยันการสืบสายมาจากชื่อศาสนสถานมหิยังคณ์ของลังกา แสดงว่า วัดมเหยงค์ในกรุงศรีอยุธยานั้นเป็นวัดทางพระพุทธศาสนาแบบลังกาแห่งแรกที่สถาปนาไว้ ณ ที่นั้น
คติเกี่ยวกับพระจักรพรรดิผู้สืบสมมติวงศ์มีหน้าที่ค้ำชูและปกป้องแผ่นดินอันเป็นที่ตั้งของพระพุทธศาสนา ถูกนำมาเสริมให้แก่สถาบันพระมหากษัตริย์ของกรุงศรีอยุธยา ด้วยเหตุนี้จึงปรากฏคำบอกเล่าของชาวยุโรปในกรุงศรีอยุธยาที่ได้ยินได้ฟังมาเกี่ยวกับปฐมกษัตริย์ของกรุงศรีอยุธยาว่า คือสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าหรือตำนานเรื่องราวของขุนหลวงสรศักดิ์ซึ่งเป็นโอรสของสมเด็จพระเพทราชาแห่งราชวงศ์บ้านพลูหลวง ว่าแท้ที่จริงคือโอรสของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชนั้น แสดงให้เห็นถึงการอธิบายในสมัยโบราณที่ต้องการแสดงการสืบราชบัลลังก์ของกษัตริย์ว่า อยู่ในราชวงศ์เดียวกันมาโดยตลอดแม้ว่าจะมีเรื่องราวที่เหมือนกับมีการเปลี่ยนราชวงศ์หลายครั้งก็ตาม เหตุที่เป็นเช่นนี้ก็เพื่อยืนยันการเป็นพระจักรพรรดิผู้สืบสมมติวงศ์ตามคัมภีร์ในพระพุทธศาสนาของพระมหากษัตริย์กรุงศรีอยุธยานั่นเอง
ด้วยเหตุนี้ ในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เมื่อมีการก่อสร้างพระบรมมหาราชวังที่กรุงศรีอยุธยา จึงโปรดให้สร้างกำแพงล้อมรอบหลายชั้น โดยมีพระมหาปราสาทเป็นศูนย์กลางและมีวัดพระศรีสรรเพ็ชญ์อยู่ภายในบริเวณขอบเขตกำแพงพระบรมมหาราชวัง เพื่อแสดงความหมายว่า พระมหากษัตริย์ของกรุงศรีอยุธยานั้นทรงเป็นศูนย์กลางมีอำนาจปกครองแผ่ไปทั้งจักรวาลเป็นอำนาจที่ให้การปกปักรักษาคุ้มครองพระพุทธศาสนาให้คงอยู่ตลอดไปจนครบ ๕,๐๐๐ ปี ซึ่งลักษณะโดยรวมของพระบรมมหาราชวังตามแบบแผนของกรุงศรีอยุธยาดังที่กล่าวมานี้ได้ถือปฏิบัติเป็นคดีในการก่อสร้างพระบรมมหาราชวังสืบมาถึงปัจจุบัน
กรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองที่ใหญ่ที่สุดในภูมิภาคเอเชียอาคเนย์เมื่อเปรียบเทียบกับบ้านเมืองอื่นๆ ร่วมสมัยเดียวกัน จากบันทึกของชาวยุโรปที่เข้ามาค้าขายที่กรุงศรีอยุธยา ได้กล่าวถึงความมั่งคั่งของราชสำนักตั้งแต่ต้นจนถึงปลายสมัยอยุธยาเนื่องจากทำเลที่ตั้งของเมืองอยู่ระหว่างบ้านเมืองในซีกโลกตะวันตกกับราชอาณาจักรอันยิ่งใหญ่ของจีน จึงทำให้กรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองศูนย์กลางแวะพักค้าขายของพ่อค้าทั้งจากทิศตะวันตกและมีสินค้าเครื่องถ้วยชามสังคโลกจากเมืองเหนือคือ แคว้นสุโขทัยเดิม ในระยะต่อมาก็เป็นสินค้าจากป่า เช่น ไม้หอม ไม้ฝาง หนังสัตว์ พริกไทยเป็นต้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย จดหมายเหตุของจีนยังกล่าวถึงการซื้อข้าวจากกรุงศรีอยุธยากลับไปด้วย ทั้งหมดนี้ล้วนนำความมั่งคั่งมาสู่ราชสำนักอยุธยาเป็นอย่างมาก รวมทั้ง การรับเอาเทคนิควิทยาการใหม่ๆ จากชาวต่างประเทศที่เข้ามาติดต่อค้าขายและเผยแผ่ศาสนาด้วย
