ในการปรุงยาไทยจำเป็นต้องอาศัยเครื่องมือต่างๆ ดังนี้คือ
๑. เครื่องหั่นยา เป็นมีดที่ติดอยู่กับแท่นเพื่อสะดวกในการหั่นสมุนไพร
๒. บุ้งกรางยา ใช้สำหรับขูดสมุนไพรที่แข็ง เช่น แก่นไม้จันทน์ เพื่อให้สามารถนำไปบดให้ละเอียดได้ง่ายขึ้น
๓. เครื่องบดยา แต่เดิมใช้ครกตำสมุนไพรที่ได้จากการหั่นหรือการขูดด้วยบุ้ง ต่อมาได้พัฒนาขึ้นโดยใช้เครื่องบดยารางยาว ซึ่งประกอบด้วยรางเหล็กและลูกกลิ้งกลมขอบคม ลูกกลิ้งจะยึดติดกับคันโยก ผู้บดจะต้องโยกคันเพื่อให้ลูกกลิ้งบดสมุนไพรจนเป็นผง ชาวจีนอาจใช้วิธีเหยียบคันโยก แต่แพทย์ไทยถือว่ายาเป็นของสูงจึงไม่ใช้เท้า ในปัจจุบันเครื่องบดยาได้พัฒนาขึ้นเป็นแบบรางกลมและใช้ไฟฟ้า
๔. ตะแกรงร่อนยา เดิมแพทย์ไทยใช้ไม้ไผ่สาน แต่ต่อมาได้รับอิทธิพลจากชาวจีน จึงทำเป็นตะแกรงรูปกลมมีขอบสูงประมาณ ๒-๓ นิ้ว ใช้ผ้าขึงที่ก้น ขอบทำด้วยไม้ไผ่
๕. หินบดยา แม้ว่าจะนำสมุนไพรไปบดด้วยเครื่องบดยาแล้วก็ตาม สมุนไพรที่จะนำไปใช้ทำยาเม็ดอาจไม่ละเอียดพอ จึงจำเป็นต้องนำมาบดอีกครั้งด้วยหินบดยา ซึ่งประกอบด้วยแท่นหินและลูกบด ผู้บดจะจับลูกบดบดไปมาบนตัวยาที่วางอยู่บนแท่น นอกจากจะบดให้ละเอียดมากขึ้นแล้ว ยังเป็นการผสมให้ตัวยาหลายชนิดเข้ากันเป็นเนื้อเดียวอีกด้วย หินบดยามีหลายขนาด ตั้งแต่ขนาดเล็ก ขนาดพอรับประทานแต่ละครั้ง จนถึงขนาดใหญ่บดผงยาจำนวนมาก นอกจากนี้แล้วยังมีหินบดยาสำหรับการกวาดยา ซึ่งเป็นแท่นหิน มีลักษณะเป็นแอ่งตื้นและมีปากเพื่อเทยา
๖. หินฝนยา เป็นแท่นหิน มีแอ่งอยู่ปลายด้านหนึ่งเพื่อรองรับตัวยาและน้ำยา ใช้สำหรับฝนยาหมู่ เช่น นวเขี้ยว หรือฝนตัวยาเพื่อทำน้ำกระสายยา
๗. โกร่งบดยา ใช้บดยาจำนวนน้อยเพื่อรับประทานแต่ละครั้ง
๘. ตะแกรงตากยา เป็นภาชนะทำด้วยไม้ไผ่สาน ต่อมาได้ปรับปรุงเป็นถาดโลหะเคลือบ หรืออะลูมิเนียม
๙. พิมพ์อัดเปียก เป็นเครื่องมือที่ใช้ในการทำยาเม็ด ทำด้วยทองเหลือง มีขนาดต่างๆกัน ใช้สำหรับทำยาเม็ดที่ใช้น้ำในการผสม ถ้ายาเม็ดผสมน้ำผึ้งอาจจะใช้รางยาซึ่งเป็นเครื่องมือทำยาจีนแทนการปั้นเป็นเม็ดด้วยมือ
