ระบบการย่อยอาหารของปลา ประกอบด้วยอวัยวะส่วนต่างๆ เช่นเดียวกับสัตว์มีกระดูกสันหลังชั้นสูง ซึ่งประกอบด้วย
๑. ปาก
อยู่ตอนหน้าสุดของหัว ปากอาจแหงนขึ้นอยู่กึ่งกลางหรือต่ำลง ซึ่งแสดงถึงลักษณะการกินอาหาร ภายในปากประ-กอบด้วย คอหอย ทั้งสองข้างของคอหอยมีช่องเปิดของส่วนเหงือก ตัวเหงือก ประกอบด้วยก้านเหงือกและเส้นเหงือกทำหน้าที่ในการหายใจ ก้านเหงือกจะมีส่วนยื่นเป็นหนามเรียกว่า ซี่เหงือก ซึ่งมีจำนวนมากน้อยตามชนิดของปลา ทำหน้าที่กรองอาหารที่ติดมากับน้ำเข้าสู่คอหอย ปลากินเนื้อจะมีซี่เหงือกห่าง ส่วนปลากินแพลงก์ตอนจะมีซี่เหงือกละเอียด ภายในปากจะมีฟันติดบนขากรรไกร และมีฟันที่ลิ้น มีขนาดค่อนข้างเล็กและเคลื่อนไหวได้เล็กน้อย นอกจากนั้นยังมีฟันบนเพดานปากฟันเหล่านี้ไม่มีราก หลุดได้ง่ายและเกิดทดแทนได้ ฟันของปลากินเนื้อไม่ได้ใช้ สำหรับขบเคี้ยว แต่ใช้สำหรับจับอาหาร
ปลาในครอบครัวปลาตะเพียน ซึ่งเป็นปลากินพืช ไม่มีฟันในปาก แต่มีฟันในคอหอย ซึ่งมีขนาดใหญ่แข็งแรง อาจมีแถวเดียวหรือหลายแถว ใช้สำหรับบดและตัดอาหารก่อนส่งเข้าสู่กระเพาะ
๒. กระเพาะอาหาร
กระเพาะอาหารของปลาขยายตัวได้ง่าย จึงช่วยให้ปลากินอาหารได้มาก เช่น ปลาประเภทกินเนื้อ เป็นปลาที่มีกระ-เพาะอาหาร แต่มีลำไส้สั้น ส่วนปลาประเภทไม่กินเนื้อ เช่นปลาไน ซึ่งเป็นปลาที่ไม่เลือกกินอาหาร ไม่มีกระเพาะอาหารแต่มีลำไส้ยาว
๓. ลำไส้
สำไส้ของปลาค่อนข้างสั้นเมื่อเปรียบเทียบกับสัตว์มีกระดูกสันหลังอื่นๆ ปลากินเนื้อมีการย่อยอาหารที่เริ่มตั้งแต่กระเพาะและสิ้นสุดในลำไส้ ทำให้ปลาย่อยอาหารได้ดี และช่วยให้ปลากินอาหารได้มากเท่าที่มันจะกินเข้าไปได้ แต่ปลาที่ไม่มีกระเพาะจะกินอาหารได้จำกัด การย่อยจะเกิดขึ้นเฉพาะในลำไส้ หากกินอาหารมากจะเกิดการสูญเสีย เนื่องจากส่วนที่ยังไม่ย่อยจะถูกขับถ่ายออกไป
๔. อวัยวะส่วนอื่นๆ
นอกจากอวัยวะข้างต้นแล้ว ปลายังมีอวัยวะส่วนอื่นๆที่ช่วยในการผลิตน้ำย่อยอาหาร ได้แก่ ตับ ม้าม และตับอ่อน