แม้ว่ากรุงศรีอยุธยาจะต้องเสียเอกราชให้แก่พม่าในครั้งแรก แต่ก็ไม่ได้รับความเสียหายมากเท่าไร เพราะการทำสงครามของพม่าในครั้งนั้น เพื่อต้องการสร้างความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันของจักรวรรดิพุกามมากกว่าการปล้นสะดมทำลายล้างบ้านเมืองของฝ่ายตรงข้าม ซึ่งเมื่อพิจารณาในอีกแง่มุมหนึ่ง การเสียเอกราชครั้งแรกกลับ เป็นการแก้ไขปัญหาให้แก่กรุงศรีอยุธยาด้วยนั่นคือ ทำให้แนวคิดเก่าๆ ของขุนนางเชื้อพระวงศ์รุ่นเก่าเกี่ยวกับการเป็นอิสระปกครองตนเองของเมืองพระยามหานคร เช่น เมืองพิษณุโลกศูนย์กลางของแคว้นสุโขทัยเดิมต้องหมดไป เพราะขุนนางเชื้อพระวงศ์เหล่านี้ถูกกวาดต้อนไปเป็นเชลยทั้งหมด ดังนั้น เมื่อสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงทำสงครามยุทธหัตถีมีชัยชนะต่อพม่าอย่างเด็ดขาด และได้ขึ้นเสวยราชสมบัติแล้วขุนนางในราชสำนักกรุงศรีอยุธยาจึงเป็นคนรุ่นใหม่ที่ปราศจากแนวคิดเกี่ยวกับการแบ่งศูนย์อำนาจไปไว้ที่อื่น ล้วนแต่ยอมรับในอำนาจอันชอบธรรมที่กรุงศรีอยุธยาเพียงแห่งเดียวอย่างมั่นคง และกรุงศรีอยุธยาก็พบกับความสงบสุขติดต่อกันเป็นระยะเวลายาวนาน
ความสงบสุขปราศจากภัยสงครามที่มีติดต่อกันมาเป็นเวลานาน ทำให้กรุงศรีอยุธยาตั้งอยู่ใน ความประมาท ตั้งแต่สมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรมเมื่อกลางพุทธศตวรรษที่ ๒๒ เป็นต้นมา กษัตริย์ที่เสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยาส่วนมากขึ้นครองราชย์โดยการปราบดาภิเษกยึดอำนาจ ในระยะแรกๆ ก็เป็นการเข้ายึดอำนาจที่สูญเสียชีวิตไม่มาก แต่เมื่อเวลายิ่งผ่านไป การแย่งชิงอำนาจนั้นก็เป็นการทำลายชีวิตฝ่ายตรงข้ามอย่างมากมาย เช่น การแย่งชิงอำนาจระหว่างเชื้อสายของวังหลวงและวังหน้าเพื่อขึ้นเสวยราชสมบัติ หลายครั้งต้องสูญเสียชีวิตของทหารและเจ้านายซึ่งเป็นกำลังสำคัญของราชอาณาจักรลงอย่างมากมาย บรรดาขุนนางอื่นๆ ตามหัวเมืองก็ต้องพิจารณาตัดสินใจว่า ควรจะเข้าร่วมกับฝ่ายใด เพื่อความอยู่รอดของตนเองและเพื่อสร้างความมั่นคงให้แก่ชีวิตราชการของตน ดังนั้น กรุงศรีอยุธยาตอนปลายแม้จะดูมีความสงบเรียบร้อยและมั่งคั่ง แต่แท้จริงแล้วความมั่นคงค่อยๆ ถูกทำลายลงไปทุกขณะ และลุกลามไปทั่วระบบการบริหารภายใน
ด้วยเหตุนี้ เมื่อมีข้าศึกจากภายนอกคือพม่ายกทัพเข้ามารุกราน กรุงศรีอยุธยาจึงต้องเสียเอกราชให้แก่พม่าเป็นครั้งที่สองอย่างง่ายดายเมื่อวันที่ ๗ เมษายน พ.ศ. ๒๓๑๐ พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาได้บรรยายภาพเหตุการณ์ที่น่าเศร้าสลดใจก่อนเสียกรุงศรีอยุธยาไว้อย่างชัดเจน เป็นภาพของทหารหัวเมืองที่อ่อนแอพากันหนีเอาตัวรอด และปล่อยให้กองทัพพม่าเข้าล้อมพระนครอยู่เป็นเวลานาน ภาพของพระมหากษัตริย์ที่ทรงหวาดระแวงต่อผู้มีความสามารถที่จะเข้ามาช่วยเหลือป้องกันพระนครและทรงประมาทว่า ป้อมปราการและอุทกภัยตามธรรมชาติจะช่วยให้กรุงศรีอยุธยาอยู่รอดได้ภาพของทหารป้องกันพระนครที่ปราศจากความรู้เรื่องอาวุธยุทโธปกรณ์ ภาพของผู้มีความสามารถที่ไม่กล้าเอาตัวเองเข้าเสี่ยงเพื่อช่วยเหลือกอบกู้สถานการณ์ ภาพของไพร่ฟ้าข้าแผ่นดินที่ร่วมแรงร่วมใจกันต่อสู้ป้องกันตนเองอย่างโดดเดี่ยว ไม่ได้รับการเหลียวแลจากส่วนกลางจนต้องตายไปทั้งหมด ภาพของพลเมืองที่ขาดที่พึ่งยึดเหนี่ยวในการป้องกันชีวิตของตนเอง ต้องอาศัยผู้มีเวทมนตร์คาถามาช่วยเหลือ และสุดท้ายคือ ภาพของพระมหากษัตริย์ผู้สืบสมมติวงศ์แห่งกรุง ศรีอยุธยาที่ต้องตกเป็นเชลย และเสด็จสวรรคตระหว่างทางที่ถูกจับไปเมืองพม่า กรุงศรีอยุธยาได้รับความเสียหายอย่างย่อยยับจนยากที่จะฟื้นฟูให้กลับมาเจริญรุ่งเรืองเหมือนเดิมได้อีก
