ข้าวฟ่างที่ปลูกครั้งแรกในประเทศไทยนั้นสันนิษฐานว่าเป็นข้าวฟ่างคั่ว พวกข้าวฟ่างหางช้างซึ่งส่วนใหญ่จะปลูกกันตามรั้วบ้านเขตที่ดินหรือคันนา และเนินดินในปริมาณไม่มากนัก ข้าวฟ่างพวกนี้มีลักษณะของเมล็ดค่อนข้างเรียวเล็ก สีขาวข้างในเป็นแป้งใส สีออกเหลืองเรื่อๆ ช่อรวงกระจายแบบรวงข้าว ต้นสูง ค่อนข้างใหญ่ ทั้งนี้ขึ้นกับระยะเวลาของการปลูก ถ้าปลูกปลายฤดูฝน คือ ประมาณกลางเดือนสิงหาคมต้นจะเตี้ยและผอม ออกดอกติดเมล็ดเร็วกว่าปลูกต้นฝนมากเพราะเป็นพันธุ์ที่มีลักษณะไวต่อช่วงแสง การนำข้าวฟ่างพวกนี้เข้าสู่ประเทศไทยนั้นไม่ทราบแน่ชัดว่าเข้ามาได้เมื่อใดและอย่างไร แต่สันนิษฐานว่า พวกชาวเขาเป็นผู้นำเข้ามา เพื่อใช้คั่วรับประทานปัจจุบันพบว่าข้าวฟ่างชนิดนี้ใช้เป็นอาหารนกใช้คั่วและเปียกเป็นขนมรับประทานกันอยู่บ้างในหมู่คนไทยในชนบททั่วๆ ไป รวมทั้งในจังหวัดภาคใต้ เช่น สุราษฎร์ธานี นอกจากนี้ มีส่งไปขายยังประเทศญี่ปุ่นบ้างเพื่อใช้คั่วชงน้ำรับประทานเช่นเดียวกับลูกเดือย ข้าวฟ่างที่ปลูกเพื่อใช้เมล็ดเป็นอาหารสัตว์นั้น คนไทยจัดเป็นพืชใหม่กว่าข้าวโพดมาก แต่ข้าวฟ่างชนิดนี้ในปัจจุบันปลูกกันมากกว่าข้าวฟ่างชนิดอื่นๆ ข้าวฟ่างเมล็ดนี้ได้รับการนำเข้ามาจากสหรัฐอเมริกา เพื่อปลูกในประเทศไทยครั้งแรกเมื่อประมาณ พ.ศ. ๒๔๙๔โดยมีจุดประสงค์สำคัญเพื่อนำส่วนต้นมาใช้เลี้ยงสัตว์ นำมาปลูกที่สถานีบำรุงพันธุ์สัตว์ทับกวางจังหวัดสระบุรี ข้าวฟ่างที่นำเข้ามาในช่วงนั้นเป็นข้าวฟ่างพวกเฮการีต้นเตี้ย เมล็ดสีขาว แต่เมื่อปลูกแล้วปรากฏว่า ให้ผลิตผลเมล็ดดี และเมล็ดใช้เป็นอาหารสัตว์ได้ดีด้วย จึงคัดพันธุ์ไว้เพื่อปลูกเป็นข้าวฟ่างเมล็ด แล้วแพร่หลายต่อไปในนามของพันธุ์ "ทับกวางต้นเตี้ย" ซึ่งเกษตรกรใช้ปลูกต่อมาอีกหลายปี
ในช่วงระหว่าง พ.ศ. ๒๔๙๗-๒๕๐๕ นักวิชาการของสถานีทดลองพืชและสถานีทดลองปศุสัตว์ ได้นำข้าวฟ่างพันธุ์ต่างๆ อีกหลายพันธุ์จากสหรัฐอเมริกา เข้ามาปลูกศึกษาเพื่อหาพันธุ์ที่เหมาะสม และให้ผลิตผลสูงกว่าพันธุ์เดิม แต่ปรากฏว่า ข้าวฟ่างพวกพันธุ์เฮการี ยังเป็นพันธุ์ที่ให้ผลิตผลดี ทั้งในด้านของผลิตผลต้นสด และผลิตผลเมล็ดอยู่
ใน พ.ศ. ๒๕๐๖ เนื่องจากตลาดญี่ปุ่นมีความต้องการข้าวฟ่างเมล็ดสีอื่นนอกเหนือไปจากเมล็ดสีขาว จึงได้นำเอาข้าวฟ่างพันธุ์ต่างๆ ที่มีสีเมล็ดแตกต่างไปจากสีขาว เช่น สีเหลือง แดง แสดจากสหรัฐอเมริกา เข้ามาปลูกเปรียบเทียบกับพันธุ์เฮการีเดิม นอกจากนี้ ทางมูลนิธิร็อกกีเฟลเลอร์ยังได้นำพันธุ์ข้าวฟ่างที่คัดเลือกปรับปรุงพันธุ์ในประเทศอินเดียเข้ามาทดลองปลูกด้วย พันธุ์ที่นำเข้ามาในระยะนี้นั้นมีพันธุ์เฮการีเบาต้นเตี้ยและพันธุ์เฮการีหนักต้นสูงรวมอยู่ด้วย ปรากฏว่า พันธุ์เฮการีหนักให้ผลิตผลสูงที่สุด พันธุ์นี้จึงได้กระจายไปในหมู่เกษตรกรที่สนใจ จนกลายเป็นพันธุ์ที่เกษตรกรนิยมปลูกทั่วไป แม้แต่ในปัจจุบัน สายพันธุ์พวกเมล็ดสีแดงในช่วงนั้นยังไม่มีพันธุ์ที่เหมาะสมกับสภาพแวดล้อมของประ-เทศไทย คือต้นเจริญเติบโตไม่ค่อยดี เป็นโรคมาก
ใน พ.ศ. ๒๕๐๙ มูลนิธิร็อกกีเฟลเลอร์ได้นำพันธุ์ข้าวฟ่าง ซึ่งส่วนใหญ่นำมาจากประเทศอินเดียเข้ามาใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวฟ่างของไทยเป็นจำนวนมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่ง พวกที่มีเนื้อในเมล็ดแข็งใสสีเหลือง นับว่าเป็นจุดเริ่มต้นอย่างจริงจังในการปรับปรุงและพัฒนาพันธุ์ข้าวฟ่าง จนกระทั่งได้พันธุ์ต่างๆ ที่ใช้ปลูกอยู่ในปัจจุบัน
ระหว่าง พ.ศ. ๒๕๑๐-๒๕๑๖ ได้มีการปลูกทดสอบเปรียบเทียบพันธุ์ข้าวฟ่างต่างๆ พบว่าพันธุ์ ไอเอส ๘๗๑๙ อี๑๗๓ (IS 8719 E 173) ซึ่งมูลนิธิร็อกกีเฟลเลอร์นำมาจากอินเดีย ให้ผลิตผลสูงที่สุด แต่พันธุ์นี้มีข้อเสีย คือ ต้นสูงใหญ่เก็บเกี่ยวลำบาก เมล็ดมีสีน้ำตาลและมีปริมาณของสารแทนนิน (tannin) สูง สารนี้เป็นสาเหตุทำให้คุณค่าอาหารสำหรับเลี้ยงสัตว์ด้อยลงไป แต่ก็มีผู้นิยมปลูกอยู่มาก เพราะทนทานต่อสภาพแวดล้อมที่เลวได้ดี นกไม่ทำลายเมล็ด เพราะมีรสขมฝาดไม่เหมือนข้าวฟ่างที่มีเมล็ดสีเหลืองและข้าวฟ่างเฮการีซึ่งมีเปลือกนอกของเมล็ดสีขาว พันธุ์นี้เหมาะที่จะปลูกช่วงปลายฤดูฝน เนื่องจากเป็นพันธุ์ที่ไวต่อช่วงแสง ในปัจจุบันพันธุ์นี้ได้เลิกปลูกไปแล้ว
หลังจากนั้น ใน พ.ศ. ๒๕๑๗-๒๕๒๕ได้มีการพัฒนาการปรับปรุงพันธุ์ข้าวฟ่างต่อเนื่องกันมาเรื่อยๆ รวมทั้งมีการริเริ่มผลิตข้าวฟ่างลูกผสมเพื่อการค้า โดยได้รับเชื้อพันธุกรรม (germ plasm) จากสถาบันวิจัยทางการเกษตรนานาชาติหลายแหล่ง และจากบริษัทผลิตเมล็ดพันธุ์ของเอกชน ในช่วงเวลานี้ยังได้มีการศึกษาธัญพืชเมล็ดเล็กและข้าวฟ่างชนิดอื่นๆ เช่น หญ้าไข่มุก ข้าวฟ่างหางกระรอก ข้าวฟ่างหางช้าง ข้าวฟ่างหวาน และข้าวฟ่างไม้กวาด ตลอดจนได้มีการแนะนำให้เกษตรกรรู้จักและทดลองปลูกธัญพืชและข้าวฟ่างเหล่านี้อีกด้วย
พันธุ์ข้าวฟ่างที่ใช้ปลูกอยู่ในปัจจุบันมีทั้งพันธุ์แท้หรือพันธุ์บริสุทธิ์และพันธุ์ลูกผสมมากมายหลายชนิด เมล็ดมีสีต่างๆ ตามความต้องการของผู้ปลูก พันธุ์เหล่านี้เกิดขึ้นได้เนื่องจากการวิจัยและพัฒนาพันธุ์อย่างต่อเนื่องของทั้งภาครัฐและภาคเอกชน มีผลให้การปลูกข้าวฟ่างในประเทศไทยขยายตัวขึ้นอย่างรวดเร็ว
