ยาสีฟันถือกำเนิดขึ้นครั้งแรกในสมัยอียิปต์โบราณ โดยยาสีฟันในสมัยทำจากการผสมวัตถุดิบธรรมชาติเข้าไว้ด้วยกัน ซึ่งวัตถุดิบที่นำมาใช้เป็นส่วนผสม ได้แก่
• เกลือป่น
• พริกไทยป่น
• ใบมินต์
• และดอกไม้ต่างๆ
ในสมัยโรมันมีการคิดค้นสูตรยาสีฟันของตัวเองขึ้นมาใหม่ ซึ่งออกแนวค่อนข้างแปลกประหลาดเพราะใช้ปัสสาวะของมนุษย์เป็นส่วนผสมหลัก โดยชาวโรมันเชื่อว่าแอมโมเนียที่อยู่ในปัสสาวะอาจจะช่วยให้ฟันขาวสะอาดขึ้น
ต่อมาช่วงราวศตวรรษที่ 18 ยาสีฟันตำรับอเมริกันที่ใช้ขนมปังเผาเป็นวัตถุดิบก็ได้ถือกำเนิดขึ้น นอกจากนั้น ในเวลาไล่เลี่ยกันยังมีการคิดค้นสูตรที่เรียกว่า "เลือดมังกร", "ซินนามอน" และ "สารส้มเผา" ขึ้นด้วย
อย่างไรก็ตาม การใช้ยาสีฟันของผู้คนทั่วไปยังไม่ได้รับความนิยมอย่างแพร่หลายจนกระทั่งในช่วงศตวรรษที่ 19 เดิมทีคนส่วนใหญ่จะแปรงฟันด้วยน้ำเปล่า แต่ต่อมากระแสความนิยมของยาสีฟันประเภทผงเริ่มได้รับความนิยมมากขึ้น คนส่วนใหญ่จะใช้ยาสีฟันที่ทำขึ้นเอง ซึ่งโดยมากยาสีฟันในสมัยนั้นจะทำจากผงช็อล์ค ผงอิฐ และเกลือ
ในปี 1866 สารานุกรมเอนไซโคลพีเดียแนะนำให้ใช้ผงถ่านแทน ต่อมาในปี 1900 ได้เริ่มมีการผลิตยาสีฟันแบบเหลวที่มีส่วนผสมของไฮโดรเจนเพอร์ออกไซด์ และเบรกกิงโซดา สำหรับส่วนผสมประเภทฟลูออไรด์ได้รับการเติมลงไปในยาสีฟันครั้งแรกในปี 1914
ในช่วงศตวรรษที่ 19 ยาสีฟันแบบเหลวยังคงได้รับความนิยมน้อยกว่ายาสีฟันแบบผงจนกะทั่งถึงช่วงสงครามโลกครั้ง 1 ทั้งนี้ บริษัทคอลเกตถือเป็นผู้ผลิตเจ้าแรกที่คิดค้นยาสีฟันแบบหลอดบีบขึ้นมาเมื่อปี 1896 และลักษณะเช่นนี้ก็ยังคงมีใช้กันอยู่จนถึงปัจจุบัน
