ขณะที่ประเทศไทยใช้วิธีการแพทย์ แบบที่เรียกว่าการแพทย์แผนโบราณ อยู่นั้น การแพทย์ฝ่ายประเทศทางตะวันตกโดยอาศัยหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ได้เจริญก้าวหน้าไปมาก ฉะนั้นเมื่อประเทศไทยได้มีการติดต่อกับชาวต่างประเทศ โดยเฉพาะชาวยุโรป ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๐๕๔ (ค.ศ. ๑๕๑๑) ในแผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พวกแรกที่เข้ามาก็คือ พวกโปรตุเกส ได้ทำสัญญาทางพระราชไมตรีฉบับแรกขึ้นใน พ.ศ. ๒๐๕๙ (ขจร สุขพานิช ๒๕๑๐) จากต้นฉบับภาษาสเปนปรากฏว่า (เดโช อุตตรนที พ.ศ. ๒๕๑๐) นอกจากจะมีการติดต่อทางทูตแล้ว ได้มีชาวโปรตุเกส ๓๐๐ คนเข้ามาเป็นทหารรักษาพระองค์ ต่อมาก็ มีบาทหลวงมาเผยแผ่ศาสนา นอกจากบาทหลวงโปรตุเกสแล้ว ก็มีบาทหลวงสเปน เข้ามาสร้างวัด โบสถ์ของคณะโดมินิกัน มี
ชื่อว่าซันโตโดมิงโก และของคณะเยซูอิด มีชื่อว่าซันโตเปาโล นอกจากการติดต่อครั้งนี้แล้ว ประเทศไทยยังได้มีการติดต่อกับชาติ ตะวันตกอื่นๆ อีก เช่น ฮอลันดา อังกฤษ และฝรั่งเศส ดังปรากฏในบทความของ เฟอร์เนา เมเดส ปินโต (Fernao Medes Pinto)
สำหรับแพทย์แผนปัจจุบันนั้น ต้องยอมรับกันว่าในช่วงระยะเวลาดังกล่าว คือ ตั้งแต่ชาวโปรตุเกสเข้ามา (พ.ศ. ๒๐๕๔) จนกระทั่งมีนายแพทย์โปรตุเกสเข้ามาเมื่อ พ.ศ. ๒๐๘๐ จนสิ้นรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. ๒๒๓๑) นั้น ประเทศไทยได้รับความรู้วิชาการแพทย์แผนปัจจุบัน จากชาวตะวันตกที่เข้ามาติดต่อค้าขายและเผยแผ่คริสต์ศาสนาทั้งสิ้น เพราะขณะนั้นการแพทย์แผนปัจจุบัน ในประเทศทางทวีปยุโรปได้เจริญก้าวหน้าไปมาก เป็นของแน่ชัดว่าจะต้องมีแพทย์ หรือผู้มีความรู้การแพทย์แผนปัจจุบันเข้ามากับคณะต่างๆ เพื่อรักษาพยาบาลบุคคลในคณะของเขา และเมื่อมีการนำคริสต์ศาสนาออกเที่ยวสั่งสอนประชาชน วิธีการตรวจรักษาและยาก็คงได้ใช้แพร่หลายไปในหมู่ประชาชนด้วย แม้ในราชสำนักของ สมเด็จพระนารายณ์ ก็มีแพทย์หลวงเป็น ๒ พวก พวกหนึ่งเป็นแพทย์หลวงฝ่ายยาไทย อีกพวกหนึ่งเป็นแพทย์หลวงฝ่ายยาฝรั่ง ดังหลักฐานที่ปรากฏในหนังสือ "ตำราพระโอสถ พระนารายณ์" ที่แพทย์หลวงได้ประกอบขึ้น ยาที่แพทย์หลวงฝ่ายฝรั่งได้ประกอบขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายเป็นยาขนานที่ ๒๒ มีว่า
ยาขนานที่ ๒๒ ยาแก้ขัดปัสสาวะ ให้เอาใบกะเพราเต็ม กำมือหนึ่ง ดินประสิวขาวหนัก ๒ สลึง บดให้ละเอียด เอาใบชาต้ม เป็นกระสาย ละลายถวายสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวงนิพพานท้ายสระ (พระองค์นี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ครั้งทรงดำรงตำแหน่งสภานายกหอพระสมุดวชิรญาณ ทรงเข้าพระทัยว่าคือสมเด็จพระเพทราชา) ให้เสวย เมื่อเสวยพระโอสถแล้วกราบทูลให้เสวยพระสุธารสชา ตามเข้าภายหลังอีก ๒ ที ๓ ที ซึ่งขัดปัสสาวะนั้นไปพระบังคลเบาสะดวก
