ประวัติศาสตร์ของการจำแนกและจัดหมวดหมู่ของสัตว์อาจจะแบ่งออกได้เป็นสมัยต่าง ๆ ดังต่อไปนี้ การจำแนกสัตว์ในสมัยที่สองได้รับเอาความคิดเกี่ยวกับทฤษฎีวิวัฒนาการเข้ามาใช้เป็นอันมาก ตัว-อย่างเช่น ชาลส์ ดาร์วิน เป็นต้น ท่านผู้นี้เป็นผู้ที่มีชื่อเสียงในเรื่องการจัดระบบหมวดหมู่ของเพรียงหรือสนับทึบ (barnacle) และได้เขียนคู่มือการจำแนกชนิดของสัตว์ชนิดนี้ขึ้นไว้ด้วย ในสมัยที่สองนี้แนวทางของการจำแนกสัตว์ได้มุ่งไปในการเสาะหาความรู้เพื่อที่จะตอบคำถามที่ว่า "สิ่งมีชีวิตทั้งหลายสืบเนื่องมาจากบรรพบุรุษเดียวกันหรือไม่" ดังนั้นจึงเห็นได้ว่าในยุคนี้ นักวิทยาศาสตร์หลายท่านได้นำเอาความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตต่างๆ เข้ามาเกี่ยวข้องกัน ประดุจเช่น ต้นไม้ซึ่งประกอบด้วยราก ลำต้น กิ่ง ก้านและใบ ฉันนั้นด้วยความสัมพันธ์ดังเช่นที่กล่าวมาแล้วนี้ ทำให้การค้นพบสัตว์ชนิดใหม่ๆ เพิ่มขึ้นไม่เว้นแต่ละวันอย่างไรก็ตาม ก่อนที่จะสิ้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙การค้นพบใหม่ๆ สำหรับสัตว์ชั้นสูงก็ค่อย ๆ ลดน้อยลง
