โรคที่สำคัญ ได้แก่ โรคไหม้ โรคถอดฝักดาบ โรคใบจุดสีน้ำตาล โรคดอกกระถิน
โรคนี้ระบาดรุนแรงเฉพาะในภาคเหนือเท่านั้น ส่วนภาคอื่นมีระบาดเป็นจำนวนน้อยมาก เกิดจากเชื้อราชื่อ ยิบเบอเรลลา ฟูจิคูรอย (Gibberella fujikuroi) อาการของต้นข้าวที่เป็นโรคนี้จะมองเห็นได้ชัดในระยะ ๔๕ วัน นับจากวันปักดำ ต้นที่เป็นโรคจะแตกกอน้อย ใบสีเหลือง ซีด และต้นสูงกว่าต้นอื่น ๆ มาก จนมองเห็นได้ชัดเจน นอกจากนี้ พบว่า ต้นข้าวที่เป็นโรคจะมีรากพิเศษเกิดขึ้นที่ข้อที่อยู่เหนือระดับน้ำในนาด้วย ต่อจากนั้นกาบใบที่อยู่ใกล้ระดับน้ำในนา จะมีกลุ่มของเส้นใยของเชื้อโรค เป็นสีชมพู แล้วแห้งตายไปทั้งต้น เมล็ดสืบพันธุ์ของเชื้อโรคนี้แพร่กระจายไปโดยลม มักจะตกลงไปในดอกข้าว แล้วเชื้อราก็จะอยู่ในเมล็ดข้าว จนถึงเวลาตกกล้าในฤดูต่อไป โดยเหตุนี้ เชื้อโรคนี้จึงแพร่กระจายทางเมล็ดพันธุ์ เพราะเมื่อเอาเมล็ดที่มีเชื้อโรคไปปลูก เชื้อโรคก็จะเข้าทำลายต้นข้าวตั้งแต่เมล็ดงอกเป็นต้นกล้าแล้วแสดงอาการของโรคออกมาให้เห็น
การป้องกันและกำจัด การป้องกันกำจัดโรคถอดฝักดาบที่ได้ผลดี มีดังนี้
๑) ถอนต้นที่เป็นโรคมาเผาทิ้ง
๒) ปลูกด้วยพันธุ์ต้านทานโรค
๓) คลุกเมล็ดพันธุ์ก่อนตกกล้า ๑๕ วัน ด้วยสารเคมี เช่น ไดเทนเอ็ม ๔๕ (daithane M-45) ปกติใช้ยานี้ ๐.๒๕ กรัม คลุกกับเมล็ดพันธุ์ที่แห้งหนัก ๑๐๐ กรัม