ข้าพระพุทธเจ้านายแพทย์โอสถฝรั่ง ประกอบทูลเกล้าถวาย ได้พระราชทานเงินตราชั่ง ๑
นอกจากนั้นสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ยังโปรดให้หมอฝรั่งประกอบยาขึ้นทูลเกล้า ฯ ถวายด้วย ดังยาขนานที่ ๗๙ มีว่า
ยาขนานที่ ๗๙ ขนานหนึ่งให้เอาพิมเสน ๒ สลึง การบูร ๓ สลึง มาตะกี ๕ สลึง ชันตะเคียน กำยาน สิ่งละ ๗ สลึง ขี้ผึ้งขาว ๑๐ ตำลึง น้ำมันมะพร้าวคั้นใหม่ดีนั้นครึ่งทนานเคี่ยวขึ้นด้วยกันให้สุกแล้ว กรองกากออกเสีย เอาไว้ให้เย็น จึงเอาไข่ไก่เอาแต่ไข่ขาว ๒ ลูก เอาสุรากลั่นประมาณจอกหนึ่ง กวนกับไข่ให้สบกันดีแล้ว จึงแบ่งออกให้เป็น ๓ ภาคๆหนึ่งนั้น เอาน้ำตะแลงไข้ ๓ สลึง การบูร ๓ สลึง กวนเข้าด้วยกันให้สบดีแล้วเป็นสีผึ้งแดง จึงเอาสีผึ้งขาวภาคหนึ่งมากวนด้วยจุนสีพอสมควรเป็นสีผึ้งเขียว ภาคหนึ่งเป็นสีผึ้งขาว ปิดแก้พิษแสบร้อนให้เย็น
ข้าพระพุทธเจ้า เมลี หมอฝรั่งประกอบทูลเกล้า ฯ ถวายสำหรับปิดฝีเปื่อยเน่าบาดเจ็บใหญ่น้อย ให้ดูดบุพโพกัดเนื้อ เรียกเนื้อ ด้วยสีผึ้งเขียว ใช้กัด สีผึ้งแดงเรียกเนื้อ สีผึ้งขาวแก้พิษ เลือกใช้เอาเถิดฯ
นอกจากตำรับยาทั้งสองขนานนั้นแล้ว มีบันทึกที่น่าสนใจอีกเล่มหนึ่ง คือ บันทึกของเชวาเลียร์ เดอ ฟอร์แบง (Chevalier DeForbin) ท่านผู้นี้ได้เดินทางมาประเทศไทยในคณะทูตชุดแรกของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ เมื่อ พ.ศ. ๒๒๒๘ แต่เมื่อคณะทูตกลับสมเด็จพระนารายณ์ได้ทรงขอตัวและนายช่าง ๑ นาย ไว้ใช้ในราชการของกรุงศรีอยุธยา ภายหลังได้รับบรรดาศักดิ์เป็น"ออกพระศักดิ์สงคราม" อยู่ในเมืองไทยได้ ๒ ปีก็หนีกลับประเทศฝรั่งเศส เพราะเกิดผิดใจกับเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ เดอฟอร์แบงได้บันทึกไว้ว่าตอนเกิดขบถมักกะสัน พวกขบถบางส่วนที่ล่องเรือผ่านป้อมบางกอก จะออกแม่น้ำเจ้าพระยา เกิดสู้รบกับทหารที่ประจำอยู่ที่ป้อม แม้พวกขบถจะมีกริช ก็สามารถฆ่าทหารและชาวบ้านล้มตายเป็นอันมาก ผู้ช่วยคนหนึ่งของเดอฟอร์แบง ชื่อ โปเรอะคาร์ หน้าท้องถูกแทงไส้พุงและกระเพาะอาหารทะลักออกมาข้างนอก ห้อยอยู่ที่ตะโพก เดอ ฟอร์แบงขณะนั้นไม่มีทั้งยาและแพทย์ ได้เอาไหมมาสนเข็มเข้าสองเล่มแล้วยกไส้พุงและกระเพาะอาหารกลับเข้าไปในช่องท้อง เย็บแผลด้วยไหม ตามวิธีที่เคยเห็นมา แล้วใช้ไข่ขาวตีผสมกับเหล้าล้างที่แผล ทำอยู่ ๑๐ วัน โปเรอะคาร์ก็รอดชีวิต เรื่องนี้ถ้าดูในประวัติการแพทย์ของยุโรป ซึ่งจะได้กล่าวถึงต่อไป คงเป็นเรื่องจริง เพราะเดอ ฟอร์แบงเป็นทหารย่อมเคยเห็นบาดแผลและการรักษาในสนามรบ จึงนำวิธีมาใช้ แม้จะไม่เคยได้รับการฝึกฝนมาในทางวิชาแพทย์ แสดงว่าวิชาการทุกอย่างได้นำเข้ามาใช้ในประเทศไทย รวมทั้งวิชาการแพทย์ของชาวยุโรปด้วย
การแพทย์แผนโบราณของไทยในสมัยกรุงศรีอยุธยาจะเป็นอย่างไร น่าจะได้อาศัยสายตาของชาวต่างประเทศซึ่งได้เห็นการแพทย์แผนปัจจุบันมาบ้างแล้ว คงดีกว่าความเห็นของคนไทยเอง เพราะนอกจากจะไม่มีบันทึกใดไว้เป็นหลักฐาน ที่จะช่วยการวินิจฉัยแล้ว ผู้เขียนเองก็ขอยอมรับว่ารู้เรื่องของการแพทย์แผนโบราณน้อยมาก และมองดูการแพทย์แผนโบราณของไทยจากสายตาของผู้ที่ได้เรียนมาในทางแพทย์แผนปัจจุบันเท่านั้น โรคภัยไข้เจ็บและวิธีรักษาจะเป็นอย่างไรนั้น ได้อาศัยจดหมายเหตุของ ลา ลูแบร์ (De la Leubere) เอกอัครราชทูตของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ ที่เคยมาประเทศไทยเมื่อ พ.ศ. ๒๒๓๐อยู่ในประเทศไทย ๓ เดือนก็กลับออกไป จากฉบับภาษาอังกฤษที่แปลจากฉบับภาษาฝรั่งเศส กรมพระนราธิปประพันธ์พงศ์ ทรงแปลเป็นภาษาไทย เกี่ยวกับโรคาพยาธิ ได้มีบันทึกไว้ว่า มีโรคป่วงและโรคบิด เป็นโรคที่ร้ายแรงที่สุด มีไข้กำเดา และกลายเป็นไข้หวัด ชัก สมองมึน ทั้งท้องเสีย มีไข้จับสั่น แต่ไม่ร้ายแรงเท่าที่แหล่งอื่นๆ ถ้ามีอาการคลั่งเพ้อจึงจะเรียกว่าไข้พิษ นอกนั้นมีโรคระบาดทรพิษ บาดทะยักต่างๆ โรคลมจับ โรคอัมพาต มีโรคคุดทะราด เข้าข้อ กามโรค โรคผิวหนังแผลเปื่อย ค่อนข้างชุกชุม ๑๙ ใน ๒๐ ต้องเคยเป็น มีโรคจิตค่อนข้างชุม โรคที่เรียกในภาษาไทยนี้ ไม่อาจยืนยันได้ว่าจะตรงกับชื่อโรคอะไรในภาษาอังกฤษ ที่พอจะอธิบายได้ตามโรคแผนปัจจุบัน เพราะไม่มีฉบับภาษาอังกฤษที่จะใช้เปรียบเทียบได้
โรคห่าที่ทำลายชีวิตคนมากๆ คือ ไข้ทรพิษ ไม่ใช่กาฬโรค เช่น ในต่างประเทศ ผู้ที่ตายด้วยไข้ทรพิษจะนำไปฝังไว้ถึง ๓ ปีจึงจะขุดขึ้นเผา
แพทย์ที่ให้การรักษามีทั้งหมอไทย หมอจีน และหมอมอญ สมเด็จพระนารายณ์โปรดให้ครูสอนศาสนาคริสต์ ชื่อปูมาต์ เข้ารับราชการในกรมแพทย์หลวง ทรงไว้วางพระหฤทัยมาก หมอหลวงอื่นๆ ต้องรายงานพระอาการให้หมอฝรั่งผู้นี้ทราบ และรับพระโอสถที่หมอฝรั่งปรุงขึ้นไปถวาย ลา ลูแบร์ ตำหนิหมอไทยว่าไม่รู้อวัยวะภายในของร่างกาย ต้องพึ่งฝรั่ง การผ่าศพไม่ยอมทำเด็ดขาด แม้แต่การผ่าสัตว์ก็ไม่ทำกัน นอกจากจะผ่าเพื่อหาก้อนเนื้อที่เชื่อว่าคนไข้ถูกคุณ จึงไม่สามารถทำได้แม้แต่การห้ามเลือดในรายที่เป็นบาดแผล การใช้ยาก็ไม่มีการทดลองเคยเรียนรู้มาอย่างไรก็ใช้กันไปอย่างนั้นใช้พวกยาชโลมมาก ทั้งๆ ขณะจับไข้และไข้หายแล้ว และยาที่ใช้ก็มีรสเผ็ดร้อนมาก ยาระบายใช้มาก หมอไทยรู้จักวิธีเข้ากระโจมทำให้เหงื่อตก ลา ลูแบร์ได้บันทึกที่สำคัญไว้ว่า "หมอฝรั่งสอนให้หมอฝ่ายตะวันออกใช้ยาควินนาเป็นขึ้นก็มาก" ข้อความประโยชน์นี้เป็นการยืนยันได้ว่า นอกจากแพทย์ที่มากับกองทหารและกองทูตแล้ว เรือที่เข้ามายังบรรทุกยาเข้ามาใช้ในระหว่างพวกของตน แล้วยังนำยาบางชนิดเข้ามาเผยแผ่ด้วย
