ในการเลี้ยงวัวควายเป็นอุตสาหกรรมนั้น นอกจากจำเป็นต้องมีการเลี้ยงดูดี อาหารดี พันธุ์ดีแล้ว ยังต้องมีการป้องกันรักษาโรคดีอีกด้วย เพราะสัตว์ที่มีสุขภาพไม่สมบูรณ์ย่อมให้ผลิตผลสูงไม่ได้ โรคที่ร้ายแรงในวัวควาย ได้แก่ โรคปากและเท้าเปื่อย โรคคอบวม โรคแอนแทรกซ์ โรคบรูเซลโลซีส หรือโรคแท้งติดต่อ โรคแบลคเลก วัณโรค นอกจากนี้ ยังมีพยาธิอีกหลายชนิดที่เป็นศัตรูต่อสุขภาพวัวควาย ทั้งยังมีแมลงต่าง ๆ ที่ทำอันตรายวัวควายโดยตรง และเป็นพาหะแพร่เชื้อโรคอีกด้วย เช่น เห็บ เหลือบ แมลงวันบางชนิด การป้องกันไม่ให้เกิดโรคพยาธิและแมลงศัตรูวัวควายเป็นสิ่งจำเป็นที่สุด เพราะลงทุนน้อยได้ผลมาก ในกรณีที่วัวควายแสดงอาการเป็นโรคอย่างใดอย่างหนึ่งแล้ว รีบแจ้งสัตวแพทย์อำเภอ หรือสัตวแพทย์ที่ใกล้เคียงโดยเร็วที่สุด
