กลไกพื้นฐานประการหนึ่งที่จะทำนโยบาย และแผนไปสู่การปฏิบัติอย่างได้ผลเป็นรูปธรรมก็คือ ปัจจุบันจึงได้มีการจัดตั้งกองทุนสิ่งแวดล้อมขึ้น
กองทุนสิ่งแวดล้อมได้จัดตั้งขึ้นเป็นครั้งแรกในปี ๒๕๓๕ โดยรัฐได้จัดสรรเงินงบประมาณให้เป็นเงินทุนหมุนเวียนเบื้องต้น ๕๐๐ ล้านบาทเงินสมทบจากองทุนน้ำมัน ๔,๕๐๐ ล้านบาทและต่อมาในปี ๒๕๓๖ และ ๒๕๓๗ ได้รับการจัดสรรเงินจากเงินงบประมาณแผ่นดินอีกปีละ๕๐๐ ล้านบาท
โดยมีวัตถุประสงค์หลักของการจัดตั้งกองทุน คือการให้มีเงินทุนหมุนเวียนสำหรับการกู้ยืม และ/หรือร่วมลงทุนสำหรับส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจหรือเอกชน เพื่อนำไปใช้ในการก่อสร้างและดำเนินการระบบบำบัดน้ำเสียรวมหรือระบบกำจัด ของเสียรวมของทางราชการในระดับท้องถิ่นหรือส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้องที่มีแผนปฏิบัติการที่ชัดเจน การบริหารกองทุนเป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม ซึ่งมีปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม เป็นประธานฯ และอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ
